PDB-4buc: CRYSTAL STRUCTURE OF MURD LIGASE FROM THERMOTOGA MARITIMA IN APO FORM

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4buc

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF MURD LIGASE FROM THERMOTOGA MARITIMA IN APO FORM

要素

UDP-N-ACETYLMURAMOYLALANINE--D-GLUTAMATE LIGASE

キーワード

LIGASE / PEPTIDOGLYCAN SYNTHESIS / ADP-FORMING ENZYME / CELL WALL / CELL SHAPE / CELL CYCLE / NUCLEOTIDE-BINDING / ATP-BINDING / CELL DIVISION

機能・相同性

機能・相同性情報

UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine-D-glutamate ligase / UDP-N-acetylmuramoylalanine-D-glutamate ligase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

THERMOTOGA MARITIMA (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.17 Å

データ登録者

Favini-Stabile, S. / Contreras-Martel, C. / Thielens, N. / Dessen, A.

引用

ジャーナル: Environ.Microbiol. / 年: 2013
タイトル: Mreb and Murg as Scaffolds for the Cytoplasmic Steps of Peptidoglycan Biosynthesis
著者: Favini-Stabile, S. / Contreras-Martel, C. / Thielens, N. / Dessen, A.

履歴

登録	2013年6月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年7月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年12月18日	Group: Database references
改定 1.2	2024年10月9日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4buc.cif.gz	363.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4buc.ent.gz	300.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4buc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4buc_validation.pdf.gz	492 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4buc_full_validation.pdf.gz	504.8 KB	表示
XML形式データ	4buc_validation.xml.gz	40.7 KB	表示
CIF形式データ	4buc_validation.cif.gz	54.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bu/4buc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bu/4buc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3zl8C 4bubC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2i54-1 7b6j-2 7b6m-2 7b68-2 7b53-2 7b6p-2 3u28-d 7b60-2 7b6q-2 7b6p-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#135 - 2011年3月インテグラーゼ (Integrase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: UDP-N-ACETYLMURAMOYLALANINE--D-GLUTAMATE LIGASE

B: UDP-N-ACETYLMURAMOYLALANINE--D-GLUTAMATE LIGASE

ヘテロ分子

107 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: UDP-N-ACETYLMURAMOYLALANINE--D-GLUTAMATE LIGASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: UDP-N-ACETYLMURAMOYLALANINE--D-GLUTAMATE LIGASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.168, 135.845, 67.265
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.17, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	UDP-N-ACETYLMURAMOYLALANINE--D-GLUTAMATE LIGASE / MURD LIGASE / D-GLUTAMIC ACID-ADDING ENZYME / UDP-N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANYL-D-GLUTAMATE SYNTHETASE 分子量: 52047.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) THERMOTOGA MARITIMA (バクテリア) 株: DSM 3109 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q9WY76, UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine-D-glutamate ligase

#1: タンパク質

UDP-N-ACETYLMURAMOYLALANINE--D-GLUTAMATE LIGASE / MURD LIGASE / D-GLUTAMIC ACID-ADDING ENZYME / UDP-N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANYL-D-GLUTAMATE SYNTHETASE

分子量: 52047.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

THERMOTOGA MARITIMA (バクテリア)
株: DSM 3109 / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9WY76, UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine-D-glutamate ligase

-
非ポリマー , 6種, 287分子

#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-PO3 / PHOSPHITE ION / ホスファイト分子量: 78.972 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₃
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム分子量: 18.038 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₄N
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 255 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y
配列の詳細	THROMBINE CLEAVABLE N-TERMINAL HIS-TAG

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 51 % 解説: ARPWARP, PHENIX AND BUCANNEER USED IN MODEL BUILDING
結晶化	pH: 7.4 / 詳細: AMMONIUM PHOSPHATE 2.0 M, pH 7.4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97911
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97911 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.17→19.8 Å / Num. obs: 52327 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 37.99 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 11
反射シェル	解像度: 2.17→2.3 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 95.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0032	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.17→19.78 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 9.11 / SU ML: 0.118 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.214 / ESU R Free: 0.166 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19681	2664	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16324	-	-	-
obs	0.16494	49650	99.32 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.613 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.86 Å²	0 Å²	1.33 Å²
2-	-	-1.82 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.17→19.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6866	0	132	255	7253

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	7130
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	6726
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.799	1.991	9586
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.765	3	15550
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.086	5	850
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.613	24	330
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.211	15	1204
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.121	15	34
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	1012
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	7834
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	1636
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.29	2.057	3412
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.289	2.057	3411
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.2	3.075	4258
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.651	2.634	3718
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.17→2.226 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.264	187	-
R_work	0.24	3463	-
obs	-	-	93.61 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6471	-2.4492	1.4499	12.6943	-19.3802	59.8442	-0.2148	-0.2561	0.3165	0.936	0.6071	-0.8818	-0.9927	0.7029	-0.3923	0.5039	-0.0132	0.148	0.3508	-0.2307	0.84	-15.7085	67.7184	145.8204
2	5.2334	1.9391	1.0592	3.538	1.0348	1.3086	-0.0642	-0.0559	0.5383	0.047	-0.0545	0.208	-0.2084	-0.0419	0.1187	0.0599	0.0125	-0.0018	0.015	0.0174	0.1039	-9.5863	77.8898	133.0229
3	1.2068	0.0794	-0.0757	1.0697	0.4289	0.6369	-0.0314	0.1194	0.0943	-0.0548	-0.0062	0.0235	-0.0241	0.0527	0.0376	0.0709	0.0043	-0.0294	0.0444	0.0275	0.0318	8.2551	67.4253	129.8091
4	3.3447	-5.545	3.3	15.5062	5.2455	25.9626	-0.0392	-0.1654	0.9271	-0.1758	0.3109	-0.6705	-0.6027	-0.5118	-0.2717	0.6439	0.0897	0.145	0.4608	0.1875	1.9521	16.1355	86.0858	130.2058
5	3.173	-0.4992	-0.8648	2.2936	0.3401	2.9164	0.0614	0.3426	0.0015	-0.2229	-0.022	-0.0731	-0.0143	0.0153	-0.0394	0.0383	-0.0115	-0.0167	0.0571	0.0206	0.0364	25.2976	66.3242	126.0972
6	6.5223	-1.3664	0.468	3.1573	0.3712	3.1983	-0.39	-1.3725	0.3195	0.6242	0.3417	0.0887	-0.0167	-0.0746	0.0483	0.3832	0.1499	-0.0412	0.533	-0.0528	0.1208	21.1789	78.8936	91.7058
7	4.3237	1.1856	-1.6126	4.9202	-1.915	1.9095	-0.0693	-0.2368	-0.4348	0.2356	-0.1056	-0.2657	0.1008	0.1425	0.1749	0.0507	0.0149	-0.0324	0.0216	-0.0048	0.1784	55.7576	103.5702	134.6706
8	1.209	0.3512	-0.0236	0.9914	-0.4692	0.852	-0.0427	0.1006	-0.1756	-0.1008	0.0043	0.0029	0.0173	-0.0653	0.0384	0.0753	0.0148	0.008	0.0274	-0.0337	0.0582	37.0962	114.6179	128.8634
9	42.0557	-16.8734	23.481	14.3225	-3.0233	20.5994	-0.1065	-1.7829	-1.8502	0.2486	0.7898	0.5072	1.1658	-0.413	-0.6833	0.7601	0.1799	0.0512	0.6558	-0.0879	0.8047	29.7663	95.1474	129.9627
10	2.7171	-0.229	0.9001	1.8855	0.069	2.5795	-0.0135	0.2378	-0.1157	-0.1895	0.0073	0.094	-0.0623	-0.0177	0.0062	0.0284	-0.0072	0.0056	0.0355	-0.0318	0.0568	20.4653	114.9899	126.9669
11	10.7091	-1.449	7.3433	0.2472	-0.9827	5.2669	-0.5378	1.8412	1.8248	0.1037	-0.3815	-0.3602	0.1757	1.6526	0.9194	1.6264	0.5907	-0.3501	1.4306	-0.2086	1.5486	35.411	110.3101	105.6088
12	5.858	-1.5185	-0.6112	4.0872	-0.1055	3.5719	-0.475	-1.1828	-0.4275	0.7084	0.359	-0.0621	-0.0434	0.1054	0.116	0.4292	0.1896	0.059	0.5009	0.1291	0.2127	44.1855	101.8723	91.4884

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	16 - 21
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	22 - 99
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	100 - 198
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	199 - 206
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	207 - 312
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	313 - 448
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	16 - 104
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	105 - 198
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	199 - 206
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	207 - 307
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	308 - 315
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	316 - 448

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新型コロナ情報

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