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- PDB-4bl5: Crystal structure of human GDP-L-fucose synthase with bound NADP ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bl5
タイトルCrystal structure of human GDP-L-fucose synthase with bound NADP and product GDP-L-fucose
要素GDP-L-FUCOSE SYNTHASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / ISOMERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


GDP-4-dehydro-D-rhamnose reductase activity / GDP-mannose 3,5-epimerase activity / positive regulation of endothelial cell-matrix adhesion via fibronectin / GDP-fucose biosynthesis / GDP-L-fucose synthase / GDP-mannose metabolic process / GDP-L-fucose synthase activity / 'de novo' GDP-L-fucose biosynthetic process / leukocyte cell-cell adhesion / positive regulation of endothelial cell migration ...GDP-4-dehydro-D-rhamnose reductase activity / GDP-mannose 3,5-epimerase activity / positive regulation of endothelial cell-matrix adhesion via fibronectin / GDP-fucose biosynthesis / GDP-L-fucose synthase / GDP-mannose metabolic process / GDP-L-fucose synthase activity / 'de novo' GDP-L-fucose biosynthetic process / leukocyte cell-cell adhesion / positive regulation of endothelial cell migration / electron transfer activity / extracellular exosome / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
GDP-L-fucose synthase/GDP-L-colitose synthase / UDP-galactose 4-epimerase, domain 1 / UDP-galactose 4-epimerase; domain 1 / NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE-BETA-L-FUCOPYRANOSE / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / GDP-L-fucose synthase
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Vollmar, M. / Shafqat, N. / Rojkova, A. / Krojer, T. / Bradley, A. / Raynor, J.W. / Kavanagh, K. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. ...Vollmar, M. / Shafqat, N. / Rojkova, A. / Krojer, T. / Bradley, A. / Raynor, J.W. / Kavanagh, K. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Edwards, A. / Oppermann, U. / Yue, W.W.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Human Gdp-L-Fucose Synthase with Bound Nadp and Product Gdp-L-Fucose
著者: Vollmar, M. / Shafqat, N. / Rojkova, A. / Krojer, T. / Bradley, A. / Raynor, J.W. / Kavanagh, K. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Edwards, A. / Oppermann, U. / Yue, W.W.
履歴
登録2013年5月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: GDP-L-FUCOSE SYNTHASE
B: GDP-L-FUCOSE SYNTHASE
C: GDP-L-FUCOSE SYNTHASE
D: GDP-L-FUCOSE SYNTHASE
E: GDP-L-FUCOSE SYNTHASE
F: GDP-L-FUCOSE SYNTHASE
G: GDP-L-FUCOSE SYNTHASE
H: GDP-L-FUCOSE SYNTHASE
I: GDP-L-FUCOSE SYNTHASE
J: GDP-L-FUCOSE SYNTHASE
K: GDP-L-FUCOSE SYNTHASE
L: GDP-L-FUCOSE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)469,74637
ポリマ－453,69112
非ポリマー16,05525
水73941
1
H: GDP-L-FUCOSE SYNTHASE
I: GDP-L-FUCOSE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,2816
ポリマ－75,6152
非ポリマー2,6654
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4740 Å2
ΔGint-28.1 kcal/mol
Surface area23600 Å2
手法PISA
2
G: GDP-L-FUCOSE SYNTHASE
J: GDP-L-FUCOSE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,2816
ポリマ－75,6152
非ポリマー2,6654
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4800 Å2
ΔGint-26.9 kcal/mol
Surface area23370 Å2
手法PISA
3
A: GDP-L-FUCOSE SYNTHASE
E: GDP-L-FUCOSE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,2816
ポリマ－75,6152
非ポリマー2,6654
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4800 Å2
ΔGint-26.8 kcal/mol
Surface area23500 Å2
手法PISA
4
B: GDP-L-FUCOSE SYNTHASE
D: GDP-L-FUCOSE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,2816
ポリマ－75,6152
非ポリマー2,6654
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4820 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area22920 Å2
手法PISA
5
K: GDP-L-FUCOSE SYNTHASE
L: GDP-L-FUCOSE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,2816
ポリマ－75,6152
非ポリマー2,6654
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4820 Å2
ΔGint-24.6 kcal/mol
Surface area23300 Å2
手法PISA
6
C: GDP-L-FUCOSE SYNTHASE
F: GDP-L-FUCOSE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,3437
ポリマ－75,6152
非ポリマー2,7285
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4940 Å2
ΔGint-23.3 kcal/mol
Surface area23430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.407, 90.478, 147.518
Angle α, β, γ (deg.)72.54, 72.64, 60.14
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H
91I
101J
111K
121L

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: NAP / Beg label comp-ID: NAP / End auth comp-ID: GFB / End label comp-ID: GFB / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 901 - 902

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AM - N
2BO - P
3CQ - R
4DS - T
5EU - V
6FW - X
7GZ - AA
8HBA - CA
9IDA - EA
10JFA - GA
11KHA - IA
12LJA - KA

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.973832, 0.225686, -0.026788), (0.227009, 0.971583, -0.067038), (0.010897, -0.071365, -0.997391)14.75431, -7.21084, -158.33777
3given(0.293178, -0.955726, 0.025198), (-0.954243, -0.294143, -0.053846), (0.058874, -0.008259, -0.998231)14.26089, -5.21534, -157.30489
4given(-0.488614, 0.87193, -0.031536), (-0.872323, -0.487467, 0.037802), (0.017588, 0.04598, 0.998788)48.39155, -75.17809, 2.9112
5given(0.68116, 0.731497, -0.030536), (0.731239, -0.681797, -0.021009), (-0.036187, -0.008019, -0.999313)37.77964, -93.49619, -154.88553
6given(-0.504157, -0.86358, 0.007474), (0.860962, -0.501913, 0.082625), (-0.067602, 0.04809, 0.996553)48.53348, -75.88112, 2.59869
7given(0.40282, -0.913019, -0.064283), (-0.914726, -0.399142, -0.062942), (0.031809, 0.084156, -0.995945)-13.15497, -113.33179, -218.84412
8given(-0.584406, 0.810623, 0.036884), (-0.810109, -0.585452, 0.03114), (0.046836, -0.011681, 0.998834)57.04783, -26.49594, 66.78764
9given(-0.992508, 0.119877, 0.023598), (0.119128, 0.992397, -0.030941), (-0.027127, -0.027898, -0.999243)56.02909, -37.91513, -223.07962
10given(-0.39736, -0.916536, -0.04547), (0.915501, -0.399336, 0.048871), (-0.06295, -0.022208, 0.99777)-45.72617, -17.19693, 65.66596
11given(0.994087, 0.104733, 0.028666), (-0.106638, 0.991398, 0.075885), (-0.020472, -0.078493, 0.996704)15.53409, 61.16754, 61.34599
12given(0.601806, 0.797259, 0.046984), (0.798584, -0.601427, -0.023409), (0.009594, 0.051608, -0.998621)91.73759, -121.42766, -218.7462

-
要素

#1: タンパク質
GDP-L-FUCOSE SYNTHASE / GDP-4-KETO-6-DEOXY-D-MANNOSE-3 / 5-EPIMERASE-4-REDUCTASE / PROTEIN FX / RED CELL NADP(H)-BINDING ...GDP-4-KETO-6-DEOXY-D-MANNOSE-3 / 5-EPIMERASE-4-REDUCTASE / PROTEIN FX / RED CELL NADP(H)-BINDING PROTEIN / SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE FAMILY 4E MEMBER 1


分子量: 37807.586 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3 / 参照: UniProt: Q13630, GDP-L-fucose synthase
#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物
ChemComp-GFB / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE-BETA-L-FUCOPYRANOSE / GDP-フコ-ス


分子量: 589.342 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H25N5O15P2
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細MHHHHHHSSGVDLGTENLYFQS AT START DUE TO EXPRESSION TAG

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.36 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.1M BIS-TRIS-PROPANE PH 7.5, 0.15M SODIUM CHLORIDE, 25% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9611
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9611 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→29.64 Å / Num. obs: 113998 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): 3.3 / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 42.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 61.2
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 1.15 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 78.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4B8W

4b8w


解像度: 2.6→29.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.864 / SU B: 35.659 / SU ML: 0.342 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.403 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28565 5653 5 %RANDOM
Rwork0.22163 ---
obs0.22482 107442 96.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.598 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.71 Å20.2 Å2-0.37 Å2
2--0.27 Å2-0.3 Å2
3---0.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→29.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28839 0 1036 41 29916
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01930721
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0227004
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.381.96542152
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8163.00661623
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.55353793
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.71124.0941336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.449154143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.52415115
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.24755
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02135146
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.027549
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.433.22915208
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.433.22915207
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3384.84418989
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3243.29515513
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 126 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: tight thermal / Weight position: 0.5

Dom-IDAuth asym-IDRms dev position (Å)
1A5.76
2B3.88
3C7.47
4D4.29
5E6.64
6F5.89
7G2.61
8H4.5
9I2.6
10J7.59
11K6.91
12L6.05
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.668 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.401 305 -
Rwork0.334 6080 -
obs--73.73 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3867-0.4270.31421.76070.72951.0747-0.096-0.14320.12850.23690.0512-0.1020.0536-0.06620.04480.0923-0.0030.01930.06690.00250.057119.6742-33.6027-62.4496
21.07690.60520.01321.1134-0.29190.9462-0.11790.11930.1862-0.31880.09260.06760.03380.02960.02530.1004-0.0206-0.00390.04330.0590.0898-10.022-31.5818-94.1631
31.7408-0.13520.60371.2238-0.0330.706-0.19230.3468-0.0045-0.23080.2273-0.06740.00450.1023-0.0350.1011-0.07090.02580.1737-0.01230.031134.68682.2487-93.4346
40.68480.3163-0.10892.7776-0.63240.52960.055-0.17720.11160.4388-0.10730.1723-0.0598-0.01430.05230.0739-0.02150.0370.0934-0.04790.0516-23.3429-48.2987-62.8908
51.191-0.0639-0.22061.58350.07290.73190.22270.4135-0.048-0.1725-0.20790.0402-0.093-0.0407-0.01480.06850.08220.00630.2328-0.01980.056727.9379-54.221-93.3302
61.90220.5352-0.03460.8297-0.06890.96180.0244-0.1106-0.35620.2141-0.0228-0.207-0.0068-0.006-0.00160.07880.025-0.03260.04410.02710.085555.340.5889-61.3409
71.2098-0.45970.31930.614-0.13440.7945-0.02660.3045-0.1178-0.076-0.0169-0.03560.12610.09460.04350.0508-0.03490.04390.1239-0.06390.0501-54.0871-48.8313-163.2626
81.04970.0635-0.33752.3059-0.34051.2185-0.1013-0.34410.10520.25580.06760.1607-0.074-0.14630.03370.04430.06050.00190.1926-0.04180.030921.6871-24.4992-130.7099
91.00030.3424-0.16050.7654-0.31920.4244-0.05260.13190.046-0.3824-0.00990.06030.0712-0.03750.06240.23820.0263-0.06930.04350.01830.079131.7603-4.916-161.9642
102.29330.75840.411.6214-0.12940.79190.0437-0.1801-0.33940.5072-0.0672-0.16740.2026-0.00410.02340.30610.01690.01050.07230.05410.0709-32.973-50.4141-131.7283
112.0201-0.6878-0.67972.4860.8981.6392-0.059-0.19840.03010.5776-0.0482-0.14190.09410.21520.10720.1811-0.0587-0.06010.08230.04710.041616.4264-83.7983-130.3523
121.34360.10780.23642.30920.2490.94880.04450.37370.0045-0.443-0.26880.0149-0.12270.10280.22430.11110.09960.00290.26390.09630.111928.2415-101.6902-161.7899
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 902
2X-RAY DIFFRACTION2B-6 - 902
3X-RAY DIFFRACTION3C-7 - 902
4X-RAY DIFFRACTION4D-1 - 902
5X-RAY DIFFRACTION5E-7 - 902
6X-RAY DIFFRACTION6F8 - 902
7X-RAY DIFFRACTION7G-7 - 902
8X-RAY DIFFRACTION8H-1 - 902
9X-RAY DIFFRACTION9I-7 - 902
10X-RAY DIFFRACTION10J8 - 902
11X-RAY DIFFRACTION11K8 - 902
12X-RAY DIFFRACTION12L-7 - 902

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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