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- PDB-4bwc: X-ray structure of a phospholiapse B like protein 1 from bovine k... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bwc
タイトルX-ray structure of a phospholiapse B like protein 1 from bovine kidneys
要素(PHOSPHOLIPASE B-LIKE ...) x 2
キーワードHYDROLASE / GLYCOSYLATION / LYSOSOMAL STORAGE DISORDERS
機能・相同性
機能・相同性情報


Hydrolysis of LPC / Acyl chain remodelling of PC / Acyl chain remodelling of PE / Acyl chain remodelling of PI / phospholipase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / phospholipid catabolic process / lysosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Phospholipase B-like, domain 2 / Phospholipase B-like, domain 1 / Penicillin V Acylase; Chain A - #20 / Phospholipase B-like / Phospholipase B-like, domain 1 / Phospholipase B-like, domain 2 / Phospholipase B-like, domain 3 / Phospholipase B / Penicillin V Acylase; Chain A / Penicillin Amidohydrolase; domain 1 ...Phospholipase B-like, domain 2 / Phospholipase B-like, domain 1 / Penicillin V Acylase; Chain A - #20 / Phospholipase B-like / Phospholipase B-like, domain 1 / Phospholipase B-like, domain 2 / Phospholipase B-like, domain 3 / Phospholipase B / Penicillin V Acylase; Chain A / Penicillin Amidohydrolase; domain 1 / Complement Module; domain 1 / Ribbon / 4-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-ETHOXY-2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANE / Phospholipase B-like 1
類似検索 - 構成要素
生物種BOS TAURUS (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Repo, H. / Kuokkanen, E. / Oksanen, E. / Goldman, A. / Heikinheimo, P.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2014
タイトル: Is the Bovine Lysosomal Phospholipase B-Like Protein an Amidase?
著者: Repo, H. / Kuokkanen, E. / Oksanen, E. / Goldman, A. / Heikinheimo, P.
履歴
登録2013年7月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月5日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHOLIPASE B-LIKE 1
B: PHOSPHOLIPASE B-LIKE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,87810
ポリマ－56,6822
非ポリマー2,1968
水3,315184
1
A: PHOSPHOLIPASE B-LIKE 1
B: PHOSPHOLIPASE B-LIKE 1
ヘテロ分子

A: PHOSPHOLIPASE B-LIKE 1
B: PHOSPHOLIPASE B-LIKE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,75620
ポリマ－113,3654
非ポリマー4,39116
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_765-x+2,-x+y+1,-z+1/31
Buried area20580 Å2
ΔGint-78.2 kcal/mol
Surface area37250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.370, 97.370, 140.945
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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PHOSPHOLIPASE B-LIKE ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 PHOSPHOLIPASE B-LIKE 1 / LAMA-LIKE PROTEIN 1 / LAMINA ANCESTOR HOMOLOG 1 / PHOSPHOLIPASE B DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1 / ...LAMA-LIKE PROTEIN 1 / LAMINA ANCESTOR HOMOLOG 1 / PHOSPHOLIPASE B DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1 / PHOSPHOLIPASE B-LIKE PROTEIN 1


分子量: 19522.355 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL SEGMENT, RESIDUES 36-205 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: KIDNEY
参照: UniProt: Q9GL30, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素
#2: タンパク質 PHOSPHOLIPASE B-LIKE 1 / LAMA-LIKE PROTEIN 1 / LAMINA ANCESTOR HOMOLOG 1 / PHOSPHOLIPASE B DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1 / ...LAMA-LIKE PROTEIN 1 / LAMINA ANCESTOR HOMOLOG 1 / PHOSPHOLIPASE B DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1 / PHOSPHOLIPASE B-LIKE PROTEIN 1


分子量: 37160.078 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL SEGMENT, RESIDUES 225-545 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: KIDNEY
参照: UniProt: Q9GL30, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素

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糖 , 2種, 5分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 187分子

#4: 化合物 ChemComp-P4G / 1-ETHOXY-2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANE / ジエチレングリコ-ルジエチルエ-テル


分子量: 162.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O3
#6: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7 / 詳細: 0.1 M TRIS-CL PH 7, 40% PEG 300, 5% PEG 1000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→46.98 Å / Num. obs: 62608 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2.91 / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 18.74
反射 シェル解像度: 1.89→2 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 2.91 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3FBX

3fbx


解像度: 1.89→46.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 2.871 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23061 3127 5 %RANDOM
Rwork0.1881 ---
obs0.19019 59478 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.379 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.89→46.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3996 0 143 184 4323
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.024272
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1811.9835795
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7515493
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.35823.969194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.74415693
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.6471517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1550.2624
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0213215
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.887→1.936 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 204 -
Rwork0.294 4095 -
obs--99.03 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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