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- PDB-4bsa: Crystal Structure of the Haemagglutinin (with Asn-133 Glycosylati... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bsa
タイトルCrystal Structure of the Haemagglutinin (with Asn-133 Glycosylation) from an H7N9 Influenza Virus Isolated from Humans
要素(HEMAGGLUTININ) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN / H7N3 / H5N1 / FOWL PLAGUE VIRUS / SIALIC ACID / GLYCOPROTEIN / GLYCOSYLATION / VIRUS RECEPTOR / BIRD FLU / SIALYLLACTOSAMINE / 3SLN / 6SLN / LSTC / PANDEMIC
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B ...Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Ribbon / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種INFLUENZA VIRUS A/ANHUI/1/2013
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Xiong, X. / Haire, L.F. / Martin, S.R. / Wharton, S.A. / Daniels, R.S. / Bennett, M.S. / McCauley, J.W. / Collins, P.J. / Walker, P.A. / Skehel, J.J. / Gamblin, S.J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Receptor Binding by an H7N9 Influenza Virus from Humans
著者: Xiong, X. / Martin, S.R. / Haire, L.F. / Wharton, S.A. / Daniels, R.S. / Bennett, M.S. / Mccauley, J.W. / Collins, P.J. / Walker, P.A. / Skehel, J.J. / Gamblin, S.J.
履歴
登録2013年6月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月7日Group: Database references / Refinement description
改定 1.22019年5月22日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEMAGGLUTININ
B: HEMAGGLUTININ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,13421
ポリマ－55,4802
非ポリマー2,65419
水4,810267
1
A: HEMAGGLUTININ
B: HEMAGGLUTININ
ヘテロ分子

A: HEMAGGLUTININ
B: HEMAGGLUTININ
ヘテロ分子

A: HEMAGGLUTININ
B: HEMAGGLUTININ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,40363
ポリマ－166,4406
非ポリマー7,96257
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area43550 Å2
ΔGint-603.4 kcal/mol
Surface area58680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.130, 116.130, 295.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2034-

HOH

21A-2149-

HOH

31B-2038-

HOH

41B-2048-

HOH

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 HEMAGGLUTININ / HAEMAGGLUTININ HA1


分子量: 35037.613 Da / 分子数: 1 / 断片: HA1 OF TRYPSIN RELEASED ECTODOMAIN, RESIDUES 19-339 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) INFLUENZA VIRUS A/ANHUI/1/2013 (H7N9) (A型インフルエンザウイルス)
解説: WHO CHINESE NATIONAL INFLUENZA CENTER / プラスミド: PACGP67A / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: M4YV75
#2: タンパク質 HEMAGGLUTININ / HAEMAGGLUTININ HA2


分子量: 20442.463 Da / 分子数: 1
断片: HA2 OF TRYPSIN RELEASED ECTODOMAIN, RESIDUES 340-516
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) INFLUENZA VIRUS A/ANHUI/1/2013 (H7N9) (A型インフルエンザウイルス)
解説: WHO CHINESE NATIONAL INFLUENZA CENTER / プラスミド: PACGP67A / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: M4YV75

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糖 , 2種, 5分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 281分子

#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細GLOBAL INITIATIVE ON SHARING ALL INFLUENZA DATA (GISAID) V10L, A125T SUBSTITUTIONS ON GISAID- ...GLOBAL INITIATIVE ON SHARING ALL INFLUENZA DATA (GISAID) V10L, A125T SUBSTITUTIONS ON GISAID-EPI439507 AMINO ACID SEQUENCE WERE OBSERVED GLOBAL INITIATIVE ON SHARING ALL INFLUENZA DATA (GISAID) GISAID-EPI439507

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 % / 解説: NONE
結晶化温度: 291 K
詳細: 291 K, 0.1 M PIPES PH 7.0, 2.2 M AMMONIUM SULFATE, 1% PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→58.13 Å / Num. obs: 34364 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2.28 / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 10.92
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 2.28 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1TI8

1ti8


解像度: 2.3→58.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU B: 16.19 / SU ML: 0.209 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.305 / ESU R Free: 0.25 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29557 1725 5.1 %RANDOM
Rwork0.24953 ---
obs0.25183 32404 98.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 56.815 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.27 Å20.27 Å20 Å2
2--0.27 Å20 Å2
3----0.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→58.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3795 0 154 267 4216
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0194017
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023660
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0371.9795441
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6993.0038374
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8855484
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.0624.513195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.05115665
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5461528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.2600
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024549
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02933
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3651.0991942
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3651.0991941
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.6591.6482424
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.241.5732073
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.39 122 -
Rwork0.333 2347 -
obs--98.21 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.99760.151-0.90531.2789-0.50362.77170.22120.01880.14530.1448-0.02390.3082-0.22680.0435-0.19730.0947-0.05530.030.1217-0.04220.311437.5397-36.3254-3.6185
23.41240.75690.95980.1932-0.04157.37810.7256-0.8659-0.05340.2487-0.18220.0419-0.05670.4301-0.54340.7745-0.23620.01630.5024-0.06380.376140.4433-44.973532.8493
34.6797-1.9779-6.6211.07772.419812.9861-0.14090.0995-0.27150.44260.43020.2175-1.54511.782-0.28931.3166-1.01660.42772.0041-0.39330.440947.8146-36.752732.9282
41.53371.20280.27742.9541.11952.85540.5099-0.1894-0.18320.9184-0.0932-0.37680.24720.6536-0.41670.364-0.1417-0.02820.323-0.09690.357142.004-45.003317.8708
51.4960.1675-2.60121.467-1.51685.87370.06140.2820.0612-0.2050.05130.32760.0576-0.4459-0.11270.079-0.0516-0.0410.13920.04770.303541.0104-31.0974-17.2728
61.3381-1.69392.4933.5636-1.37718.89460.1210.44680.0029-0.6075-0.3810.42380.0436-0.23970.260.7261-0.1506-0.2311.04210.20430.311940.6514-28.9207-51.8217
73.1801-0.10523.76362.8733-2.588917.55430.0322-0.003-0.1387-0.2028-0.01840.25880.4135-1.0305-0.01380.2848-0.0983-0.07370.3963-0.04080.45641.6275-39.1744-36.7341
81.72480.6465-0.25821.896-0.65537.61340.1244-0.1290.15330.1635-0.10130.1369-0.1263-0.3796-0.02310.0192-0.00520.03050.0587-0.00420.249350.6625-30.9456-5.551
90.85020.3278-0.11040.88871.682514.2825-0.13150.6898-0.0235-0.59620.1756-0.0320.14120.0929-0.04410.6679-0.0002-0.10140.7154-0.00330.188549.6442-34.3746-53.1384
102.7131.4348-3.28315.4365-3.49274.6447-0.02311.0074-0.0206-1.10510.0572-0.01420.3608-0.9737-0.03411.1173-0.0348-0.28071.3581-0.04870.507143.5441-37.9313-68.7919
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 114
2X-RAY DIFFRACTION2A115 - 183
3X-RAY DIFFRACTION3A184 - 217
4X-RAY DIFFRACTION4A218 - 268
5X-RAY DIFFRACTION5A269 - 317
6X-RAY DIFFRACTION6B1 - 31
7X-RAY DIFFRACTION7B32 - 59
8X-RAY DIFFRACTION8B60 - 104
9X-RAY DIFFRACTION9B105 - 136
10X-RAY DIFFRACTION10B137 - 170

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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