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- PDB-4blw: Crystal structure of Escherichia coli 23S rRNA (A2030-N6)- methyl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4blw
タイトルCrystal structure of Escherichia coli 23S rRNA (A2030-N6)- methyltransferase RlmJ in complex with S-adenosylhomocysteine (AdoHcy) and Adenosine monophosphate (AMP)
要素RIBOSOMAL RNA LARGE SUBUNIT METHYLTRANSFERASE J
キーワードTRANSFERASE / N6-METHYLADENINE / ROSSMANN-LIKE FOLD / SUBDOMAIN INSERTION
機能・相同性
機能・相同性情報


23S rRNA (adenine2030-N6)-methyltransferase / 23S rRNA (adenine(2030)-N(6))-methyltransferase activity / rRNA (adenine-N6-)-methyltransferase activity / carbon utilization / rRNA base methylation / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosomal RNA large subunit methyltransferase J / Ribosomal RNA large subunit methyltransferase D, RlmJ / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Ribosomal RNA large subunit methyltransferase J
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Punekar, A.S. / Liljeruhm, J. / Shepherd, T.R. / Forster, A.C. / Selmer, M.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2013
タイトル: Structural and Functional Insights Into the Molecular Mechanism of Rrna M6A Methyltransferase Rlmj.
著者: Punekar, A.S. / Liljeruhm, J. / Shepherd, T.R. / Forster, A.C. / Selmer, M.
履歴
登録2013年5月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月28日Group: Database references
改定 1.22013年11月13日Group: Database references
改定 1.32014年12月17日Group: Data collection
改定 1.42018年3月7日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: diffrn_source / entity_src_gen
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.52023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RIBOSOMAL RNA LARGE SUBUNIT METHYLTRANSFERASE J
B: RIBOSOMAL RNA LARGE SUBUNIT METHYLTRANSFERASE J
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,92826
ポリマ－66,1782
非ポリマー2,75124
水6,035335
1
A: RIBOSOMAL RNA LARGE SUBUNIT METHYLTRANSFERASE J
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,68216
ポリマ－33,0891
非ポリマー1,59315
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: RIBOSOMAL RNA LARGE SUBUNIT METHYLTRANSFERASE J
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,24610
ポリマ－33,0891
非ポリマー1,1579
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.590, 77.060, 84.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.50, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111(CHAIN A AND (RESSEQ 1:279))
211(CHAIN B AND (RESSEQ 1:279))

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-1, -0.0035, 0.0062), (0.0007, 0.818, 0.5752), (-0.0071, 0.5752, -0.818)
ベクター: 50.2745, -17.6654, 55.9049)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 RIBOSOMAL RNA LARGE SUBUNIT METHYLTRANSFERASE J


分子量: 33088.871 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: SPECIFICALLY MONOMETHYLATES THE ADENINE IN POSITION 2030 OF 23S RRNA
由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / プラスミド: PEXP5-CT/TOPO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P37634, 23S rRNA (adenine2030-N6)-methyltransferase

-
非ポリマー , 7種, 359分子

#2: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#3: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 335 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5
詳細: 0.2 M SODIUM SULFATE DECAHYDRATE, 0.1 M TRIS-HCL PH 8.5 AND 30% W/V PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1.3776
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.3776 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→46 Å / Num. obs: 41777 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 23.07 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 1.95→2.05 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 96.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4BLU

4blu


解像度: 1.95→45.951 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 20.85 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: RESIDUE 280 IN CHAIN B IS DISORDERED AND WAS NOT MODELED.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1991 2088 5 %
Rwork0.167 --
obs0.1686 41772 97.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→45.951 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4503 0 179 335 5017
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014842
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3156563
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4881856
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074711
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008826
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A279X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B279X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.184
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-1.99540.25151360.22952582X-RAY DIFFRACTION96
1.9954-2.04530.24551400.20722662X-RAY DIFFRACTION97
2.0453-2.10060.23021370.19772610X-RAY DIFFRACTION97
2.1006-2.16240.24981370.1912623X-RAY DIFFRACTION97
2.1624-2.23220.25361370.19242601X-RAY DIFFRACTION95
2.2322-2.3120.22921400.18752659X-RAY DIFFRACTION98
2.312-2.40450.24591380.17382628X-RAY DIFFRACTION98
2.4045-2.51390.20211400.17472657X-RAY DIFFRACTION97
2.5139-2.64650.21741360.16872582X-RAY DIFFRACTION95
2.6465-2.81230.19731420.16842686X-RAY DIFFRACTION98
2.8123-3.02940.1961390.1652659X-RAY DIFFRACTION98
3.0294-3.33410.22071380.16922619X-RAY DIFFRACTION96
3.3341-3.81640.151430.14832703X-RAY DIFFRACTION99
3.8164-4.80740.14731400.1382666X-RAY DIFFRACTION97
4.8074-45.96380.20691450.16222747X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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