PDB-4boj: Crystal structure of Bacillus circulans TN-31 Aman6 in complex wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4boj

タイトル

Crystal structure of Bacillus circulans TN-31 Aman6 in complex with mannobiose

要素

ALPHA-1,6-MANNANASE

キーワード

HYDROLASE / OXIDOREDUCTASE

機能・相同性

機能・相同性情報

catalytic activity / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

BACILLUS CIRCULANS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.379 Å

データ登録者

Striebeck, A. / van Aalten, D.M.F.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The Structure of B. Circulans Aman6 Defines the Fold and Mechanism of the Gh-76 Mannoprotein Transglycosylases and Bacterial Mannosidases
著者: Striebeck, A. / Borodkin, V.S. / Ferenbach, A.T. / Van Aalten, D.M.F.

履歴

登録	2013年5月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年5月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4boj.cif.gz	229.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4boj.ent.gz	185 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4boj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4boj_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4boj_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	4boj_validation.xml.gz	45.5 KB	表示
CIF形式データ	4boj_validation.cif.gz	71.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/4boj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/4boj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4bokC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4d4d-1 4q88-2 6zbx-1 5agd-1 6ui3-d 3ipw-d 4d4d-2 4qp0-d 7cju-1 6hfs-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ALPHA-1,6-MANNANASE

B: ALPHA-1,6-MANNANASE

C: ALPHA-1,6-MANNANASE

ヘテロ分子

118 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ALPHA-1,6-MANNANASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ALPHA-1,6-MANNANASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: ALPHA-1,6-MANNANASE

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
39.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.630, 114.140, 134.410
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

ALPHA-1,6-MANNANASE / AMAN6

分子量: 38844.648 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 35-375 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 6-O-ALPHA-D-MANNOPYRANOSYL-D-MANNOPYRANOSE / 由来: (組換発現)

BACILLUS CIRCULANS (バクテリア) / 株: TN-31 / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Z4P9

#2: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose / 6alpha-alpha-mannobiose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 6alpha-alpha-mannobiose

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 1086 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.09 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 0.2 M POTASSIUM SODIUM TARTRATE TETRAHYDRATE, 0.1 M SODIUM CITRATE TRIBASIC DEHYDRATE, PH 4.6, 2 M AMMONIUM SULPHATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.979
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→58 Å / Num. obs: 220511 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 13.59 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 12.9
反射シェル	最高解像度: 1.4 Å / 冗長度: 2.3 % / R_merge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 94.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.379→57.912 Å / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.69 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.191	11076	5 %
R_work	0.1705	-	-
obs	0.1715	220506	98.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.379→57.912 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8087	0	69	1086	9242

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	8400
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.478	11440
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.303	2922
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.093	1181
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	1481

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3793-1.395	0.3466	348	0.3026	6216	X-RAY DIFFRACTION	90
1.395-1.4114	0.2936	381	0.2857	6727	X-RAY DIFFRACTION	96
1.4114-1.4286	0.2583	384	0.2602	6777	X-RAY DIFFRACTION	98
1.4286-1.4467	0.2566	388	0.2435	6897	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4467-1.4657	0.2758	352	0.2279	6960	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4657-1.4858	0.234	354	0.2163	6975	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4858-1.507	0.2275	342	0.2038	7051	X-RAY DIFFRACTION	100
1.507-1.5295	0.2204	353	0.1925	6966	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5295-1.5534	0.2203	348	0.1865	6963	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5534-1.5789	0.2058	398	0.1811	7010	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5789-1.6061	0.2231	339	0.1837	7054	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6061-1.6354	0.2182	377	0.1857	6952	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6354-1.6668	0.2168	366	0.1765	6924	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6668-1.7008	0.2075	381	0.1795	7013	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7008-1.7378	0.2215	377	0.1708	6985	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7378-1.7782	0.2036	348	0.1714	7048	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7782-1.8227	0.2006	377	0.1707	7015	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8227-1.872	0.2003	343	0.1744	7042	X-RAY DIFFRACTION	100
1.872-1.9271	0.2135	387	0.1763	6959	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9271-1.9893	0.1865	360	0.1671	7006	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9893-2.0604	0.1886	356	0.1697	7074	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0604-2.1429	0.1859	383	0.1585	7033	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1429-2.2404	0.1772	398	0.1625	7018	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2404-2.3586	0.1791	374	0.1601	7006	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3586-2.5063	0.1863	367	0.166	6994	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5063-2.6998	0.1952	393	0.17	7059	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6998-2.9715	0.1834	377	0.1749	7110	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9715-3.4015	0.1767	377	0.1686	7075	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4015-4.2853	0.1567	345	0.1392	7138	X-RAY DIFFRACTION	98
4.2853-57.9632	0.1593	403	0.1507	7383	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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