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- PDB-4bof: Crystal structure of arginine deiminase from group A streptococcus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bof
タイトルCrystal structure of arginine deiminase from group A streptococcus
要素ARGININE DEIMINASE
キーワードHYDROLASE / VACCINE
機能・相同性
機能・相同性情報


arginine deiminase / arginine deiminase activity / arginine catabolic process to ornithine / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pentein / Arginine deiminase / Arginine deiminase / Arginine deiminase / L-arginine/glycine Amidinotransferase; Chain A / 5-stranded Propeller / L-arginine/glycine Amidinotransferase; Chain A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / Arginine deiminase
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOCOCCUS PYOGENES (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.48 Å
データ登録者Henningham, A. / Ericsson, D.J. / Langer, K. / Casey, L. / Jovcevski, B. / Chhatwal, G.S. / Aquilina, J.A. / Batzloff, M.R. / Kobe, B. / Walker, M.J.
引用ジャーナル: MBio / 年: 2013
タイトル: Structure-informed design of an enzymatically inactive vaccine component for group A Streptococcus.
著者: Henningham, A. / Ericsson, D.J. / Langer, K. / Casey, L.W. / Jovcevski, B. / Chhatwal, G.S. / Aquilina, J.A. / Batzloff, M.R. / Kobe, B. / Walker, M.J.
履歴
登録2013年5月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月28日Group: Derived calculations
改定 1.22019年2月27日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: citation / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ARGININE DEIMINASE
B: ARGININE DEIMINASE
C: ARGININE DEIMINASE
D: ARGININE DEIMINASE
E: ARGININE DEIMINASE
F: ARGININE DEIMINASE
G: ARGININE DEIMINASE
H: ARGININE DEIMINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)372,85327
ポリマ－370,8218
非ポリマー2,03219
水5,242291
1
A: ARGININE DEIMINASE
H: ARGININE DEIMINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,2407
ポリマ－92,7052
非ポリマー5345
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3850 Å2
ΔGint-64.2 kcal/mol
Surface area32030 Å2
手法PISA
2
B: ARGININE DEIMINASE
C: ARGININE DEIMINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,0906
ポリマ－92,7052
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3420 Å2
ΔGint-71.8 kcal/mol
Surface area32160 Å2
手法PISA
3
F: ARGININE DEIMINASE
G: ARGININE DEIMINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,4348
ポリマ－92,7052
非ポリマー7296
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4490 Å2
ΔGint-59.8 kcal/mol
Surface area31650 Å2
手法PISA
4
E: ARGININE DEIMINASE
ヘテロ分子

D: ARGININE DEIMINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,0906
ポリマ－92,7052
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
Buried area3450 Å2
ΔGint-74.2 kcal/mol
Surface area31710 Å2
手法PISA
5
D: ARGININE DEIMINASE
ヘテロ分子

E: ARGININE DEIMINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,0906
ポリマ－92,7052
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_556x,y,z+11
Buried area3450 Å2
ΔGint-74.2 kcal/mol
Surface area31710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.910, 92.740, 120.970
Angle α, β, γ (deg.)96.15, 90.27, 100.13
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.3872, -0.3496, -0.8531), (0.8175, 0.5581, 0.1424), (0.4264, -0.7526, 0.5019)30.26, -10.98, -52.81
2given(-0.6112, 0.3619, 0.7039), (0.4908, -0.5244, 0.6958), (0.6209, 0.7708, 0.1429)-20.58, -56.84, -6.436
3given(-0.563, 0.5608, -0.607), (0.5538, -0.2892, -0.7808), (-0.6135, -0.7758, -0.1478)36.15, 7.079, -29.1
4given(0.5213, -0.3511, 0.7778), (-0.3566, -0.9177, -0.1752), (0.7753, -0.186, -0.6036)62.76, -39.91, -66.92
5given(0.2358, -0.9665, -0.1012), (-0.9665, -0.2441, 0.0797), (-0.1017, 0.079, -0.9917)-20.99, -23.77, -30.21
6given(-0.03091, 0.9661, 0.2565), (-0.3555, 0.2292, -0.9062), (-0.9342, -0.1192, 0.3363)27.3, -26.69, -17.05
7given(-0.9647, -0.1933, -0.1791), (-0.2203, 0.2189, 0.9505), (-0.1445, 0.9564, -0.2538)-3.122, 2.91, -4.74

-
要素

#1: タンパク質
ARGININE DEIMINASE / ADI / ARGININE DIHYDROLASE / AD / STREPTOCOCCAL ACID GLYCOPROTEIN


分子量: 46352.676 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS PYOGENES (化膿レンサ球菌)
株: MGAS5005 / 解説: GROUP A STREPTOCOCCUS / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0C0B3, arginine deiminase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 291 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
解説: DATA INTEGRATED FROM TWO LATTICES IN A SINGLE CRYSTAL.
結晶化pH: 5.5
詳細: 0.1M BIS-TRIS PH 5.5, 20% PEG3350, 0.3M LISO4, 25MG/ML PROTEIN

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.953693
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953693 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.48→46.85 Å / Num. obs: 131658 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 1.21 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 54.68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 10.25
反射 シェル解像度: 2.48→2.57 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.98 / Mean I/σ(I) obs: 1.21 / % possible all: 94.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1S9R

1s9r


解像度: 2.48→36.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9033 / SU R Cruickshank DPI: 0.523 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.453 / SU Rfree Blow DPI: 0.258 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.271
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2441 6579 5 %RANDOM
Rwork0.2111 ---
obs0.2128 131631 99.34 %-
原子変位パラメータBiso mean: 58.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.9793 Å28.2544 Å23.0916 Å2
2---0.8683 Å21.0706 Å2
3---7.8477 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.415 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.48→36.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25915 0 113 291 26319
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0126481HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1235804HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d12528SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes759HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes3772HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it26481HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.15
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.22
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion3460SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact29781SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.48→2.54 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2984 462 5.05 %
Rwork0.2414 8689 -
all0.2441 9151 -
obs--99.34 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.777-0.38130.17910.88760.33532.29480.1070.15690.12410.0879-0.0965-0.1404-0.45540.1259-0.0105-0.1156-0.05840.05380.04430.021-0.115823.1637-24.5151-42.8599
21.30780.430.16341.21380.18652.6348-0.05440.19880.1852-0.1704-0.06830.2223-0.0283-0.1530.1227-0.10510.05210.03180.0133-0.0019-0.09627.335-28.3162-55.3135
31.40760.6801-0.21740.5591-0.13192.3334-0.09620.28570.0445-0.24410.06730.0792-0.09660.09130.0289-0.0905-0.01050.02950.080.0092-0.040920.5895-31.9407-54.6794
41.951-0.62890.62841.98850.9364.24520.1708-0.0897-0.48190.18070.0196-0.44810.41120.7716-0.1904-0.19310.02340.02490.102-0.0491-0.039836.8706-41.2922-42.2418
50.1712-0.0337-0.0820.5207-0.37552.30550.0466-0.0915-0.10210.2307-0.06580.02070.2270.10640.0192-0.0879-0.06110.03810.0674-0.0086-0.123121.2898-35.6123-31.0353
61.3943-0.2537-0.10180.01790.81013.2179-0.19090.2262-0.17540.01060.1121-0.3371-0.13520.21460.0788-0.102-0.21980.0341-0.0156-0.0463-0.2233-18.4991-12.290714.974
72.7997-0.32680.57021.95640.16411.6318-0.45380.05580.7241-0.21220.2015-0.0358-1.03290.24910.25230.1693-0.1286-0.1547-0.1703-0.0492-0.1743-24.08191.897414.5883
82.4484-0.92120.43173.91471.30243.3396-0.12190.6787-0.2364-0.3155-0.09680.1994-0.62940.25190.2187-0.2469-0.20510.06710.1407-0.1103-0.2132-18.8545-18.1742-2.8736
90.1834-0.3549-1.0327-0.0134-0.85253.01430.05690.224-0.1379-0.09470.0943-0.2070.24690.3105-0.1512-0.2178-0.020.03620.1643-0.21010.049-15.9787-34.25856.4138
100.22480.247-0.30980.0942-0.32453.9025-0.05260.1593-0.29290.08120.1016-0.23960.14040.6378-0.049-0.2734-0.03120.05820.151-0.1067-0.0372-12.1488-25.212315.3838
111.5573-0.0869-2.33221.04550.43533.71650.1736-0.1899-0.21690.1939-0.1139-0.18860.1196-0.0947-0.0597-0.1332-0.0641-0.036-0.03880.0052-0.0776-31.7525-29.734237.1672
121.58750.91660.72352.79490.93710.37760.24540.1419-0.5525-0.0132-0.0662-0.1310.31720.1829-0.1792-0.08830.0023-0.0605-0.155-0.04210.0177-34.6166-45.427133.0138
131.7101-1.1102-0.10282.88541.47272.68960.1853-0.1401-0.34540.0868-0.11750.00140.149-0.0863-0.0678-0.0627-0.1357-0.0054-0.0320.0374-0.1099-44.9083-31.262443.0363
144.30260.7566-0.22342.1386-0.08170.10590.0541-0.04410.40730.00540.02890.3587-0.1148-0.2605-0.0830.0243-0.11320.04720.0254-0.0259-0.0983-49.3916-13.544246.0135
150.47210.39350.46172.7269-0.00510.90440.1554-0.0745-0.00560.0625-0.06380.0878-0.14450.2872-0.0915-0.0657-0.08560.03460.0355-0.0319-0.1108-30.5169-15.390740.9856
161.5355-0.2152-0.41152.5849-0.9541-0.0328-0.1280.1624-0.2771-0.53480.2896-0.31790.11770.0515-0.16160.1065-0.22720.0950.0388-0.0662-0.1105-1.70512.6134.2013
172.23130.79350.59461.84510.74090.2668-0.16750.0391-0.0678-0.04590.3755-0.48390.20410.3486-0.208-0.1897-0.01920.06280.0657-0.12120.021112.270714.547949.9885
181.7669-0.122-0.03671.99310.44621.4993-0.0739-0.02680.1484-0.2750.11650.1156-0.13470.0155-0.0426-0.0509-0.16190.0278-0.03020.0224-0.1957-11.959324.417339.5607
193.5071.8302-3.57291.00041.347813.5385-0.1151-0.03820.3764-0.1507-0.18310.1872-0.2498-0.25140.29820.0648-0.08660.0203-0.037-0.0591-0.0598-17.88766.723945.989
202.3411.4744-0.18152.2089-0.24541.7442-0.15180.1960.0465-0.15020.27420.13260.18140.0111-0.12240.0031-0.07090.0392-0.0263-0.0074-0.0965-12.13235.089740.9373
211.187-0.35630.39512.85861.19812.57510.1426-0.2594-0.24410.5852-0.45830.38440.7643-0.98750.31560.0146-0.36820.0669-0.0291-0.0839-0.3765-19.68624.8067-49.1705
225.6807-3.16113.13372.96592.28839.688-0.0561-0.6615-0.01360.7498-0.0613-0.44020.1951-0.50740.11740.2726-0.1333-0.1437-0.2650.0025-0.2716-4.80796.2309-33.8497
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345.3546-2.029-4.72683.5289-6.40683.8519-0.1080.50640.29010.2088-0.05920.4078-0.17420.19680.16720.02580.02-0.02680.013-0.0698-0.026219.038-10.993812.494
35-0.13440.87890.14633.1083-1.24270.1564-0.00890.03080.58530.15950.00490.4609-0.4273-0.2780.004-0.00410.0495-0.0054-0.10350.08770.012715.9439-4.8189-0.8573
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372.3696-1.24630.79813.00220.12492.27730.2896-0.0352-0.39960.3273-0.13290.07131.0351-0.1893-0.15660.1443-0.24870.0345-0.0311-0.0277-0.2616-1.6759-61.3987-22.9124
386.277-0.38611.58596.4707-0.58482.42140.53360.8301-0.8349-0.7347-0.33980.6660.9751-0.7649-0.1938-0.1854-0.2462-0.06110.2057-0.2692-0.3292-20.9453-56.6285-36.9098
396.24440.35190.15470.8852-0.1381.060.04610.1211-0.0252-0.2553-0.04510.67450.5577-0.9404-0.001-0.1993-0.1282-0.0140.3452-0.1056-0.0818-19.5864-42.7388-44.3422
403.63260.1998-0.6984-0.21410.65162.40.16780.00640.16830.0267-0.28130.50640.002-0.73510.1135-0.3146-0.07460.10890.1542-0.1191-0.1182-12.4584-38.1125-31.2355
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND RESSEQ 4:29
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND RESSEQ 30:147
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND RESSEQ 148:223
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND RESSEQ 224:337
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND RESSEQ 338:411
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND RESSEQ 3:51
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND RESSEQ 52:164
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND RESSEQ 165:315
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN B AND RESSEQ 316:361
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN B AND RESSEQ 362:411
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN C AND RESSEQ 4:52
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN C AND RESSEQ 53:157
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN C AND RESSEQ 158:244
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN C AND RESSEQ 245:340
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN C AND RESSEQ 341:411
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN D AND RESSEQ 3:29
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN D AND RESSEQ 30:162
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN D AND RESSEQ 163:336
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN D AND RESSEQ 337:365
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN D AND RESSEQ 366:411
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN E AND RESSEQ 6:208
22X-RAY DIFFRACTION22CHAIN E AND RESSEQ 209:248
23X-RAY DIFFRACTION23CHAIN E AND RESSEQ 249:337
24X-RAY DIFFRACTION24CHAIN E AND RESSEQ 338:356
25X-RAY DIFFRACTION25CHAIN E AND RESSEQ 357:411
26X-RAY DIFFRACTION26CHAIN F AND RESSEQ 4:52
27X-RAY DIFFRACTION27CHAIN F AND RESSEQ 53:208
28X-RAY DIFFRACTION28CHAIN F AND RESSEQ 209:311
29X-RAY DIFFRACTION29CHAIN F AND RESSEQ 312:350
30X-RAY DIFFRACTION30CHAIN F AND RESSEQ 351:411
31X-RAY DIFFRACTION31CHAIN G AND RESSEQ 4:157
32X-RAY DIFFRACTION32CHAIN G AND RESSEQ 158:229
33X-RAY DIFFRACTION33CHAIN G AND RESSEQ 230:336
34X-RAY DIFFRACTION34CHAIN G AND RESSEQ 337:352
35X-RAY DIFFRACTION35CHAIN G AND RESSEQ 353:411
36X-RAY DIFFRACTION36CHAIN H AND RESSEQ 4:134
37X-RAY DIFFRACTION37CHAIN H AND RESSEQ 135:206
38X-RAY DIFFRACTION38CHAIN H AND RESSEQ 207:312
39X-RAY DIFFRACTION39CHAIN H AND RESSEQ 313:356
40X-RAY DIFFRACTION40CHAIN H AND RESSEQ 357:411

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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