PDB-4bnk: Crystal structure of S. aureus FabI in complex with NADP and 5-fl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4bnk

タイトル

Crystal structure of S. aureus FabI in complex with NADP and 5-fluoro- 2-phenoxyphenol

要素

ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE SUPERFAMILY / FATTY ACID BIOSYNTHESIS / LIPID SYNTHESIS / SAFABI

機能・相同性

機能・相同性情報

: / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH, Re-specific) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / fatty acid biosynthetic process / nucleotide binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

STAPHYLOCOCCUS AUREUS SUBSP. AUREUS (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Schiebel, J. / Chang, A. / Bommineni, G.R. / Tonge, P.J. / Kisker, C.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Rational Optimization of Drug-Target Residence Time: Insights from Inhibitor Binding to the S. Aureus Fabi Enzyme-Product Complex.
著者: Chang, A. / Schiebel, J. / Yu, W. / Bommineni, G.R. / Pan, P. / Baxter, M.V. / Khanna, A. / Sotriffer, C.A. / Kisker, C.F. / Tonge, P.J.

履歴

登録	2013年5月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月3日	Group: Database references
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4bnk.cif.gz	815.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4bnk.ent.gz	682.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4bnk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/4bnk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/4bnk	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4bnfC 4bngC 4bnhC 4bniC 4bnjC 4bnlC 4bnmC 4bnnC 4alkS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4cuz-1 4cv1-1 4cv1-2 2op1-1 4d45-1 3f4b-d 1nhg-2 4d41-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (2) #235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

B: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

C: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

D: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

E: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

F: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

G: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

H: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

ヘテロ分子

258 kDa, 8 ポリマー
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1

A: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

B: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

C: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

D: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
129 kDa, 4 ポリマー
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2

E: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

F: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

G: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

H: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
129 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	90.610, 95.010, 94.950
Angle α, β, γ (deg.)	98.12, 97.00, 112.79
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH] / ENOYL-ACP REDUCTASE / ENR 分子量: 31144.240 Da / 分子数: 8 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) STAPHYLOCOCCUS AUREUS SUBSP. AUREUS (黄色ブドウ球菌) 株: N315 / プラスミド: PETM-11 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q7A6D8, UniProt: A0A0H3JLH9*PLUS, EC: 1.3.1.10

#1: タンパク質

ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH] / ENOYL-ACP REDUCTASE / ENR

分子量: 31144.240 Da / 分子数: 8 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

STAPHYLOCOCCUS AUREUS SUBSP. AUREUS (黄色ブドウ球菌)
株: N315 / プラスミド: PETM-11 / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q7A6D8, UniProt: A0A0H3JLH9*PLUS, EC: 1.3.1.10

-
非ポリマー , 5種, 810分子

#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-FPL / 5-fluoro-2-phenoxyphenol 分子量: 204.197 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₉FO₂
#4: 化合物	ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₄
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 788 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 58 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M NA/K-PHOSPHATE PH 6.5, 36% MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→46.11 Å / Num. obs: 94724 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 7.2
反射シェル	解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 96

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4ALK

4alk

解像度: 2.5→46.11 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.893 / SU B: 19.337 / SU ML: 0.211 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.411 / ESU R Free: 0.28 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25006	4746	5 %	RANDOM
R_work	0.17998	-	-	-
obs	0.18354	89978	96.59 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.587 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.11 Å²	2.09 Å²	0.56 Å²
2-	-	-0.76 Å²	-0.14 Å²
3-	-	-	-1.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→46.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15668	0	555	788	17011

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	16524
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.814	1.997	22366
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.7	5	2042
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.687	25.075	735
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.671	15	2875
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.182	15	89
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.113	0.2	2524
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	12641
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.694	1.5	10106
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.267	2	16177
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.219	3	6418
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.525	4.5	6182
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.337	361	-
R_work	0.257	6612	-
obs	-	-	95.99 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.7867	-0.2359	0.9389	0.661	-1.2365	4.2702	-0.1384	-0.2661	-0.7307	-0.0256	-0.0506	0.2324	0.5792	-0.2251	0.1891	0.3033	-0.0726	0.1217	0.1404	-0.0443	0.4983	-10.904	-13.1987	-36.0797
2	1.4416	-1.3182	1.1909	2.081	-0.3319	3.882	-0.0031	-0.1463	-0.7649	0.206	0.0752	0.7659	0.5962	-0.1181	-0.0721	0.2936	-0.0088	0.0932	0.1153	0.0838	0.525	-6.9605	-20.8048	-34.0462
3	3.0831	0.6006	0.2667	2.8134	-0.3662	2.1581	-0.101	0.1176	-0.3762	-0.0914	0.0177	-0.0419	0.2847	0.1065	0.0833	0.1896	0.0162	0.0364	0.1078	0.0421	0.1556	2.2547	-14.4395	-42.7355
4	2.5174	1.3055	0.0226	2.0887	0.6474	0.4641	0.0478	0.1886	-0.122	-0.0512	-0.0921	0.0708	0.111	0.0394	0.0443	0.247	0.0435	0.0014	0.2072	0.0307	0.169	4.3891	-2.9474	-43.7253
5	1.0193	-0.4209	-0.4098	1.0776	-0.5026	0.6681	-0.0007	-0.0058	-0.0848	-0.0797	0.0158	0.1354	0.0766	-0.0176	-0.0151	0.2367	-0.0017	-0.0093	0.2518	-0.0145	0.1824	-1.3815	0.7804	-44.8657
6	4.4524	-1.5869	-1.6679	10.2944	5.5063	4.0874	-0.2885	-0.6617	0.2286	0.7666	0.2978	-0.5811	0.1819	0.2274	-0.0093	0.2957	0.002	-0.0841	0.3352	0.0528	0.2344	-0.4001	3.452	-23.3241
7	2.7018	-0.8035	-1.3657	0.7671	0.3676	0.7727	-0.0242	0.0443	-0.2843	0.0011	-0.1093	0.1638	0.0088	-0.1729	0.1335	0.2172	-0.0323	-0.0142	0.3371	0.0091	0.3008	-12.1959	2.8381	-36.267
8	0.4845	-0.8448	-0.6684	1.7433	0.5685	5.9811	0.0059	0.0568	0.2342	-0.3059	-0.1546	-0.5282	-0.0487	0.3133	0.1487	0.3143	-0.0448	0.0939	0.2275	0.0425	0.3778	23.8914	23.5244	-54.9333
9	1.6987	-0.3055	0.6187	4.8553	2.6695	3.9014	0.198	0.003	0.3261	-0.5165	-0.1006	-0.8576	-0.2672	0.634	-0.0974	0.2102	-0.0867	0.1567	0.369	0.0617	0.3766	31.1997	19.9819	-58.0606
10	0.7955	-0.3353	-0.1724	2.7964	1.7374	3.5681	-0.048	-0.0526	-0.0412	-0.1746	0.0613	-0.4416	0.0352	0.3151	-0.0133	0.1552	-0.0455	0.0927	0.1972	0.0648	0.1827	25.632	9.5939	-49.502
11	2.8959	0.8891	1.0402	2.1648	1.0329	1.7131	-0.0898	0.099	0.0746	-0.0286	0.0817	-0.1408	0.1219	0.2204	0.008	0.1515	0.0045	0.0643	0.2244	0.03	0.0772	14.4264	7.5673	-47.5565
12	1.3331	0.2734	-0.5315	0.9977	-0.3845	0.5099	-0.0056	-0.0323	0.0773	-0.1792	-0.0045	-0.1978	-0.1223	-0.1362	0.0101	0.2477	0.0398	0.0141	0.2449	0.0111	0.2158	10.9943	13.0804	-45.5626
13	7.8072	-2.2344	-1.2602	9.2659	3.3105	1.2453	0.5764	1.3211	-0.9164	-0.6573	-0.7407	0.3037	-0.262	-0.2299	0.1643	0.5293	0.1024	0.0327	0.5218	-0.0674	0.1634	5.8282	14.1674	-66.9518
14	0.6337	-0.6723	0.6776	1.6949	-0.6583	2.3631	0.1915	-0.1013	0.1166	-0.2688	-0.1577	-0.0738	-0.0241	-0.1022	-0.0339	0.2651	-0.0023	0.0527	0.1973	-0.0024	0.1869	7.9793	24.5496	-53.0583
15	0.8636	-0.0137	0.4783	1.3907	1.9924	3.1867	-0.0346	-0.0772	0.3638	-0.1098	0.1465	-0.1787	-0.2659	0.2604	-0.1119	0.3959	-0.0325	0.0942	0.2197	-0.0252	0.4677	6.3062	44.299	-42.6145
16	5.9119	0.4544	-2.0808	1.8299	2.2614	4.0833	0.1103	-0.1234	0.7283	-0.3439	-0.0026	0.0352	-0.6033	0.0663	-0.1077	0.4967	0.0203	-0.0209	0.0479	0.0482	0.497	2.5501	51.9993	-39.8865
17	1.5045	1.2296	-0.6365	2.1576	-0.0448	3.0595	0.026	0.0932	0.389	-0.3179	0.0092	0.3163	-0.3952	-0.2899	-0.0352	0.2628	0.1106	-0.002	0.0895	0.0027	0.2882	-9.1431	44.7295	-44.365
18	1.7195	0.3985	-0.6935	2.0969	-0.4576	1.3042	0.0418	0.1806	0.2404	-0.2003	-0.0434	0.0975	-0.1987	-0.2415	0.0016	0.2699	0.0675	-0.0578	0.128	-0.0528	0.1756	-11.213	33.5554	-43.7261
19	0.8282	-0.1837	-0.6829	1.0736	0.4438	3.353	0.0129	0.0265	0.0255	-0.1409	-0.1657	-0.0704	-0.1972	-0.1819	0.1528	0.2574	0.0611	0.0018	0.1453	-0.0128	0.154	-6.1119	29.5783	-45.9263
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41	X-RAY DIFFRACTION	41	F	194 - 214
42	X-RAY DIFFRACTION	42	F	215 - 256
43	X-RAY DIFFRACTION	43	G	3 - 29
44	X-RAY DIFFRACTION	44	G	30 - 61
45	X-RAY DIFFRACTION	45	G	62 - 104
46	X-RAY DIFFRACTION	46	G	105 - 154
47	X-RAY DIFFRACTION	47	G	155 - 193
48	X-RAY DIFFRACTION	48	G	194 - 214
49	X-RAY DIFFRACTION	49	G	215 - 256
50	X-RAY DIFFRACTION	50	H	3 - 29
51	X-RAY DIFFRACTION	51	H	30 - 61
52	X-RAY DIFFRACTION	52	H	62 - 104
53	X-RAY DIFFRACTION	53	H	105 - 154
54	X-RAY DIFFRACTION	54	H	155 - 193
55	X-RAY DIFFRACTION	55	H	194 - 214
56	X-RAY DIFFRACTION	56	H	215 - 256

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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