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- PDB-4bn2: The crystal structure of kinesin-like protein KIF15 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bn2
タイトルThe crystal structure of kinesin-like protein KIF15
要素KINESIN-LIKE PROTEIN KIF15
キーワードMOTOR PROTEIN / KINESIN / MOTOR DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


plus-end kinesin complex / centrosome separation / plus-end-directed microtubule motor activity / Kinesins / kinesin complex / microtubule motor activity / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / microtubule-based movement / cytoskeletal motor activity / mitotic spindle assembly ...plus-end kinesin complex / centrosome separation / plus-end-directed microtubule motor activity / Kinesins / kinesin complex / microtubule motor activity / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / microtubule-based movement / cytoskeletal motor activity / mitotic spindle assembly / MHC class II antigen presentation / spindle pole / mitotic cell cycle / microtubule binding / microtubule / centrosome / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Hyaluronan-mediated motility receptor, C-terminal / Kinesin-like protein KIF15/KIN-12E / Hyaluronan mediated motility receptor C-terminal / Kinesin motor domain / Kinesin / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain superfamily ...Hyaluronan-mediated motility receptor, C-terminal / Kinesin-like protein KIF15/KIN-12E / Hyaluronan mediated motility receptor C-terminal / Kinesin motor domain / Kinesin / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Kinesin-like protein KIF15
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.695 Å
データ登録者Klejnot, M. / Falnikar, A. / Ulaganathan, V. / Cross, R. / Baas, P. / Kozielski, F.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: The Crystal Structure and Biochemical Characterization of Kif15: A Bifunctional Molecular Motor Involved in Bipolar Spindle Formation and Neuronal Development
著者: Klejnot, M. / Falnikar, A. / Ulaganathan, V. / Cross, R.A. / Baas, P.W. / Kozielski, F.
履歴
登録2013年5月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月22日Group: Database references / Structure summary
改定 2.02019年10月16日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: atom_site / exptl_crystal_grow ...atom_site / exptl_crystal_grow / pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / reflns / reflns_shell
Item: _atom_site.occupancy / _exptl_crystal_grow.temp ..._atom_site.occupancy / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.status_code_sf / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 2.12023年12月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: KINESIN-LIKE PROTEIN KIF15
B: KINESIN-LIKE PROTEIN KIF15
C: KINESIN-LIKE PROTEIN KIF15
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,4789
ポリマ－118,1233
非ポリマー1,3556
水3,657203
1
A: KINESIN-LIKE PROTEIN KIF15
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8263
ポリマ－39,3741
非ポリマー4522
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: KINESIN-LIKE PROTEIN KIF15
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8263
ポリマ－39,3741
非ポリマー4522
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: KINESIN-LIKE PROTEIN KIF15
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8263
ポリマ－39,3741
非ポリマー4522
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.080, 90.080, 249.010
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-2013-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A AND (RESSEQ 10:26 OR RESSEQ 33:109 OR RESSEQ...
211CHAIN B AND (RESSEQ 10:26 OR RESSEQ 33:109 OR RESSEQ...
311CHAIN C AND (RESSEQ 10:26 OR RESSEQ 33:109 OR RESSEQ...

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.999959, 0.007568, 0.004923), (0.00751, -0.999903, 0.011759), (0.005012, -0.011721, -0.999919)3.275, -0.758, -83.307
2given(-0.496436, -0.867199, 0.038936), (0.867886, -0.49676, 0.001552), (0.017995, 0.034563, 0.99924)-1.859, -1.114, 1.606

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要素

#1: タンパク質 KINESIN-LIKE PROTEIN KIF15 / KINESIN / KINESIN-LIKE PROTEIN 2 / HKLP2 / KINESIN-LIKE PROTEIN 7 / SEROLOGICALLY DEFINED BREAST ...KINESIN / KINESIN-LIKE PROTEIN 2 / HKLP2 / KINESIN-LIKE PROTEIN 7 / SEROLOGICALLY DEFINED BREAST CANCER ANTIGEN NY-BR-62


分子量: 39374.340 Da / 分子数: 3 / 断片: MOTOR DOMAIN, RESIDUES 19-375 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PETM20MOD / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): CODONPLUS-RIPL / 参照: UniProt: Q9NS87
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細RESIDUES 1 TO 4 CHANGED DUE TO CLONING

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.22 % / 解説: NONE
結晶化温度: 292 K / pH: 6
詳細: 25% POLYETHYLENE GLYCOL-3350 0.20 M MAGNESIUM CHLORIDE 0.1 M TRIS-HC; PH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.8726
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 29592 / % possible obs: 89.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 37.87 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル最高解像度: 2.7 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.378 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 86.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.7.1_743)精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1T5C

1t5c


解像度: 2.695→29.486 Å / SU ML: 0.88 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2591 765 2.6 %
Rwork0.2018 --
obs0.2033 29564 88.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 28.074 Å2 / ksol: 0.335 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.5472 Å20 Å20 Å2
2--1.5472 Å20 Å2
3----3.0944 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.695→29.486 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7256 0 84 203 7543
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0137491
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.75610135
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.7732691
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1421192
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091283
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A2357X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B2357X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.087
13C2283X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.076
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.695-2.90290.39451400.29415505X-RAY DIFFRACTION86
2.9029-3.19470.29591590.22585578X-RAY DIFFRACTION88
3.1947-3.65630.24711420.18535757X-RAY DIFFRACTION90
3.6563-4.60370.21731570.17656004X-RAY DIFFRACTION92
4.6037-29.48730.25031670.19685955X-RAY DIFFRACTION88

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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