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- PDB-4bva: Crystal structure of the NADPH-T3 form of mouse Mu-crystallin. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bva
タイトルCrystal structure of the NADPH-T3 form of mouse Mu-crystallin.
要素THIOMORPHOLINE-CARBOXYLATE DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Lysine catabolism / 1-piperideine-2-carboxylate/1-pyrroline-2-carboxylate reductase [NAD(P)H] / thiomorpholine-carboxylate dehydrogenase / thiomorpholine-carboxylate dehydrogenase activity / thyroid hormone metabolic process / thyroid hormone binding / thyroid hormone transport / hormone binding / sensory perception of sound / transcription corepressor activity ...Lysine catabolism / 1-piperideine-2-carboxylate/1-pyrroline-2-carboxylate reductase [NAD(P)H] / thiomorpholine-carboxylate dehydrogenase / thiomorpholine-carboxylate dehydrogenase activity / thyroid hormone metabolic process / thyroid hormone binding / thyroid hormone transport / hormone binding / sensory perception of sound / transcription corepressor activity / NADP binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / mitochondrion / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
ornithine cyclodeaminase, domain 1 / ornithine cyclodeaminase, domain 1 / Ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin / Ornithine cyclodeaminase, N-terminal / Ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin family / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-NDP / 3,5,3'TRIIODOTHYRONINE / Ketimine reductase mu-crystallin
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Borel, F. / Hachi, I. / Palencia, A. / Gaillard, M.C. / Ferrer, J.L.
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2014
タイトル: Crystal Structure of Mouse Mu-Crystallin Complexed with Nadph and the T3 Thyroid Hormone
著者: Borel, F. / Hachi, I. / Palencia, A. / Gaillard, M.C. / Ferrer, J.L.
履歴
登録2013年6月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月2日Group: Database references
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12023年12月20日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: THIOMORPHOLINE-CARBOXYLATE DEHYDROGENASE
B: THIOMORPHOLINE-CARBOXYLATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,3238
ポリマ－72,4522
非ポリマー2,8716
水9,692538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5740 Å2
ΔGint-33.3 kcal/mol
Surface area23090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.240, 97.140, 75.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.90, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 THIOMORPHOLINE-CARBOXYLATE DEHYDROGENASE / MU-CRYSTALLIN HOMOLOG / NADP-REGULATED THYROID-HORMONE-BINDING PROTEIN / KETIMINE REDUCTASE


分子量: 36226.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PDEST / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA2
参照: UniProt: O54983, thiomorpholine-carboxylate dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-T3 / 3,5,3'TRIIODOTHYRONINE / T3 / THYROID HORMONE / LIOTHYRONINE / トリヨ-ドチロニン


分子量: 650.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H12I3NO4 / コメント: ホルモン*YM
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 538 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.48 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 200 MM KH2PO4, 15% PEG 3350, 280 MM NASCN

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.93
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年9月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→42.7 Å / Num. obs: 63604 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.76 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 14.28
反射 シェル解像度: 1.75→1.85 Å / 冗長度: 3.74 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 3.69 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2I99

2i99


解像度: 1.75→42.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 4.801 / SU ML: 0.069 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.17 / ESU R Free: 0.102 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19224 3181 5 %RANDOM
Rwork0.14624 ---
obs0.14857 60423 99.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.677 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.54 Å20 Å20.01 Å2
2---0.31 Å20 Å2
3----0.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→42.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4561 0 144 538 5243
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0194890
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024575
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.282.0086676
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.734310541
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7645613
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.48424.208183
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.77115763
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4161525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.2768
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215464
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021045
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1851.4552449
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1781.4542448
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4772.1783063
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.67339465
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free21.8825180
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded6.02859719
LS精密化 シェル解像度: 1.748→1.794 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 232 -
Rwork0.188 4393 -
obs--97.88 %
精密化 TLS

T23: 0.0009 Å2 / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.23620.0610.16160.10950.04060.1768-0.0031-0.0180.0109-0.0059-0.00060.0059-0.0169-0.01170.00370.02930.00580.00550.00310.008929.3110.128539.1387
20.02020.0468-0.00490.1150.02550.51260.00250.0032-0.0013-0.00850.0039-0.00410.0034-0.0258-0.00640.04090.0087-0.00710.00420.009217.8462-1.41342.1533
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 312
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 312

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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