PDB-4bm2: CRYSTAL STRUCTURE OF MANGANESE PEROXIDASE 4 FROM PLEUROTUS OSTREA...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4bm2

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF MANGANESE PEROXIDASE 4 FROM PLEUROTUS OSTREATUS - CRYSTAL FORM II

要素

MANGANESE PEROXIDASE 4

キーワード

OXIDOREDUCTASE / CLASS II (FUNGAL) PEROXIDASES / PROTOPORPHYRIN IX / ELECTRON T LIGNIN PEROXIDASE / LIGNIN DEGRADATION

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / cellular response to oxidative stress / heme binding / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

PLEUROTUS OSTREATUS (ヒラタケ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.391 Å

データ登録者

Medrano, F.J. / Romero, A.

引用

ジャーナル: Biotechnol.Biofuels / 年: 2014
タイトル: Ligninolytic Peroxidase Genes in the Oyster Mushroom Genome: Heterologous Expression, Molecular Structure, Catalytic and Stability Properties, and Lignin-Degrading Ability.
著者: Fernandez-Fueyo, E. / Ruiz-Duenas, F.J. / Martinez, M.J. / Romero, A. / Hammel, K.E. / Medrano, F.J. / Martinez, A.T.

履歴

登録	2013年5月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4bm2.cif.gz	149.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4bm2.ent.gz	117.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4bm2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4bm2_validation.pdf.gz	831.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4bm2_full_validation.pdf.gz	832.3 KB	表示
XML形式データ	4bm2_validation.xml.gz	19.5 KB	表示
CIF形式データ	4bm2_validation.cif.gz	30.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bm/4bm2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bm/4bm2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4blkC 4bllC 4blnC 4blxC 4blyC 4blzC 4bm0C 4bm1C 4bm3C 4bm4C 3fmuS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3lm9-d 4bm4-d 4a8t-d 6l8l-3 1lyk-1 4pyv-1 5kot-2 1lyc-1 3fjw-2 5wnl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#17 - 2001年5月シクロオキシゲナーゼ (Cyclooxygenase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: MANGANESE PEROXIDASE 4

ヘテロ分子

37.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	123.670, 86.560, 40.030
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 107.64, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	MANGANESE PEROXIDASE 4 分子量: 36350.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PLEUROTUS OSTREATUS (ヒラタケ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / Variant (発現宿主): W3110 / 参照: UniProt: W5IDB6*PLUS, manganese peroxidase
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 485 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.22 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 0.1 M NA-ACETATE AT PH 4.6 & 2.0 M (NH4)2SO4.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 78216 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.4 % / B_iso Wilson estimate: 10.95 Å² / R_merge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 7.5
反射シェル	解像度: 1.4→1.47 Å / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 87.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3FMU

3fmu

解像度: 1.391→43.28 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.97 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2445	3884	5 %
R_work	0.221	-	-
obs	0.2221	78113	97.09 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.391→43.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2543	0	65	485	3093

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2677
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.256	3638
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.097	979
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	388
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	481

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3909-1.4079	0.4121	80	0.4137	1480	X-RAY DIFFRACTION	54
1.4079-1.4257	0.2687	137	0.2722	2712	X-RAY DIFFRACTION	97
1.4257-1.4445	0.3024	140	0.2486	2621	X-RAY DIFFRACTION	97
1.4445-1.4643	0.274	129	0.2401	2652	X-RAY DIFFRACTION	97
1.4643-1.4852	0.2885	137	0.2394	2665	X-RAY DIFFRACTION	98
1.4852-1.5074	0.2868	142	0.2404	2647	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5074-1.5309	0.2681	143	0.2234	2646	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5309-1.556	0.2786	134	0.2262	2674	X-RAY DIFFRACTION	98
1.556-1.5829	0.2705	137	0.2207	2660	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5829-1.6116	0.2569	138	0.2185	2690	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6116-1.6426	0.2652	149	0.2192	2674	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6426-1.6762	0.2487	145	0.2226	2686	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6762-1.7126	0.3035	143	0.2293	2640	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7126-1.7525	0.2398	142	0.2229	2687	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7525-1.7963	0.2459	137	0.2159	2695	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7963-1.8449	0.2686	138	0.2299	2725	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8449-1.8991	0.2539	143	0.2204	2697	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8991-1.9604	0.2543	137	0.2281	2652	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9604-2.0305	0.2628	145	0.2233	2737	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0305-2.1118	0.2693	144	0.2166	2715	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1118-2.2079	0.247	147	0.2086	2695	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2079-2.3243	0.2474	146	0.2132	2705	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3243-2.4699	0.2351	136	0.2138	2715	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4699-2.6606	0.2356	149	0.2123	2732	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6606-2.9283	0.2235	141	0.2218	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9283-3.3519	0.2381	143	0.2106	2760	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3519-4.2225	0.2112	137	0.2005	2745	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2225-43.3009	0.209	145	0.2337	2796	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8445	-0.3451	0.3329	0.883	-0.1362	0.6854	-0.0315	0.01	0.0367	-0.0446	-0.1332	-0.2595	-0.0178	0.2444	0.0614	0.0821	0.0047	-0.0137	0.1471	0.0037	0.1555	42.1161	-10.8355	18.2498
2	0.9926	0.0159	-0.3476	1.1098	-0.21	0.8293	-0.0379	-0.0064	-0.038	-0.0133	0.0439	0.0628	0.0881	0.0001	-0.0277	0.0882	0.0141	-0.0011	0.0766	-0.0048	0.0895	18.876	-10.0101	16.5463
3	0.4749	0.0985	-0.1977	0.6388	-0.147	0.3769	-0.0438	0.0902	-0.0734	-0.1358	0.0131	0.0487	0.1165	-0.0324	0.0233	0.1277	0.006	0.0027	0.0958	-0.0035	0.0919	23.2609	-16.3647	13.3626
4	0.2254	-0.1515	0.2507	0.2326	-0.0902	0.3628	-0.0185	-0.0094	0.0056	-0.0293	0.0135	0.0835	0.0337	0.0174	0.0117	0.0964	0.0105	0.0233	0.0806	-0.0039	0.0767	26.8722	-9.0765	20.9715
5	0.4069	-0.1052	-0.1816	0.3277	-0.1929	0.3105	-0.0099	0.0247	-0.0331	0.0548	0.0099	0.0155	0.0324	-0.0434	-0.0197	0.0742	-0.0063	-0.0004	0.0884	0.0041	0.0713	10.5694	-2.7457	14.5659
6	0.3742	-0.0548	0.0214	0.3195	-0.0239	0.3268	0.0286	0.0229	-0.013	0.0082	-0.0203	0.0308	0.0285	-0.048	-0.0132	0.0571	0.0021	-0.0005	0.0867	0.0032	0.0672	11.3112	6.4789	5.15
7	0.2634	-0.0759	0.0066	0.7977	-0.3108	0.3056	-0.029	-0.0363	-0.0039	0.138	0.0268	0.0846	-0.007	0.0522	-0.0021	0.121	-0.001	0.0081	0.0993	0.0011	0.0897	24.9451	-0.7539	24.1563
8	0.5825	-0.1419	0.1748	0.6898	-0.4133	0.4366	0.0306	0.0332	0.0946	0.0124	-0.0274	-0.0506	-0.0161	0.0687	0.0031	0.101	-0.0132	-0.0105	0.0954	-0.025	0.0849	20.156	13.576	8.7103
9	0.5918	0.1923	0.0112	0.3249	0.1236	0.7197	-0.0343	0.0445	0.001	0.0991	0.0131	0.0082	-0.0488	0.1986	0.0381	0.1717	-0.0094	0.0409	0.1255	0.0287	0.0915	19.9274	11.7709	-3.3062

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 2 THROUGH 27 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 28 THROUGH 70 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 71 THROUGH 120 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESID 121 THROUGH 140 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESID 141 THROUGH 188 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESID 189 THROUGH 257 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESID 258 THROUGH 285 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN A AND (RESID 286 THROUGH 319 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN A AND (RESID 320 THROUGH 338 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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