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- PDB-4bn5: Structure of human SIRT3 in complex with SRT1720 inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bn5
タイトルStructure of human SIRT3 in complex with SRT1720 inhibitor
要素NAD-DEPENDENT PROTEIN DEACETYLASE SIRTUIN-3, MITOCHONDRIAL
キーワードHYDROLASE / LYSINE DEACETYLASE / ADP RIBOSE
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of superoxide dismutase activity / positive regulation of catalase activity / NAD-dependent protein lysine delactylase activity / positive regulation of ceramide biosynthetic process / peptidyl-lysine deacetylation / Maturation of TCA enzymes and regulation of TCA cycle / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity / protein acetyllysine N-acetyltransferase / protein deacetylation / histone deacetylase activity, NAD-dependent ...positive regulation of superoxide dismutase activity / positive regulation of catalase activity / NAD-dependent protein lysine delactylase activity / positive regulation of ceramide biosynthetic process / peptidyl-lysine deacetylation / Maturation of TCA enzymes and regulation of TCA cycle / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity / protein acetyllysine N-acetyltransferase / protein deacetylation / histone deacetylase activity, NAD-dependent / positive regulation of oxidative phosphorylation / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / protein lysine deacetylase activity / cellular response to stress / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / NAD+ binding / Mitochondrial unfolded protein response (UPRmt) / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / aerobic respiration / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / positive regulation of insulin secretion / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / sequence-specific DNA binding / mitochondrial matrix / enzyme binding / protein-containing complex / mitochondrion / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
SIR2/SIRT2 'Small Domain' / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / Sirtuin, catalytic core small domain superfamily / Sirtuin family / : / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / TPP-binding domain / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily ...SIR2/SIRT2 'Small Domain' / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / Sirtuin, catalytic core small domain superfamily / Sirtuin family / : / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / TPP-binding domain / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBA-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Chem-SR7 / NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Nguyen, G.T.T. / Schaefer, S. / Gertz, M. / Weyand, M. / Steegborn, C.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structures of Human Sirtuin 3 Complexes with Adp-Ribose and with Carba-Nad+ and Srt1720: Binding Details and Inhibition Mechanism
著者: Nguyen, G.T.T. / Schaefer, S. / Gertz, M. / Weyand, M. / Steegborn, C.
履歴
登録2013年5月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月31日Group: Database references
改定 1.22013年8月7日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD-DEPENDENT PROTEIN DEACETYLASE SIRTUIN-3, MITOCHONDRIAL
B: NAD-DEPENDENT PROTEIN DEACETYLASE SIRTUIN-3, MITOCHONDRIAL
C: NAD-DEPENDENT PROTEIN DEACETYLASE SIRTUIN-3, MITOCHONDRIAL
D: NAD-DEPENDENT PROTEIN DEACETYLASE SIRTUIN-3, MITOCHONDRIAL
E: NAD-DEPENDENT PROTEIN DEACETYLASE SIRTUIN-3, MITOCHONDRIAL
F: NAD-DEPENDENT PROTEIN DEACETYLASE SIRTUIN-3, MITOCHONDRIAL
G: NAD-DEPENDENT PROTEIN DEACETYLASE SIRTUIN-3, MITOCHONDRIAL
H: NAD-DEPENDENT PROTEIN DEACETYLASE SIRTUIN-3, MITOCHONDRIAL
I: NAD-DEPENDENT PROTEIN DEACETYLASE SIRTUIN-3, MITOCHONDRIAL
J: NAD-DEPENDENT PROTEIN DEACETYLASE SIRTUIN-3, MITOCHONDRIAL
K: NAD-DEPENDENT PROTEIN DEACETYLASE SIRTUIN-3, MITOCHONDRIAL
L: NAD-DEPENDENT PROTEIN DEACETYLASE SIRTUIN-3, MITOCHONDRIAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)389,77452
ポリマ－375,03612
非ポリマー14,73840
水00
1
A: NAD-DEPENDENT PROTEIN DEACETYLASE SIRTUIN-3, MITOCHONDRIAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4504
ポリマ－31,2531
非ポリマー1,1973
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: NAD-DEPENDENT PROTEIN DEACETYLASE SIRTUIN-3, MITOCHONDRIAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4504
ポリマ－31,2531
非ポリマー1,1973
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: NAD-DEPENDENT PROTEIN DEACETYLASE SIRTUIN-3, MITOCHONDRIAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5435
ポリマ－31,2531
非ポリマー1,2904
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: NAD-DEPENDENT PROTEIN DEACETYLASE SIRTUIN-3, MITOCHONDRIAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5435
ポリマ－31,2531
非ポリマー1,2904
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: NAD-DEPENDENT PROTEIN DEACETYLASE SIRTUIN-3, MITOCHONDRIAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4504
ポリマ－31,2531
非ポリマー1,1973
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: NAD-DEPENDENT PROTEIN DEACETYLASE SIRTUIN-3, MITOCHONDRIAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4504
ポリマ－31,2531
非ポリマー1,1973
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: NAD-DEPENDENT PROTEIN DEACETYLASE SIRTUIN-3, MITOCHONDRIAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4504
ポリマ－31,2531
非ポリマー1,1973
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: NAD-DEPENDENT PROTEIN DEACETYLASE SIRTUIN-3, MITOCHONDRIAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4504
ポリマ－31,2531
非ポリマー1,1973
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
9
I: NAD-DEPENDENT PROTEIN DEACETYLASE SIRTUIN-3, MITOCHONDRIAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4504
ポリマ－31,2531
非ポリマー1,1973
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
10
J: NAD-DEPENDENT PROTEIN DEACETYLASE SIRTUIN-3, MITOCHONDRIAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4504
ポリマ－31,2531
非ポリマー1,1973
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
11
K: NAD-DEPENDENT PROTEIN DEACETYLASE SIRTUIN-3, MITOCHONDRIAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5435
ポリマ－31,2531
非ポリマー1,2904
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
12
L: NAD-DEPENDENT PROTEIN DEACETYLASE SIRTUIN-3, MITOCHONDRIAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5435
ポリマ－31,2531
非ポリマー1,2904
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)227.820, 246.060, 127.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 123.88, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
NAD-DEPENDENT PROTEIN DEACETYLASE SIRTUIN-3, MITOCHONDRIAL / HSIRT3 / REGULATORY PROTEIN SIR2 HOMOLOG 3 / SIR2-LIKE PROTEIN 3


分子量: 31253.010 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PVFT3S / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA2
参照: UniProt: Q9NTG7, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用
#2: 化合物
ChemComp-CNA / CARBA-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / カルバNAD+


分子量: 662.460 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H30N7O13P2
#3: 化合物
ChemComp-SR7 / N-{2-[3-(piperazin-1-ylmethyl)imidazo[2,1-b][1,3]thiazol-6-yl]phenyl}quinoxaline-2-carboxamide / SRT-1720


分子量: 469.561 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H23N7OS
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.1 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 20% (W/V) PEG3350, 0.2 M SODIUM FLUORIDE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月14日 / 詳細: DYNAMICALLY BENDABLE MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.25→25 Å / Num. obs: 91158 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 3.25→3.3 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 1.44 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3GLS

3gls


解像度: 3.25→48.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 55.678 / SU ML: 0.442 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.335 / ESU R Free: 0.486 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26534 4558 5 %RANDOM
Rwork0.20791 ---
obs0.21073 86600 99.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 97.868 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.87 Å20 Å2-0.07 Å2
2---3.78 Å20 Å2
3---2.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.25→48.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25548 0 972 0 26520
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0227353
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.0226031
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.222.03137404
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1643.01559812
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.61553263
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.6522.8671123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.223154187
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.36215217
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.24200
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02130057
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.026166
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.25→3.334 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.405 335 -
Rwork0.359 6377 -
obs--99.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.53660.36610.92954.3277-0.85153.5746-0.09910.68990.53640.27050.51220.357-0.4560.4155-0.41310.31960.04210.23790.89680.19840.2608223.47587.774117.3114
24.4836-0.62141.82273.56750.67055.9474-0.2760.5616-0.31480.42870.56220.15270.63420.4575-0.28620.40060.18950.20240.8285-0.04620.2124213.3649-24.783910.5002
32.8013-0.30250.17587.82931.37734.59750.4198-0.19970.30821.4821-0.21670.26080.34390.6654-0.20311.07980.05620.40390.5758-0.00080.1913215.3393-2.536447.9953
43.96550.4475-0.19377.474-0.16853.02840.08390.50310.32880.8816-0.23311.29850.5404-0.34050.14920.62460.0220.640.55690.02660.7466188.368-14.49529.8701
52.62990.098-0.31913.83990.24045.97280.0876-0.17960.07280.12570.0216-0.53930.05380.0499-0.10910.3456-0.00580.07780.4289-0.12250.9281209.3233-55.168654.9704
64.2466-1.0356-1.02793.5350.70093.40670.0239-0.2394-0.40410.6350.2359-0.38550.627-0.1306-0.25970.8057-0.0777-0.4370.56960.08060.679262.9589-24.43332.1907
74.2486-0.0269-1.52493.61940.02013.541-0.0462-0.03770.0842-0.5030.01150.34870.1219-0.0930.03470.8699-0.1348-0.16640.43170.01940.4713183.922138.264837.6098
85.4294-0.33640.93443.95850.34552.4448-0.15140.07070.1889-0.93160.0063-0.1109-0.56990.1490.14511.2124-0.2004-0.26250.45260.12570.5977193.9267.890935.6352
93.5660.24931.53073.8992-0.38874.8116-0.04740.2104-0.6347-0.36380.0576-0.71610.21420.0213-0.01020.49650.04870.04250.4355-0.2061.2198207.4232-84.98344.8877
102.62650.3547-0.22253.5037-1.2134.4134-0.0945-0.22150.6236-0.09180.1730.7479-0.4335-0.0887-0.07850.3840.0486-0.26430.5751-0.09861.097184.79287.4064-20.5768
111.3742-0.15590.11494.8858-0.4791.94810.0427-0.4579-0.12591.51470.0424-0.7844-0.0728-0.2088-0.08511.65930.1157-0.99680.7431-0.10341.3539282.6849-14.07157.2237
122.4623-0.0568-0.10895.7370.2691.8671-0.1440.4346-0.01690.2337-0.0048-1.8464-0.09320.25760.14880.64770.0339-0.61980.7307-0.12672.2598301.2626-2.982229.6758
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A122 - 394
2X-RAY DIFFRACTION2B122 - 394
3X-RAY DIFFRACTION3C122 - 394
4X-RAY DIFFRACTION4D122 - 393
5X-RAY DIFFRACTION5E122 - 394
6X-RAY DIFFRACTION6F122 - 394
7X-RAY DIFFRACTION7G122 - 394
8X-RAY DIFFRACTION8H122 - 394
9X-RAY DIFFRACTION9I122 - 394
10X-RAY DIFFRACTION10J122 - 394
11X-RAY DIFFRACTION11K122 - 394
12X-RAY DIFFRACTION12L122 - 394

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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