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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4bqv | ||||||
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タイトル | MOUSE CATHEPSIN S WITH COVALENT LIGAND | ||||||
![]() | CATHEPSIN S | ||||||
![]() | HYDROLASE / CYSTEINE PROTEASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() Trafficking and processing of endosomal TLR / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / cathepsin S / basement membrane disassembly / Degradation of the extracellular matrix / positive regulation of cation channel activity / MHC class II antigen presentation / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / cysteine-type peptidase activity / bone resorption ...Trafficking and processing of endosomal TLR / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / cathepsin S / basement membrane disassembly / Degradation of the extracellular matrix / positive regulation of cation channel activity / MHC class II antigen presentation / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / cysteine-type peptidase activity / bone resorption / phagocytic vesicle / Neutrophil degranulation / proteolysis involved in protein catabolic process / early endosome lumen / positive regulation of apoptotic signaling pathway / positive regulation of inflammatory response / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / peptidase activity / lysosome / immune response / cysteine-type endopeptidase activity / cell surface / proteolysis / extracellular space / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Banner, D.W. / Benz, J. / Gsell, B. / Stihle, M. / Ruf, A. / Haap, W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Cathepsin S Nitrile Inhibitors 著者: Haap, W. / Banner, D.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 366.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 302.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.8 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 77 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 105.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24662.480 Da / 分子数: 8 / 断片: RESIDUES 116-340 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-8PW / ( #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.2 % 解説: 8 INDEPENDENT MOLECULES REFINED IN P1. NO HIGHER SYMMETRY POSSIBLE. ALL 8 ARE SIMILAR, WITH PAIRS AD, BC, EG AND FH BEING ALMOST IDENTICAL. MOLECULES ABCD ARE BETTER DEFINED THAN EFGH. |
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結晶化 | pH: 5.5 / 詳細: 25% PEG 3350, 0.1 M BISTRIS PH5.5, 0.2M LI2SO4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→46 Å / Num. obs: 167038 / % possible obs: 89.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.72 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 9.57 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 0.93 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Mean I/σ(I) obs: 3.71 / % possible all: 55 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: IN HOUSE STRUCTURES 解像度: 1.7→43.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 2.807 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.135 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. BUT NOT OUTPUT. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.636 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→43.49 Å
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拘束条件 |
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