PDB-4bvj: Structure of Y105A mutant of PhaZ7 PHB depolymerase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4bvj

タイトル

Structure of Y105A mutant of PhaZ7 PHB depolymerase

要素

PHB DEPOLYMERASE PHAZ7

キーワード

HYDROLASE / CATALYTIC TRIAD / BIOPOLYMER BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

lipase activity / lipid catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

PAUCIMONAS LEMOIGNEI (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.599 Å

データ登録者

Hermawan, S. / Subedi, B. / Papageorgiou, A.C. / Jendrossek, D.

引用

ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2013
タイトル: Biochemical Analysis and Structure Determination of Paucimonas Lemoignei Poly(3-Hydroxybutyrate) (Phb) Depolymerase Phaz7 Muteins Reveal the Phb Binding Site and Details of Substrate-Enzyme Interactions.
著者: Jendrossek, D. / Hermawan, S. / Subedi, B. / Papageorgiou, A.C.

履歴

登録	2013年6月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年9月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年12月25日	Group: Database references
改定 1.2	2019年1月30日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: diffrn_source / exptl_crystal_grow Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _exptl_crystal_grow.method
改定 1.3	2019年7月10日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.4	2019年7月17日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.5	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.6	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4bvj.cif.gz	167 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4bvj.ent.gz	131.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4bvj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/4bvj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/4bvj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4brsSC 4btvC 4bvkC 4bvlC 4bymC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4bvk-2 5mlx-2 2vtv-2 4brs-1 4bym-1 4bym-2 5ynw-1 3pnz-5 4mhb-3 5mly-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PHB DEPOLYMERASE PHAZ7

B: PHB DEPOLYMERASE PHAZ7

ヘテロ分子

72.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PHB DEPOLYMERASE PHAZ7

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: PHB DEPOLYMERASE PHAZ7

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	41.370, 200.050, 44.180
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 114.28, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	PHB DEPOLYMERASE PHAZ7 分子量: 36259.012 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 39-380 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) PAUCIMONAS LEMOIGNEI (バクテリア) 発現宿主: BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / 株 (発現宿主): WB800 参照: UniProt: Q939Q9, poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 43 % / 解説: NONE
結晶化	手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: VAPOUR DIFFUSION HANGING DROP, PROTEIN CONCENTRATION 10 MG/ML, 0.1 M NAOAC (PH 5.0), 0.2 M NH4CL, 20% W/V PEG6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8123
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8123 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→20 Å / Num. obs: 84896 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.6 % / B_iso Wilson estimate: 20.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 11.7
反射シェル	解像度: 1.6→1.64 Å / 冗長度: 2.3 % / R_merge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4BRS

4brs

解像度: 1.599→20.005 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 18.23 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1887	4245	5 %
R_work	0.1553	-	-
obs	0.1569	84894	98.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.599→20.005 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5072	0	3	1230	6305

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	5251
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.082	7136
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.491	1774
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	755
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	929

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5991-1.6172	0.3142	129	0.2581	2453	X-RAY DIFFRACTION	92
1.6172-1.6362	0.293	143	0.2518	2711	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6362-1.6562	0.2681	143	0.2303	2720	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6562-1.6771	0.2501	138	0.2161	2632	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6771-1.6992	0.2594	143	0.2161	2710	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6992-1.7225	0.241	143	0.2023	2727	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7225-1.7471	0.2333	139	0.2014	2625	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7471-1.7731	0.2322	143	0.1946	2721	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7731-1.8008	0.2474	142	0.1981	2697	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8008-1.8303	0.2273	140	0.1925	2664	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8303-1.8618	0.1965	144	0.1801	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8618-1.8957	0.2302	141	0.1755	2677	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8957-1.9321	0.2294	143	0.169	2726	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9321-1.9715	0.2058	141	0.1603	2676	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9715-2.0143	0.2101	143	0.1579	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0143-2.0612	0.2155	142	0.1578	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0612-2.1126	0.1867	144	0.1551	2739	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1126-2.1697	0.1879	141	0.1447	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1697-2.2335	0.1603	141	0.1395	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2335-2.3055	0.1875	145	0.1454	2739	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3055-2.3877	0.1778	138	0.1464	2633	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3877-2.4832	0.1839	143	0.1483	2723	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4832-2.5959	0.1956	145	0.148	2743	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5959-2.7325	0.1605	141	0.1478	2689	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7325-2.9032	0.1596	142	0.1448	2685	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9032-3.1266	0.1751	142	0.1434	2700	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1266-3.4398	0.1736	142	0.1341	2697	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4398-3.9343	0.1475	140	0.1213	2670	X-RAY DIFFRACTION	98
3.9343-4.9444	0.1364	142	0.1191	2692	X-RAY DIFFRACTION	99
4.9444-20.0066	0.1718	142	0.1487	2688	X-RAY DIFFRACTION	98

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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