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- PDB-4bm0: CRYSTAL STRUCTURE OF FUNGAL VERSATILE PEROXIDASE I FROM PLEUROTUS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bm0
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF FUNGAL VERSATILE PEROXIDASE I FROM PLEUROTUS OSTREATUS - CRYSTAL FORM VII
要素VERSATILE PEROXIDASE I
キーワードOXIDOREDUCTASE / CLASS II FUNGAL PEROXIDASES
機能・相同性
機能・相同性情報


versatile peroxidase / reactive-black-5:hydrogen-peroxide oxidoreductase activity / manganese peroxidase activity / lignin catabolic process / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / cellular response to oxidative stress / heme binding / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Fungal ligninase / Fungal ligninase, C-terminal / Fungal peroxidase extension region / Heme-binding peroxidase Ccp1-like / Peroxidase; domain 2 / Peroxidase, domain 2 / Peroxidase; domain 1 - #10 / Peroxidase; domain 1 / Peroxidases heam-ligand binding site / Peroxidase, active site ...Fungal ligninase / Fungal ligninase, C-terminal / Fungal peroxidase extension region / Heme-binding peroxidase Ccp1-like / Peroxidase; domain 2 / Peroxidase, domain 2 / Peroxidase; domain 1 - #10 / Peroxidase; domain 1 / Peroxidases heam-ligand binding site / Peroxidase, active site / Peroxidases active site signature. / Plant heme peroxidase family profile. / Haem peroxidase / Peroxidase / Peroxidases proximal heme-ligand signature. / Haem peroxidase superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Versatile peroxidase VPL1
類似検索 - 構成要素
生物種PLEUROTUS OSTREATUS (ヒラタケ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.199 Å
データ登録者Medrano, F.J. / Romero, A.
引用ジャーナル: Biotechnol.Biofuels / 年: 2014
タイトル: Ligninolytic Peroxidase Genes in the Oyster Mushroom Genome: Heterologous Expression, Molecular Structure, Catalytic and Stability Properties, and Lignin-Degrading Ability.
著者: Fernandez-Fueyo, E. / Ruiz-Duenas, F.J. / Martinez, M.J. / Romero, A. / Hammel, K.E. / Medrano, F.J. / Martinez, A.T.
履歴
登録2013年5月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月3日Group: Data collection
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VERSATILE PEROXIDASE I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4924
ポリマ－34,7951
非ポリマー6973
水2,360131
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.700, 96.700, 38.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 VERSATILE PEROXIDASE I


分子量: 34794.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PLEUROTUS OSTREATUS (ヒラタケ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / Variant (発現宿主): W3110 / 参照: UniProt: Q9UR19*PLUS, versatile peroxidase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.02 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.1 M NA-HEPES AT PH 7.5, 0.2 M NA-ACETATE & 20 % PEG 3000.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 18474 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 11.3 % / Biso Wilson estimate: 26.83 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.21 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2.2→2.33 Å / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 1.13 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 96.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3FMU

3fmu


解像度: 2.199→48.35 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2712 904 5 %
Rwork0.2279 --
obs0.2301 18244 98.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.329 Å2 / ksol: 0.354 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.2298 Å20 Å20 Å2
2--9.2298 Å20 Å2
3----18.4596 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.199→48.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2426 0 45 131 2602
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052546
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9233488
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.657901
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057386
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005469
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1992-2.33690.37291470.32162742X-RAY DIFFRACTION95
2.3369-2.51740.38691490.31122886X-RAY DIFFRACTION100
2.5174-2.77070.33671540.28592880X-RAY DIFFRACTION100
2.7707-3.17150.29981480.25682899X-RAY DIFFRACTION99
3.1715-3.99550.26611540.20332911X-RAY DIFFRACTION100
3.9955-48.36170.17681520.17053022X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.08880.0181-0.06450.1902-0.01690.04650.05760.1304-0.1211-0.3624-0.0613-0.1084-0.03670.1713-0.00070.38860.10990.08870.31560.00590.3014-22.8882-28.7735-2.241
20.3288-0.0643-0.03680.456-0.36020.41090.07060.0271-0.0504-0.35210.00630.04490.14810.15010.01110.34990.0234-0.00130.1306-0.02330.2079-38.3162-28.3871-2.8059
30.3937-0.1772-0.13650.2123-0.00320.0681-0.0021-0.04340.0515-0.14190.0589-0.0101-0.13670.08090.03660.3788-0.02170.0090.0591-0.01210.1677-37.3784-11.4667-1.7902
40.0504-0.02410.04070.20850.17870.282-0.05860.11030.0537-0.03820.02320.0136-0.24480.2511-0.00020.4258-0.06470.0420.283-0.01210.3128-30.1268-2.0789-1.2678
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 2:50)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 51:159)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 160:279)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESSEQ 280:330)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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