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- PDB-4bsm: Crystal structure of the Nuclear Export Receptor CRM1 (exportin-1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bsm
タイトルCrystal structure of the Nuclear Export Receptor CRM1 (exportin-1) lacking the C-terminal helical extension at 4.5A
要素EXPORTIN-1
キーワードPROTEIN TRANSPORT / HEAT REPEAT PROTEIN / IMPORTIN-BETA SUPERFAMILY / NUCLEOCYTOPLASMIC TRANSPORT OF PROTEIN AND RNP CARGOES
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to triglyceride / cellular response to salt / HuR (ELAVL1) binds and stabilizes mRNA / annulate lamellae / regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / nuclear export signal receptor activity / regulation of centrosome duplication / regulation of protein export from nucleus / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery ...cellular response to triglyceride / cellular response to salt / HuR (ELAVL1) binds and stabilizes mRNA / annulate lamellae / regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / nuclear export signal receptor activity / regulation of centrosome duplication / regulation of protein export from nucleus / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / nucleocytoplasmic transport / Maturation of hRSV A proteins / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / ribosomal large subunit export from nucleus / protein localization to nucleus / mRNA export from nucleus / Cajal body / ribosomal subunit export from nucleus / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / NPAS4 regulates expression of target genes / ribosomal small subunit export from nucleus / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / protein export from nucleus / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Heme signaling / RHO GTPases Activate Formins / MAPK6/MAPK4 signaling / kinetochore / small GTPase binding / Separation of Sister Chromatids / nuclear envelope / ribosome biogenesis / nuclear membrane / DNA-binding transcription factor binding / response to xenobiotic stimulus / ribonucleoprotein complex / protein domain specific binding / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / RNA binding / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Exportin-1, repeat 3 / Chromosome region maintenance repeat / Exportin-1, repeat 2 / Chromosome region maintenance or exportin repeat / CRM1 / Exportin repeat 2 / CRM1 / Exportin repeat 3 / CRM1 C terminal / Exportin-1, C-terminal / CRM1 C terminal / Exportin-1/5 ...Exportin-1, repeat 3 / Chromosome region maintenance repeat / Exportin-1, repeat 2 / Chromosome region maintenance or exportin repeat / CRM1 / Exportin repeat 2 / CRM1 / Exportin repeat 3 / CRM1 C terminal / Exportin-1, C-terminal / CRM1 C terminal / Exportin-1/5 / Exportin-1/Importin-beta-like / Exportin 1-like protein / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain profile. / Importin-beta, N-terminal domain / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Dian, C. / Bernaudat, F. / Langer, K. / Oliva, M.F. / Fornerod, M. / Schoehn, G. / Muller, C.W. / Petosa, C.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Structure of a Truncation Mutant of the Nuclear Export Factor Crm1 Provides Insights Into the Auto-Inhibitory Role of its C-Terminal Helix.
著者: Dian, C. / Bernaudat, F. / Langer, K. / Oliva, M.F. / Fornerod, M. / Schoehn, G. / Muller, C.W. / Petosa, C.
履歴
登録2013年6月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月28日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EXPORTIN-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,8631
ポリマ－118,8631
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)148.640, 248.330, 107.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 EXPORTIN-1 / HUMAN NUCLEAR EXPORT RECEPTOR CRM1 / EXP1 / CHROMOSOME REGION MAINTENANCE 1 PROTEIN HOMOLOG / EXPORTIN1


分子量: 118863.172 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-1032 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PQE60 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG1 / 参照: UniProt: O14980

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.15 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8
詳細: BY MIXING EQUAL VOLUMES OF PROTEIN (8-10 MG/ML) AND RESERVOIR SOLUTION 0.5 M DISODIUM TARTRATE, 50 MM TRIS PH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9754
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9754 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.5→48.59 Å / Num. obs: 12112 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 145.78 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 4.5→4.74 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.8_1056)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3GB8

3gb8


解像度: 4.5→48.589 Å / SU ML: 0.5 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.69 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: RESIDUES 3-19 AND 932-1017 WERE MODELED AS POLYALANINE OR POLYGLYCINE DUE TO AMBIGUOUS DENSITY
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2692 1212 10.03 %
Rwork0.229 --
obs0.2329 12089 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.5→48.589 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6854 0 0 0 6854
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036978
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7419473
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5132458
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0541113
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031207
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.5001-4.68010.3051330.25451169X-RAY DIFFRACTION100
4.6801-4.89290.27711300.21641189X-RAY DIFFRACTION100
4.8929-5.15060.27241320.22121200X-RAY DIFFRACTION100
5.1506-5.47290.30591310.23791183X-RAY DIFFRACTION100
5.4729-5.89480.27091350.24741202X-RAY DIFFRACTION100
5.8948-6.48680.31811400.26981197X-RAY DIFFRACTION100
6.4868-7.42260.28811290.24941226X-RAY DIFFRACTION100
7.4226-9.34080.25561350.19711231X-RAY DIFFRACTION100
9.3408-48.59180.24041470.22421280X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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