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万見
- PDB-4bl6: Bicaudal-D uses a parallel, homodimeric coiled coil with heteroty... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bl6
タイトルBicaudal-D uses a parallel, homodimeric coiled coil with heterotypic registry to co-ordinate recruitment of cargos to dynein
要素PROTEIN BICAUDAL D
キーワードPROTEIN TRANSPORT / CARGO BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


oocyte nucleus migration involved in oocyte dorsal/ventral axis specification / : / microtubule anchoring at microtubule organizing center / germarium-derived egg chamber formation / cargo adaptor activity / positive regulation of synaptic vesicle exocytosis / protein transport along microtubule / oocyte microtubule cytoskeleton polarization / germarium-derived oocyte fate determination / positive regulation of clathrin-dependent endocytosis ...oocyte nucleus migration involved in oocyte dorsal/ventral axis specification / : / microtubule anchoring at microtubule organizing center / germarium-derived egg chamber formation / cargo adaptor activity / positive regulation of synaptic vesicle exocytosis / protein transport along microtubule / oocyte microtubule cytoskeleton polarization / germarium-derived oocyte fate determination / positive regulation of clathrin-dependent endocytosis / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / chaeta development / protein localization to organelle / RNA transport / oocyte axis specification / clathrin heavy chain binding / intracellular mRNA localization / cytoskeletal anchor activity / oogenesis / dynein complex binding / regulation of endocytosis / dynactin binding / synaptic vesicle endocytosis / mRNA transport / regulation of microtubule cytoskeleton organization / small GTPase binding / presynapse / cytoskeleton / Golgi apparatus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2470 / Bicaudal-D protein / Microtubule-associated protein Bicaudal-D / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special
類似検索 - ドメイン・相同性
ARGININE / Protein bicaudal D
類似検索 - 構成要素
生物種DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.18 Å
データ登録者Liu, Y. / Salter, H.K. / Holding, A.N. / Johnson, C.M. / Stephens, E. / Lukavsky, P.J. / Walshaw, J. / Bullock, S.L.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2013
タイトル: Bicaudal-D Uses a Parallel, Homodimeric Coiled Coil with Heterotypic Registry to Coordinate Recruitment of Cargos to Dynein
著者: Liu, Y. / Salter, H.K. / Holding, A.N. / Johnson, C.M. / Stephens, E. / Lukavsky, P.J. / Walshaw, J. / Bullock, S.L.
履歴
登録2013年5月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月26日Group: Database references
改定 1.22017年7月12日Group: Derived calculations / カテゴリ: struct_conn
Item: _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag ..._struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN BICAUDAL D
B: PROTEIN BICAUDAL D
C: PROTEIN BICAUDAL D
D: PROTEIN BICAUDAL D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1995
ポリマ－45,0244
非ポリマー1751
水1,910106
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9780 Å2
ΔGint-90.5 kcal/mol
Surface area21610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.199, 62.199, 190.511
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質
PROTEIN BICAUDAL D


分子量: 11256.005 Da / 分子数: 4 / 断片: CARGO BINDING DOMAIN, RESIDUES 656-745 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
解説: FLY CDNA / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P16568
#2: 化合物 ChemComp-ARG / ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N4O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5
詳細: 0.1 M TRIS PH 8.5, 5 % PEG4000, 10 % GLYCEROL, 30 MM MAGNESIUM CHLORIDE, 30 MM CALCIUM CHLORIDE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.98055
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月10日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98055 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.523
11-H-K, K, -L20.477
反射解像度: 2.2→47 Å / Num. obs: 20073 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 34 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 2.18→2.23 Å / 冗長度: 34.7 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Mean I/σ(I) obs: 18 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.18→46.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 2.598 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.051 / ESU R Free: 0.04 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23518 1746 8 %RANDOM
Rwork0.20367 ---
obs0.2061 20073 99.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.344 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-19.37 Å20 Å20 Å2
2--19.37 Å20 Å2
3----38.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.18→46.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2568 0 4 106 2678
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.0222580
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4261.9913464
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7945324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.21225124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.40315525
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3081525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1690.2424
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.021857
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3661.51634
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2122596
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.563946
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.794.5868
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.175→2.231 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.238 111 -
Rwork0.192 1492 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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