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万見
- PDB-4bnb: Nitroreductase CinD from Lactococcus lactis in complex with 4- ni... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bnb
タイトルNitroreductase CinD from Lactococcus lactis in complex with 4- nitroquinoline 1-oxide
要素COPPER INDUCED NITROREDUCTASE D
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to oxidative stress / oxidoreductase activity / nucleotide binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nitroreductase Frm2/Hbn1-like / NADH Oxidase / NADH Oxidase / Nitroreductase / Nitroreductase family / Nitroreductase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / 4-NITROQUINOLINE 1-OXIDE / Nitroreductase domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種LACTOCOCCUS LACTIS (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.478 Å
データ登録者Waltersperger, S. / Oberholzer, A.E. / Baumgartner, R.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Nitroreductase Cind from Lactococcus Lactis in Complex with 2 4-Nitroquinoline 1-Oxidenone
著者: Waltersperger, S. / Oberholzer, A.E. / Baumgartner, R.
履歴
登録2013年5月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年12月20日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COPPER INDUCED NITROREDUCTASE D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2684
ポリマ－22,4311
非ポリマー8373
水4,720262
1
A: COPPER INDUCED NITROREDUCTASE D
ヘテロ分子

A: COPPER INDUCED NITROREDUCTASE D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5368
ポリマ－44,8622
非ポリマー1,6736
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y,-z+1/21
Buried area8160 Å2
ΔGint-43.5 kcal/mol
Surface area16380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.052, 120.518, 68.444
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2002-

HOH

21A-2069-

HOH

31A-2142-

HOH

41A-2169-

HOH

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要素

#1: タンパク質 COPPER INDUCED NITROREDUCTASE D


分子量: 22431.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: - FLAVIN MONONUCLEOTIDE COFACTOR - IN COMPLEX WITH 2 4-NITROPHENOL
由来: (組換発現) LACTOCOCCUS LACTIS (乳酸菌) / 株: IL1403 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5[ALPHA] / 参照: UniProt: Q9CED0
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-YHX / 4-NITROQUINOLINE 1-OXIDE


分子量: 190.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H6N2O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.21 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.48→100 Å / Num. obs: 37568 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 2.9 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 1.48→1.57 Å / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WQF

2wqf


解像度: 1.478→40.013 Å / SU ML: 0.14 / σ(F): 2 / 位相誤差: 16.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1647 1879 5 %
Rwork0.1351 --
obs0.1366 37559 99.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 20 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.478→40.013 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1490 0 59 262 1811
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031589
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.782160
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.115578
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048229
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004275
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4776-1.51750.24641410.16712696X-RAY DIFFRACTION99
1.5175-1.56220.22131440.14742724X-RAY DIFFRACTION100
1.5622-1.61260.21211450.13782747X-RAY DIFFRACTION100
1.6126-1.67020.20491430.12642724X-RAY DIFFRACTION100
1.6702-1.73710.1761430.12552728X-RAY DIFFRACTION100
1.7371-1.81620.18791440.12532720X-RAY DIFFRACTION100
1.8162-1.91190.18261440.12512733X-RAY DIFFRACTION100
1.9119-2.03170.17531430.12172726X-RAY DIFFRACTION99
2.0317-2.18850.16371440.11682731X-RAY DIFFRACTION99
2.1885-2.40880.16031440.12132731X-RAY DIFFRACTION99
2.4088-2.75720.17221450.12822753X-RAY DIFFRACTION99
2.7572-3.47350.13271470.1342790X-RAY DIFFRACTION99
3.4735-40.02780.14951520.15462877X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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