PDB-4bh8: CRYSTAL STRUCTURE OF GERMLINE ANTIBODY 36-65 IN COMPLEX WITH PEPT...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4bh8

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF GERMLINE ANTIBODY 36-65 IN COMPLEX WITH PEPTIDE GDPRPSYISHLL

要素

(ANTI-ARS MURINE GERMLINE MONOCLONAL ANTIBODY 36-65) x 2
DODECAPEPTIDE ANTIGEN

キーワード

IMMUNE SYSTEM / GERMLINE ANTIBODY / ANTIBODY POLYSPECIFICTY

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Khan, T. / Salunke, D.M.

引用

ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2014
タイトル: Adjustable Locks and Flexible Keys: Plasticity of Epitope-Paratope Interactions in Germline Antibodies.
著者: Khan, T. / Salunke, D.M.

履歴

登録	2013年3月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年4月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年5月14日	Group: Database references
改定 1.2	2014年5月28日	Group: Database references
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4bh8.cif.gz	100.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4bh8.ent.gz	76.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4bh8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4bh8_validation.pdf.gz	444.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4bh8_full_validation.pdf.gz	460.7 KB	表示
XML形式データ	4bh8_validation.xml.gz	21.8 KB	表示
CIF形式データ	4bh8_validation.cif.gz	30.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bh/4bh8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bh/4bh8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4bh7C 2a6jS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2zjs-2 4k8r-3 6p4y-d 4fab-d 1bog-d 2dqt-d 1cfn-d 4q2z-1 3mck-2 3u46-2 6h06-4 1ad9-1 6wkl-d 6mqr-d 5u4r-2 5kzp-3 6e4y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ANTI-ARS MURINE GERMLINE MONOCLONAL ANTIBODY 36-65

B: ANTI-ARS MURINE GERMLINE MONOCLONAL ANTIBODY 36-65

P: DODECAPEPTIDE ANTIGEN

49 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.410, 76.970, 59.260
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.74, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: 抗体	ANTI-ARS MURINE GERMLINE MONOCLONAL ANTIBODY 36-65 分子量: 23663.084 Da / 分子数: 1 / 断片: ANTIGEN BINDING FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / Cell: B CELL / 細胞株: 36-65 HYBRIDOMA / 器官: SPLEEN / 株: BALB/C
#2: 抗体	ANTI-ARS MURINE GERMLINE MONOCLONAL ANTIBODY 36-65 分子量: 23942.768 Da / 分子数: 1 / 断片: ANTIGEN BINDING FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / Cell: B CELL / 細胞株: 36-65 HYBRIDOMA / 器官: SPLEEN / 株: BALB/C
#3: タンパク質・ペプチド	DODECAPEPTIDE ANTIGEN 分子量: 1356.528 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.4 % / 解説: NO
結晶化	pH: 6.7 / 詳細: 0.05 M SODIUM CACODYLATE, PH 6.7, 21% PEG

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年4月9日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: NI FILTER CMF12 38CU-6 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→58 Å / Num. obs: 19076 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / B_iso Wilson estimate: 32 Å² / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 12
反射シェル	解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CNS	1.2	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2A6J

2a6j

解像度: 2.4→50 Å / R_factor R_free error: 0.006 / Data cutoff high absF: 10000 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.251	1842	9.8 %	RANDOM
R_work	0.2305	-	-	-
obs	0.2305	18818	100 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 21.262 Å² / k_sol: 0.4 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.042 Å²	0 Å²	-1.607 Å²
2-	-	3.742 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.7 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.27 Å	0.25 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.22 Å	0.23 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3379	0	0	190	3569

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.007262
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.69316
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	27.6
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	1.06
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.55 Å / R_factor R_free error: 0.021 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.35	291	9.8 %
R_work	0.34	2664	-
obs	-	-	94.5 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	PROTEIN_REP.PARAM	PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION	2	WATER_REP.PARAM	WATER.TOP

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)