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- PDB-4bwi: Structure of the phytochrome Cph2 from Synechocystis sp. PCC6803 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bwi
タイトルStructure of the phytochrome Cph2 from Synechocystis sp. PCC6803
要素PHYTOCHROME-LIKE PROTEIN CPH2
キーワードTRANSFERASE / PHYCOCYANOBILIN / PCB / RED LIGHT PHOTORECEPTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


red or far-red light photoreceptor activity / red, far-red light phototransduction / cyclic-guanylate-specific phosphodiesterase activity / detection of visible light / regulation of DNA-templated transcription / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / Phytochrome / EAL domain profile. / EAL domain / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / Phytochrome region ...: / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / Phytochrome / EAL domain profile. / EAL domain / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / Phytochrome region / GAF domain / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Nucleotide cyclase / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Beta-Lactamase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHYCOCYANOBILIN / FORMIC ACID / GLUTAMIC ACID / Phytochrome-like protein cph2
類似検索 - 構成要素
生物種SYNECHOCYSTIS SP. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Anders, K. / Angerer, V. / Widany, G.D. / Mroginski, M.A. / von Stetten, D. / Essen, L.-O.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Structure of the Cyanobacterial Phytochrome 2 Photosensor Implies a Tryptophan Switch for Phytochrome Signaling.
著者: Anders, K. / Daminelli-Widany, G. / Mroginski, M.A. / von Stetten, D. / Essen, L.-O.
履歴
登録2013年7月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月13日Group: Database references
改定 1.22014年1月8日Group: Database references
改定 1.32017年12月13日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.42019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations / Experimental preparation
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.52024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / reflns / reflns_shell / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHYTOCHROME-LIKE PROTEIN CPH2
B: PHYTOCHROME-LIKE PROTEIN CPH2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,28214
ポリマ－98,4512
非ポリマー1,83112
水3,261181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7650 Å2
ΔGint-58.2 kcal/mol
Surface area36650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.430, 88.460, 84.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.85, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 PHYTOCHROME-LIKE PROTEIN CPH2 / BACTERIOPHYTOCHROME CPH2


分子量: 49225.711 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: THIOETHER LINK BETWEEN C129 AND CYC / 由来: (組換発現) SYNECHOCYSTIS SP. (バクテリア) / 株: PCC6803 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): GOLD / 参照: UniProt: Q55434

-
非ポリマー , 5種, 193分子

#2: 化合物 ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO4
#3: 化合物 ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN


分子量: 588.694 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.23 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: (20 MG/ML SYNCPH2(1-2) IN PR IN 10 MM HEPES, 100 MM NACL, PH 8.0); (0.1 M HEPES PH 7.0, 1.0 M NH4COOH, 0.1% (W/V) LYSINE, 0.16% (W/V) ARGININE, 0.05% (W/V) GLUTAMATE); STREAK SEEDING, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月21日
放射モノクロメーター: KMC-1 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→46.5 Å / Num. obs: 32838 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 50.91 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 21
反射 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.538 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.6→29.632 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 1624 5 %
Rwork0.2 --
obs0.2026 32757 98.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→29.632 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5995 0 129 181 6305
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026260
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6228501
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3822288
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041934
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021087
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.67650.40011370.29282597X-RAY DIFFRACTION98
2.6765-2.76280.37531340.26682573X-RAY DIFFRACTION98
2.7628-2.86150.30791450.24512578X-RAY DIFFRACTION100
2.8615-2.97590.36421120.24752648X-RAY DIFFRACTION100
2.9759-3.11120.3181190.23312629X-RAY DIFFRACTION100
3.1112-3.27510.29271390.23132645X-RAY DIFFRACTION100
3.2751-3.480.25571780.22372521X-RAY DIFFRACTION98
3.48-3.74820.3309850.23222516X-RAY DIFFRACTION94
3.7482-4.12450.23071610.19752431X-RAY DIFFRACTION93
4.1245-4.71920.18181550.15132637X-RAY DIFFRACTION100
4.7192-5.93780.23471300.16352656X-RAY DIFFRACTION100
5.9378-29.63420.21221290.1722702X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.1780.87880.64422.97030.50172.9686-0.05060.4198-0.2501-0.18830.1032-0.18820.09050.1034-0.02810.22870.00980.01480.3401-0.02380.29081.9809-26.7524-15.1667
22.46710.73151.03571.40161.13111.98280.08910.53590.0257-0.05660.2195-0.1647-0.06940.3907-0.37210.27040.06260.02030.25670.05390.370421.4549-16.4664-5.7207
34.25962.0779-1.29326.1914-2.10113.61290.3279-0.3812-0.57080.9372-0.34410.32070.20960.1262-0.0390.5292-0.093-0.02510.3883-0.0370.51125.9679-16.527927.1236
43.05581.19342.12867.3586-1.63816.80850.3745-0.0675-0.03570.362-0.1166-0.38730.3552-0.2507-0.09770.3269-0.0908-0.00050.2807-0.02630.241624.4004-18.649123.1028
55.37070.292.92065.797-0.69178.0011-0.18320.9748-0.5046-0.3974-0.1988-0.77940.54761.069-0.36760.3750.07450.1090.3057-0.1050.461934.869-16.180615.1331
62.7851-2.2146-0.47181.8757-0.60198.2193-1.08790.21821.46760.01760.135-0.1766-0.7313-1.58830.87760.56030.1615-0.03220.85310.19481.046215.8049-12.2283-27.244
75.0015-0.30791.45352.64240.18983.12990.31120.92370.2422-0.5699-0.18450.29770.0447-0.05580.06090.38220.1123-0.04230.5250.00170.346823.2542-19.7203-26.4321
81.69930.74560.30692.94780.09183.23410.28391.3866-1.4953-0.72070.0779-0.12430.123-0.8151-0.26260.9293-0.1763-0.11261.5121-0.41591.002422.6558-35.5579-54.2838
90.6555-0.51040.56575.59060.67010.7201-0.17420.8225-0.5861-1.50350.25740.07940.3565-0.6025-0.23981.0346-0.4887-0.06041.1739-0.31640.723923.3121-36.0458-49.9604
106.8955-0.27363.57390.0427-0.5563.68240.09280.9947-0.621-0.46550.0014-0.04810.56710.4129-0.11710.5774-0.05570.05770.4895-0.1070.476548.8033-32.8295-31.6871
115.11183.97226.48254.56513.93339.2154-0.70420.68512.17760.0690.3842-0.1305-0.65291.2620.35130.6875-0.03860.11120.6838-0.12150.938332.6961-7.6035-7.4131
128.68753.09046.17141.25282.30734.4250.2854-1.206-0.44220.3045-0.3101-0.2256-0.279-0.8403-0.01060.543-0.0861-0.04550.6751-0.07010.5258-0.1851-23.25875.6861
133.8142-0.65910.22033.33610.11533.00110.0009-0.52770.20070.2280.08160.0372-0.05550.1176-0.06680.2234-0.01320.02480.2815-0.05680.232845.4716-26.111-12.319
141.7791-2.00670.36863.2642-1.76221.89330.48911.2233-0.4820.02520.110.8749-0.33-0.5422-0.65290.74640.1030.11461.40990.00240.660114.4526-30.497-42.985
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 23:168)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND ((RESID 169:216) OR RESID 501)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 217:331)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 332:361)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESID 401:421)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'B' AND (RESID 6:22)
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'B' AND (RESID 169:216)
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'B' AND (RESID 217:331)
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'B' AND (RESID 332:361)
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN 'B' AND (RESID 362:400)
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN A AND (RESID 4:22)
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN A AND (RESID 362:400)
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN B AND ((RESID 23:168) OR RESID 501)
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN B AND (RESID 401:418)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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