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万見
- PDB-4bj8: Zebavidin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bj8
タイトルZebavidin
要素ZEBAVIDIN
キーワードBIOTIN-BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Avidin-like / Avidin / : / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種DANIO RERIO (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Airenne, T.T. / Parthiban, M. / Niederhauser, B. / Zmurko, J. / Kulomaa, M.S. / Hytonen, V.P. / Johnson, M.S.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Zebavidin
著者: Niederhauser, B. / Zmurko, J. / Parthiban, M. / Ojanen, M. / Kukkurainen, S. / Maatta, J.A.E. / Leppiniemi, J. / Janis, J. / Parikka, M. / Turpeinen, H. / Pesu, M. / Johnson, M.S. / Airenne, ...著者: Niederhauser, B. / Zmurko, J. / Parthiban, M. / Ojanen, M. / Kukkurainen, S. / Maatta, J.A.E. / Leppiniemi, J. / Janis, J. / Parikka, M. / Turpeinen, H. / Pesu, M. / Johnson, M.S. / Airenne, T.T. / Kulomaa, M.S. / Hytonen, V.P.
履歴
登録2013年4月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "CA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "DA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "EA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "FA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "GA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "HA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "IA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "JA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "KA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "LA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "MA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "NA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "OA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "PA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ZEBAVIDIN
B: ZEBAVIDIN
C: ZEBAVIDIN
D: ZEBAVIDIN
E: ZEBAVIDIN
F: ZEBAVIDIN
G: ZEBAVIDIN
H: ZEBAVIDIN
I: ZEBAVIDIN
J: ZEBAVIDIN
K: ZEBAVIDIN
L: ZEBAVIDIN
M: ZEBAVIDIN
N: ZEBAVIDIN
O: ZEBAVIDIN
P: ZEBAVIDIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)221,68533
ポリマ－217,68416
非ポリマー4,00117
水9,062503
1
E: ZEBAVIDIN
F: ZEBAVIDIN
G: ZEBAVIDIN
H: ZEBAVIDIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3988
ポリマ－54,4214
非ポリマー9774
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11850 Å2
ΔGint-72.9 kcal/mol
Surface area19350 Å2
手法PISA
2
A: ZEBAVIDIN
B: ZEBAVIDIN
C: ZEBAVIDIN
D: ZEBAVIDIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3988
ポリマ－54,4214
非ポリマー9774
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11820 Å2
ΔGint-70.9 kcal/mol
Surface area19450 Å2
手法PISA
3
I: ZEBAVIDIN
J: ZEBAVIDIN
K: ZEBAVIDIN
L: ZEBAVIDIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4909
ポリマ－54,4214
非ポリマー1,0695
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11980 Å2
ΔGint-72.7 kcal/mol
Surface area19650 Å2
手法PISA
4
M: ZEBAVIDIN
N: ZEBAVIDIN
O: ZEBAVIDIN
P: ZEBAVIDIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3988
ポリマ－54,4214
非ポリマー9774
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11800 Å2
ΔGint-73.7 kcal/mol
Surface area19880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)182.240, 196.840, 52.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質
ZEBAVIDIN


分子量: 13605.251 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DANIO RERIO (ゼブラフィッシュ)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-A1 / 参照: UniProt: E7F650
#2: 化合物
ChemComp-BTN / BIOTIN / ビオチン


分子量: 244.311 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N2O3S
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 503 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE CRYSTALLIZED SEQUENCE IS LACKING THE RESIDUES 1-30 OF NP_001188371.1, WHICH WERE REPLACED BY AN ...THE CRYSTALLIZED SEQUENCE IS LACKING THE RESIDUES 1-30 OF NP_001188371.1, WHICH WERE REPLACED BY AN OMPA SIGNAL PEPTIDE IN THE EXPRESSION CONSTRUCT. THE TWO FIRST RESIDUES, QT, OF THE CRYSTALLIZED ZEBAVIDIN ARE FROM THE OMPA SIGNAL.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 %
解説: TETRAMERIC MODEL OF ZEBAVIDIN WAS DONE USING MODELLER WITHIN THE DISCOVERY STUDIO AND BASED ON WWPDB ENTRY 1WBI.POLY ALAGLY MODEL WAS USED IN MOLECULAR REPLACEMENT.
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: THE PROTEIN SOLUTION (1.6 MG/ML; 50 MM TRIS-HCL. PH 7) WAS MIXED WITH BIOTIN SOLUTION (1 MG/ML; 5 MM TRIS, PH 8.8, 8 MM CHES, PH 9.5) IN 10:1 V/V RATIO BEFORE CRYSTALLIZATION. SITTING DROPS ...詳細: THE PROTEIN SOLUTION (1.6 MG/ML; 50 MM TRIS-HCL. PH 7) WAS MIXED WITH BIOTIN SOLUTION (1 MG/ML; 5 MM TRIS, PH 8.8, 8 MM CHES, PH 9.5) IN 10:1 V/V RATIO BEFORE CRYSTALLIZATION. SITTING DROPS WITH 300 NL OF PROTEIN-LIGAND SOLUTION AND 150 NL OF WELL SOLUTION (0.18 M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.09 M BIS TRIS, PH 5.5, 23% W/V PEG 3350) WERE USED. 30% V/V GLYCEROL IN WELL SOLUTION WAS ADDED TO THE DROP BEFORE FREEZING IN LIQUID NITROGEN.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→25 Å / Num. obs: 74935 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1WBI

1wbi


解像度: 2.4→24.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / SU B: 8.947 / SU ML: 0.211 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.592 / ESU R Free: 0.302 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26596 3741 5 %RANDOM
Rwork0.19173 ---
obs0.19546 71194 99.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.233 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.44 Å20 Å20 Å2
2---0.78 Å20 Å2
3----0.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→24.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14505 0 262 503 15270
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.01915232
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0214150
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7491.92820645
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8633.00232425
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.17651946
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.8622.556626
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.426152441
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.13215129
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.22291
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0217429
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023788
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.401→2.464 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 268 -
Rwork0.226 5129 -
obs--99.45 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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