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- PDB-4bh2: Crystal Structure of the Haemagglutinin from a Transmissible Muta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bh2
タイトルCrystal Structure of the Haemagglutinin from a Transmissible Mutant H5 Influenza Virus
要素(HEMAGGLUTININ) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN / N-GLYCOSYLATION / VIRUS RECEPTOR / BIRD FLU
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B ...Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Ribbon / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種INFLUENZA VIRUS (インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.12 Å
データ登録者Xiong, X. / Coombs, P.J. / Martin, S.R. / Liu, J. / Xiao, H. / McCauley, J.W. / Locher, K. / Walker, P.A. / Collins, P.J. / Kawaoka, Y. ...Xiong, X. / Coombs, P.J. / Martin, S.R. / Liu, J. / Xiao, H. / McCauley, J.W. / Locher, K. / Walker, P.A. / Collins, P.J. / Kawaoka, Y. / Skehel, J.J. / Gamblin, S.J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Receptor Binding by a Ferret-Transmissible H5 Avian Influenza Virus
著者: Xiong, X. / Coombs, P.J. / R Martin, S. / Liu, J. / Xiao, H. / Mccauley, J.W. / Locher, K. / Walker, P.A. / Collins, P.J. / Kawaoka, Y. / Skehel, J.J. / Gamblin, S.J.
履歴
登録2013年3月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月8日Group: Database references
改定 1.22013年5月15日Group: Database references
改定 1.32013年5月22日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_symm_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEMAGGLUTININ
B: HEMAGGLUTININ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,0516
ポリマ－56,4592
非ポリマー1,5924
水4,234235
1
A: HEMAGGLUTININ
B: HEMAGGLUTININ
ヘテロ分子

A: HEMAGGLUTININ
B: HEMAGGLUTININ
ヘテロ分子

A: HEMAGGLUTININ
B: HEMAGGLUTININ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,15318
ポリマ－169,3786
非ポリマー4,77512
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
Buried area35820 Å2
ΔGint-119.8 kcal/mol
Surface area62360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.620, 101.620, 331.126
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-2027-

HOH

21B-2070-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 HEMAGGLUTININ / HAEMAGGLUTININ HA1


分子量: 37204.195 Da / 分子数: 1 / 断片: HA1 OF TRYPSIN RELEASED ECTODOMAIN, RESIDUES 17-342 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) INFLUENZA VIRUS (インフルエンザウイルス)
株: A/VIET NAM/1203/2004(H5N1) / プラスミド: PACGP67A / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q5EP31
#2: タンパク質 HEMAGGLUTININ / HAEMAGGLUTININ HA2


分子量: 19255.184 Da / 分子数: 1
断片: HA2 OF TRYPSIN RELEASED ECTODOMAIN, RESIDUES 343-509
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) INFLUENZA VIRUS (インフルエンザウイルス)
株: A/VIET NAM/1203/2004(H5N1) / プラスミド: PACGP67A / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q5EP31

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糖 , 2種, 3分子

#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...beta-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 236分子

#5: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細PROTEINS ARE FROM A TRANSMISSIBLE MUTANT OF A/VIET NAM/1203/2004 (H5N1) PUBLISHED IN 10.1038/NATURE10831

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.79 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.1 M HEPES PH 7.0, 25-30% JEFFAMINE ED-2001

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9173
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9173 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.12→30.99 Å / Num. obs: 36665 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): 2.3 / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 2.12→2.23 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 95.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.12→30.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 10.246 / SU ML: 0.139 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.228 / ESU R Free: 0.179 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23517 1825 5 %RANDOM
Rwork0.21326 ---
obs0.21442 34840 96.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.03 Å21.03 Å20 Å2
2--1.03 Å20 Å2
3----3.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.12→30.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3915 0 104 235 4254
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0194131
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023805
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0951.9715606
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6863.0038750
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6685491
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.76625.123203
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.78215693
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.551518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.2609
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0214659
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02949
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6972.2781964
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6972.2771963
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2033.4122452
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1032.5792167
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.12→2.175 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 129 -
Rwork0.296 2574 -
obs--98.11 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2335-0.07640.55820.16180.01783.93270.0352-0.1202-0.14090.05110.07650.03390.7446-0.1081-0.11170.2505-0.03370.02560.17450.02490.2034-3.64837.4940.2102
22.6767-0.3637-0.4992.5174-0.09622.5293-0.0357-0.2503-0.16270.5246-0.0540.01690.27440.05240.08980.34230.0126-0.03030.20390.06870.13453.922939.107436.829
30.4928-0.19160.31990.421-1.82239.20420.077-0.1293-0.2382-0.09110.06260.08620.754-0.0726-0.13960.2749-0.0328-0.01720.17770.01810.1668-4.442139.9709-7.0642
41.18350.77770.60911.95011.20613.03120.01080.1101-0.089-0.043-0.0009-0.08040.4280.2172-0.00990.09230.04330.01910.0388-0.01190.10840.173142.0519-38.7802
50.7134-1.05760.24152.78891.49242.8907-0.0094-0.0624-0.03240.12750.07270.0180.2172-0.0064-0.06340.1904-0.01430.00410.17890.02630.1022-4.017752.89239.8023
60.6579-0.0676-0.47391.37951.981310.40240.01170.0594-0.0242-0.22530.0336-0.095-0.24880.1201-0.04520.0447-0.00430.01070.0084-0.0090.0879-2.077250.9086-37.1605
79.43062.2043-1.596710.3510.39455.50560.08780.6170.2786-1.01060.0853-0.6582-0.06950.9669-0.17310.410.00840.20450.3153-0.06090.24626.282941.3205-62.4544
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 105
2X-RAY DIFFRACTION2A106 - 262
3X-RAY DIFFRACTION3A263 - 322
4X-RAY DIFFRACTION4B1 - 60
5X-RAY DIFFRACTION5B61 - 84
6X-RAY DIFFRACTION6B85 - 141
7X-RAY DIFFRACTION7B142 - 167

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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