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- PDB-4bqf: Arabidopsis thaliana cytosolic alpha-1,4-glucan phosphorylase (PH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bqf
タイトルArabidopsis thaliana cytosolic alpha-1,4-glucan phosphorylase (PHS2) in complex with acarbose
要素ALPHA-GLUCAN PHOSPHORYLASE 2, CYTOSOLIC
キーワードTRANSFERASE / CARBOHYDRATE METABOLISM / SELF-ASSEMBLY ON SURFACES
機能・相同性
機能・相同性情報


1,4-alpha-oligoglucan phosphorylase activity / response to water deprivation / glycogen phosphorylase / glycogen phosphorylase activity / : / : / chloroplast / pyridoxal phosphate binding / carbohydrate metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glycosyl transferase, family 35 / Glycogen/starch/alpha-glucan phosphorylase / Phosphorylase pyridoxal-phosphate attachment site / Carbohydrate phosphorylase / Phosphorylase pyridoxal-phosphate attachment site. / Glycogen Phosphorylase B; / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-acarbose / alpha-D-glucopyranose / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Alpha-glucan phosphorylase 2, cytosolic
類似検索 - 構成要素
生物種ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者O'Neill, E.C. / Rashid, A.M. / Stevenson, C.E.M. / Hetru, A.C. / Gunning, A.P. / Rejzek, M. / Nepogodiev, S.A. / Bornemann, S. / Lawson, D.M. / Field, R.A.
引用ジャーナル: Chem.Sci. / : 2014
タイトル: Sugar-Coated Sensor Chip and Nanoparticle Surfaces for the in Vitro Enzymatic Synthesis of Starch-Like Materials
著者: O'Neill, E.C. / Rashid, A.M. / Stevenson, C.E.M. / Hetru, A.C. / Gunning, A.P. / Rejzek, M. / Nepogodiev, S.A. / Bornemann, S. / Lawson, D.M. / Field, R.A.
履歴
登録2013年5月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_biol / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp ..._exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALPHA-GLUCAN PHOSPHORYLASE 2, CYTOSOLIC
B: ALPHA-GLUCAN PHOSPHORYLASE 2, CYTOSOLIC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)200,54710
ポリマ-198,1292
非ポリマー2,4188
6,197344
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8610 Å2
ΔGint-8.2 kcal/mol
Surface area58770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.249, 117.075, 94.967
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.79, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 ALPHA-GLUCAN PHOSPHORYLASE 2, CYTOSOLIC / ATPHS2 / ALPHA-GLUCAN PHOSPHORYLASE / H ISOZYME / STARCH PHOSPHORYLASE H / PHS2


分子量: 99064.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
プラスミド: PET151-PHS2 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA-2 LYSS / 参照: UniProt: Q9SD76, glycogen phosphorylase

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, 2種, 5分子

#2: 多糖 4,6-dideoxy-4-{[(1S,4R,5S,6S)-4,5,6-trihydroxy-3-(hydroxymethyl)cyclohex-2-en-1-yl]amino}-alpha-D- ...4,6-dideoxy-4-{[(1S,4R,5S,6S)-4,5,6-trihydroxy-3-(hydroxymethyl)cyclohex-2-en-1-yl]amino}-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-acarbose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 645.606 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-acarbose
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5][a2122h-1a_1-5][a2122m-1a_1-5_4*NC^SC^SC^SC^RCCO/7=^ZC$3/6O/5O/4O]/1-2-3/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-6-deoxy-Glcp4N]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / : C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 347分子

#3: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C8H10NO6P
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 344 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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詳細

非ポリマーの詳細ALPHA-ACARBOSE (ACR): CRYSTAL WAS SOAKED FOR 1 WEEK IN A 1 MILLIMOLAR SOLUTION OF ACARBOSE MADE UP ...ALPHA-ACARBOSE (ACR): CRYSTAL WAS SOAKED FOR 1 WEEK IN A 1 MILLIMOLAR SOLUTION OF ACARBOSE MADE UP IN CRYSTALLIZATION WELL SOLUTION PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE (PLP): COVALENTLY LINKED TO LYS 687 OF CORRESPONDING PROTEIN CHAIN ALPHA-D-GLUCOSE (GLC): DENSITY PRESENT FOR ISOLATED MONOSACCHARIDES. THESE WERE MODELLED AS GLUCOSE MOLECULES, BUT WERE MOST LIKELY PART OF DISORDERED ACARBOSE MOLECULES.
配列の詳細A 33-RESIDUE HEXAHISTIDINE AFFINITY TAG IS APPENDED TO THE N-TERMINUS OF THE WILD-TYPE SEQUENCE AND ...A 33-RESIDUE HEXAHISTIDINE AFFINITY TAG IS APPENDED TO THE N-TERMINUS OF THE WILD-TYPE SEQUENCE AND IS DERIVED FROM THE PET151 EXPRESSION VECTOR

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.6 % / 解説: NONE
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.25
詳細: CRYSTALLISED FROM APPROXIMATELY 20% PEG3350, 100 MM AMMONIUM CITRATE PH 8.25, 10% GLYCEROL USING THE HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION METHOD AT 20 DEG C. 1 MICROLITRE OF PROTEIN AT 10 MG PER ML ...詳細: CRYSTALLISED FROM APPROXIMATELY 20% PEG3350, 100 MM AMMONIUM CITRATE PH 8.25, 10% GLYCEROL USING THE HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION METHOD AT 20 DEG C. 1 MICROLITRE OF PROTEIN AT 10 MG PER ML IN 12.5 MM HEPES PH 7.5, 25 MM NACL WAS MIXED WITH 1 MICROLITRE OF THE WELL SOLUTION TO GIVE THE FINAL DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.98
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→66.42 Å / Num. obs: 69673 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 45.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.35→2.48 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.79 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GPB
解像度: 2.35→60.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 18.638 / SU ML: 0.211 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.413 / ESU R Free: 0.254 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24024 3670 5 %RANDOM
Rwork0.1838 ---
obs0.1866 69673 99.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.04 Å20 Å2-2.09 Å2
2---2.55 Å20 Å2
3---0.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→60.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13030 0 138 344 13512
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0213547
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.029159
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5931.96218420
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.118322273
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.17651668
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.76224.06633
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.315152244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.491589
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.22043
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02115071
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.022819
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.31 259 -
Rwork0.281 5035 -
obs--99.68 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6557-0.03260.27680.739-0.30681.23830.0375-0.0064-0.16560.09910.01180.03910.0678-0.0131-0.04930.0747-0.0054-0.00110.0486-0.0180.09338.3495-33.051336.5525
20.53240.34630.42871.190.08791.1789-0.04340.1466-0.0134-0.00890.0143-0.1165-0.12410.20390.02910.0786-0.02140.01420.12720.00030.074452.743-15.750227.6985
30.6691-0.3680.26922.2530.69714.4321-0.04430.22270.0567-0.22050.06770.1257-0.2502-0.228-0.02330.2663-0.0573-0.01270.22130.04250.111348.1194-1.44119.8707
41.73781.69180.15261.95180.20410.5141-0.15460.16560.1044-0.2360.12460.1334-0.10730.07820.030.11050.02310.00230.0868-0.0170.068731.6638-23.905213.4518
52.07241.83060.35035.66493.09012.62970.2159-0.23970.05490.6617-0.18430.22150.3403-0.1077-0.03160.12190.01120.03120.08040.00410.097211.7602-32.127330.4187
60.8881-0.69770.59262.21590.30311.90480.0074-0.06340.16480.1298-0.10080.32720.0276-0.26320.09340.0683-0.01550.05250.0828-0.02910.200411.4448-16.465630.0815
70.9632-0.12660.50733.77630.55811.32950.0083-0.02050.3371-0.1598-0.17460.343-0.2872-0.11470.16630.08250.03480.01360.1078-0.01340.18189.1423-10.057619.004
84.73282.1725-0.0351.2399-0.11280.0695-0.09830.45840.0343-0.11360.1101-0.02190.03360.0862-0.01180.12240.0146-0.00060.1672-0.02440.031131.3172-33.037213.2876
90.3773-0.02970.16041.01350.26780.94470.03280.0863-0.13120.0077-0.0326-0.11290.05270.1438-0.00020.0679-0.0247-0.03580.07250.02640.124955.5899-29.178457.8084
105.07850.3885.45690.7098-0.60937.4202-0.154-0.29440.27560.0415-0.06060.0776-0.2363-0.28260.21460.13080.00770.06410.0592-0.02770.059744.9334-6.552450.9964
110.6253-1.40330.04653.5328-0.07841.8237-0.0199-0.0797-0.04050.21040.00470.12430.07370.08080.01520.1348-0.04710.02850.1037-0.00140.013344.7361-15.048275.2647
122.1021-1.1620.49021.6911-0.5250.271-0.286-0.25030.05370.41440.2166-0.1411-0.13880.02870.06930.2519-0.0211-0.11570.17750.0510.10865.9991-22.064179.8574
132.7377-0.61021.16843.6078-0.13812.3642-0.05440.0502-0.0614-0.23110.1101-0.3233-0.07580.1605-0.05560.1921-0.1469-0.01040.22890.0580.165187.3377-13.566560.4652
141.1380.1330.88962.0439-0.95861.2532-0.22190.0766-0.0232-0.07030.1628-0.171-0.1532-0.01950.05910.1326-0.0887-0.02050.20090.04310.139381.7127-20.853267.0234
150.88130.20540.54543.1939-0.65432.4237-0.2478-0.030.23860.32570.1502-0.2565-0.6376-0.01410.09750.2726-0.0507-0.16510.2920.02920.313888.5864-7.057873.8952
163.7926-0.8509-0.0790.78240.18720.0804-0.1931-0.23530.09230.17260.1254-0.0364-0.01080.05750.06770.1813-0.0163-0.08360.09280.07930.158768.7935-32.991178.7122
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A15 - 182
2X-RAY DIFFRACTION2A183 - 379
3X-RAY DIFFRACTION3A380 - 433
4X-RAY DIFFRACTION4A434 - 526
5X-RAY DIFFRACTION5A527 - 573
6X-RAY DIFFRACTION6A574 - 694
7X-RAY DIFFRACTION7A695 - 805
8X-RAY DIFFRACTION8A806 - 841
9X-RAY DIFFRACTION9B15 - 248
10X-RAY DIFFRACTION10B249 - 292
11X-RAY DIFFRACTION11B293 - 404
12X-RAY DIFFRACTION12B405 - 548
13X-RAY DIFFRACTION13B549 - 640
14X-RAY DIFFRACTION14B641 - 706
15X-RAY DIFFRACTION15B707 - 803
16X-RAY DIFFRACTION16B804 - 841

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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