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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4bq0 | ||||||
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タイトル | Pseudomonas aeruginosa beta-alanine:pyruvate aminotransferase holoenzyme without divalent cations on dimer-dimer interface | ||||||
![]() | BETA-ALANINE--PYRUVATE TRANSAMINASE | ||||||
![]() | TRANSFERASE / PSEUDO-TRANSLATION | ||||||
機能・相同性 | ![]() beta-alanine-pyruvate transaminase / beta-alanine-pyruvate transaminase activity / beta-alanine biosynthetic process / adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate transaminase activity / biotin biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Isupov, M.N. / Lebedev, A.A. / Westlake, A. / Sayer, C. / Littlechild, J.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Space-Group and Origin Ambiguity in Macromolecular Structures with Pseudo-Symmetry and its Treatment with the Program Zanuda. 著者: Lebedev, A.A. / Isupov, M.N. #1: ![]() タイトル: Structural Studies of Pseudomonas and Chromobacterium Omega-Aminotransferases Provide Insights Into Their Differing Substrate Specificity. 著者: Sayer, C. / Isupov, M.N. / Westlake, A. / Littlechild, J.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 389.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 320.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 478.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 506.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 83.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 124.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4b9bS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48432.887 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CL / #3: 化合物 | ChemComp-PLP / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE (PLP): COFACTOR PLP WAS NOT MODELLED TO FORM A SCHIFF BASE LINK ,INTERNAL ...PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE (PLP): COFACTOR PLP WAS NOT MODELLED TO FORM A SCHIFF BASE LINK ,INTERNAL ALDIMINE, TO THE CATALYTIC LYS288. THE OCCUPANCY REFINEMENT | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.9 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.5 詳細: 10 MG/ML PROTEIN, 50MM SODIUM CHLORIDE, 30 MM PYRUVATE, 100 MM SODIUM CITRATE, 20% W/V PEG 3000, PH 5.5, MICROBATCH CRYSTALLIZATION METHOD |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年10月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9778 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.77→64 Å / Num. obs: 2104915 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 25.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 12.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.77→1.82 Å / 冗長度: 12.1 % / Rmerge(I) obs: 0.79 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 98.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 4B9B 解像度: 1.77→63.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 4.504 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.166 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.264 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.77→63.37 Å
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拘束条件 |
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