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- PDB-4bpi: Mcl-1 bound to alpha beta Puma BH3 peptide 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bpi
タイトルMcl-1 bound to alpha beta Puma BH3 peptide 2
要素
  • ALPHA BETA BH3PEPTIDE
  • FUSION PROTEIN CONSISTING OF INDUCED MYELOID LEUKEMIA CELL DIFFERENTIATION PROTEIN MCL-1 HOMOLOG
キーワードAPOPTOSIS / CHIMERA / BIM
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / positive regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of fibroblast apoptotic process / T cell apoptotic process / positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / cell fate determination / cellular homeostasis / positive regulation of thymocyte apoptotic process / fibroblast apoptotic process ...positive regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / positive regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of fibroblast apoptotic process / T cell apoptotic process / positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / cell fate determination / cellular homeostasis / positive regulation of thymocyte apoptotic process / fibroblast apoptotic process / mitochondrial fusion / Bcl-2 family protein complex / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / execution phase of apoptosis / FOXO-mediated transcription of cell death genes / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / apoptotic mitochondrial changes / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis / protein transmembrane transporter activity / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / response to cytokine / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / cellular response to ionizing radiation / negative regulation of autophagy / intrinsic apoptotic signaling pathway / response to endoplasmic reticulum stress / release of cytochrome c from mitochondria / determination of adult lifespan / positive regulation of protein-containing complex assembly / apoptotic signaling pathway / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of neuron apoptotic process / channel activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / regulation of apoptotic process / cellular response to hypoxia / mitochondrial outer membrane / cell differentiation / positive regulation of apoptotic process / mitochondrial matrix / protein heterodimerization activity / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bcl-2-binding component 3 / Bcl-2-binding component 3, p53 upregulated modulator of apoptosis / Apoptosis regulator, Mcl-1 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site ...Bcl-2-binding component 3 / Bcl-2-binding component 3, p53 upregulated modulator of apoptosis / Apoptosis regulator, Mcl-1 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 homolog / Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 / Bcl-2-binding component 3, isoforms 1/2
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.982 Å
データ登録者Smith, B.J. / Lee, E.F. / Checco, J.W. / Gellman, S.H. / Fairlie, W.D.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2013
タイトル: Structure-Guided Rational Design of Alpha/Beta-Peptide Foldamers with High Affinity for Bcl-2 Family Prosurvival Proteins.
著者: Smith, B.J. / Lee, E.F. / Checco, J.W. / Evangelista, M. / Gellman, S.H. / Fairlie, W.D.
履歴
登録2013年5月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月15日Group: Source and taxonomy
改定 2.02019年4月24日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: diffrn_source / entity_poly ...diffrn_source / entity_poly / pdbx_seq_map_depositor_info / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12019年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.22023年9月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 3.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.12023年12月20日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 3.22024年5月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp / Item: _chem_comp.type
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FUSION PROTEIN CONSISTING OF INDUCED MYELOID LEUKEMIA CELL DIFFERENTIATION PROTEIN MCL-1 HOMOLOG
B: ALPHA BETA BH3PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0257
ポリマ－20,4632
非ポリマー5625
水30617
1
A: FUSION PROTEIN CONSISTING OF INDUCED MYELOID LEUKEMIA CELL DIFFERENTIATION PROTEIN MCL-1 HOMOLOG
B: ALPHA BETA BH3PEPTIDE
ヘテロ分子

A: FUSION PROTEIN CONSISTING OF INDUCED MYELOID LEUKEMIA CELL DIFFERENTIATION PROTEIN MCL-1 HOMOLOG
B: ALPHA BETA BH3PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,05014
ポリマ－40,9264
非ポリマー1,12410
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+1/31
Buried area6050 Å2
ΔGint-94.4 kcal/mol
Surface area14910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.780, 53.780, 93.965
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 FUSION PROTEIN CONSISTING OF INDUCED MYELOID LEUKEMIA CELL DIFFERENTIATION PROTEIN MCL-1 HOMOLOG / BCL-2-RELATED PROTEIN EAT/MCL1 / BCL-2-LIKE PROTEIN 3 / BCL2- L-3 / BCL-2-RELATED PROTEIN EAT/MCL1 ...BCL-2-RELATED PROTEIN EAT/MCL1 / BCL-2-LIKE PROTEIN 3 / BCL2- L-3 / BCL-2-RELATED PROTEIN EAT/MCL1 / MCL1/EAT / MCL-1 BCL-2-LIKE PROTEIN 3 / BCL2-L-3 / BCL-2-RELATED PROTEIN EAT/MCL1 / MCL1/EAT


分子量: 18227.592 Da / 分子数: 1
断片: FUSION PROTEIN OF MOUSE MCL-1, RESIDUES 152-189 AND HUMAN MCL-1, RESIDUES 209-327
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ), (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト)
プラスミド: PGEX6P3 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P97287, UniProt: Q07820
#2: タンパク質・ペプチド ALPHA BETA BH3PEPTIDE


分子量: 2235.499 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BXH1*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細CHIMERA WITH MOUSE MCL-1

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.3 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES, PH7.5 1M SODIUM ACETATE, 0.05M CADMIUM SULPHATE

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 1.265106
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月11日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.265106 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→18.69 Å / Num. obs: 11279 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.09 % / Biso Wilson estimate: 37.16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 16.88
反射 シェル解像度: 1.98→2.05 Å / 冗長度: 15.6 % / Rmerge(I) obs: 0.83 / Mean I/σ(I) obs: 2.95 / % possible all: 92.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2NL9

2nl9


解像度: 1.982→18.688 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 2.04 / 位相誤差: 27.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.243 566 5 %
Rwork0.2169 --
obs0.2183 11279 99.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.982→18.688 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1291 0 5 17 1313
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0161338
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2031770
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.661503
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08196
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004228
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9824-2.18160.27341350.20642564X-RAY DIFFRACTION97
2.1816-2.49660.24091410.19612667X-RAY DIFFRACTION100
2.4966-3.1430.28111420.24512690X-RAY DIFFRACTION100
3.143-18.6890.22761480.21242792X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 7.1676 Å / Origin y: -13.5078 Å / Origin z: 8.2027 Å
111213212223313233
T0.4211 Å2-0.0178 Å20.0087 Å2-0.2091 Å2-0.0005 Å2--0.2587 Å2
L3.1489 °21.0133 °21.5528 °2-4.4709 °20.1178 °2--3.1175 °2
S0.0258 Å °0.1938 Å °-0.4084 Å °-0.2717 Å °0.1988 Å °0.0298 Å °0.5251 Å °-0.0781 Å °-0.1685 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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