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- PDB-4bh0: H5 (tyTy) Influenza Virus Haemagglutinin in Complex with Human Re... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bh0
タイトルH5 (tyTy) Influenza Virus Haemagglutinin in Complex with Human Receptor Analogue 6'-SLN
要素(HEMAGGLUTININ) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN / N-GLYCOSYLATION / VIRUS RECEPTOR / BIRD FLU
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B ...Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Ribbon / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6'-sialyl-N-acetyllactosamine / PHOSPHATE ION / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種INFLUENZA VIRUS (インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.36 Å
データ登録者Xiong, X. / Coombs, P.J. / Martin, S.R. / Liu, J. / Xiao, H. / McCauley, J.W. / Locher, K. / Walker, P.A. / Collins, P.J. / Kawaoka, Y. ...Xiong, X. / Coombs, P.J. / Martin, S.R. / Liu, J. / Xiao, H. / McCauley, J.W. / Locher, K. / Walker, P.A. / Collins, P.J. / Kawaoka, Y. / Skehel, J.J. / Gamblin, S.J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Receptor Binding by a Ferret-Transmissible H5 Avian Influenza Virus
著者: Xiong, X. / Coombs, P.J. / R Martin, S. / Liu, J. / Xiao, H. / Mccauley, J.W. / Locher, K. / Walker, P.A. / Collins, P.J. / Kawaoka, Y. / Skehel, J.J. / Gamblin, S.J.
履歴
登録2013年3月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月8日Group: Database references
改定 1.22013年5月15日Group: Database references
改定 1.32013年5月22日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEMAGGLUTININ
B: HEMAGGLUTININ
C: HEMAGGLUTININ
D: HEMAGGLUTININ
E: HEMAGGLUTININ
F: HEMAGGLUTININ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,27317
ポリマ－168,3146
非ポリマー2,95911
水12,827712
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area29680 Å2
ΔGint-132.8 kcal/mol
Surface area58080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.346, 228.296, 71.267
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.01, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12A
22E
13C
23E
14B
24D
15B
25F
16D
26F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPASNASN6AA1 - 3192 - 320
21ASPASPASNASN6CC1 - 3192 - 320
12ASPASPARGARG6AA1 - 3182 - 319
22ASPASPARGARG6EE1 - 3182 - 319
13ASPASPARGARG6CC1 - 3182 - 319
23ASPASPARGARG6EE1 - 3182 - 319
14ILEILEASNASN4BB10 - 15410 - 154
24ILEILEASNASN4DD10 - 15410 - 154
15ILEILEASNASN4BB10 - 15410 - 154
25ILEILEASNASN4FF10 - 15410 - 154
16ILEILETYRTYR4DD10 - 15710 - 157
26ILEILETYRTYR4FF10 - 15710 - 157

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.392666, -0.008014, 0.919646), (0.716377, 0.624409, 0.311316), (-0.57673, 0.781057, -0.239443)18.89738, -32.09268, 54.58283
3given(1), (1), (1)
4given(-0.376872, 0.715992, -0.587642), (-0.011058, 0.630898, 0.775787), (0.926199, 0.29887, -0.229851)62.13623, -21.84333, 5.12184
5given(1), (1), (1)
6given(-0.394129, -0.001629, 0.919054), (0.719583, 0.621524, 0.30969), (-0.571719, 0.783393, -0.243789)18.89107, -32.58561, 54.79147
7given(1), (1), (1)
8given(-0.366657, -0.015503, 0.930227), (0.728046, 0.617725, 0.297261), (-0.579233, 0.786241, -0.215207)17.44633, -32.48622, 54.28785
9given(1), (1), (1)
10given(-0.386056, 0.721455, -0.574859), (-0.020664, 0.616251, 0.787279), (0.922244, 0.315813, -0.222999)61.89149, -22.39217, 5.54304
11given(1), (1), (1)
12given(-0.406836, 0.001015, 0.913501), (0.718425, 0.618007, 0.31927), (-0.564225, 0.786172, -0.252157)19.24937, -32.75516, 54.81853

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 6分子 ACEBDF

#1: タンパク質 HEMAGGLUTININ / HAEMAGGLUTININ HA1


分子量: 36978.715 Da / 分子数: 3 / 断片: HA1 OF TRYPSIN RELEASED ECTODOMAIN, RESIDUES 17-338 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) INFLUENZA VIRUS (インフルエンザウイルス)
株: A/TURKEY/TURKEY/1/2005(H5N1) / プラスミド: PACGP67A / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q207Z6
#2: タンパク質 HEMAGGLUTININ / HAEMAGGLUTININ HA2


分子量: 19126.004 Da / 分子数: 3
断片: HA2 OF TRYPSIN RELEASED ECTODOMAIN, RESIDUES 347-512
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) INFLUENZA VIRUS (インフルエンザウイルス)
株: A/TURKEY/TURKEY/1/2005 (H5N1) / プラスミド: PACGP67A / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q207Z6

-
糖 , 3種, 6分子

#3: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 471.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-6DGalpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2/a6-b2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(6+2)][a-D-Neup5Ac]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / 6'-sialyl-N-acetyllactosamine


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 糖鎖要素 / 分子量: 674.604 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 6'-sialyl-N-acetyllactosamine
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-6DGalpb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-3/a4-b1_b6-c2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(6+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 717分子

#6: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 712 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY
配列の詳細MULTIBASIC SITE REMOVED

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.46 % / 解説: NONE
結晶化詳細: BIS-TRIS PROPANE PH 7.5, 0.05 - 0.15 M K/NAPO4 (PH 7.0), 15-18% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.36→56.55 Å / Num. obs: 81446 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 2.36→2.49 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 92.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.36→56.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / SU B: 14.973 / SU ML: 0.196 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.325 / ESU R Free: 0.246 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25839 4094 5 %RANDOM
Rwork0.21127 ---
obs0.21371 77352 97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 61.609 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.25 Å20 Å2-0.83 Å2
2--4.18 Å20 Å2
3----2.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.36→56.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11019 0 191 712 11922
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.01911476
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0210452
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1541.95115598
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6833.00323983
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.59351394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.36825.132567
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.266151871
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7841552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.21702
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0213165
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022704
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5031.9975594
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5031.9975593
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.8542.9946982
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.7262.1355882
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
4B2097medium positional0.250.5
5B2105medium positional0.260.5
6D2162medium positional0.260.5
1A4940loose positional0.45
2A4912loose positional0.395
3C4912loose positional0.335
4B2097medium thermal2.922
5B2105medium thermal1.862
6D2162medium thermal2.462
1A4940loose thermal2.0810
2A4912loose thermal2.6510
3C4912loose thermal2.0110
LS精密化 シェル解像度: 2.36→2.421 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 255 -
Rwork0.284 5393 -
obs--90.54 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.43162.64510.602516.65193.70481.0936-0.2745-0.11420.3033-1.8105-0.32542.01880.103-0.37250.59991.2464-0.3126-0.12561.1035-0.59880.868511.9885-33.5965-7.6191
21.93670.86730.62432.22041.15352.3867-0.05590.37120.2969-0.17230.01550.1148-0.4706-0.01960.04040.10220.0326-0.00790.14840.06040.118120.405319.325622.742
31.7183-1.6371-1.18193.89363.95034.320.12470.1807-0.28770.4255-0.1770.23420.6428-0.22060.05230.1911-0.0447-0.10840.3228-0.03650.199812.2119-5.7177.9396
41.53124.72811.45317.92087.38885.16-0.18960.4596-0.3897-0.56080.6475-0.43620.3373-0.0805-0.45790.61660.0525-0.220.5299-0.32710.742516.0659-29.0057-2.3268
51.2219-0.15281.1020.0195-0.13681.02030.262-0.3977-0.5052-0.04860.04590.0560.1255-0.5093-0.30791.6791-0.3902-0.56411.8981-0.59331.6184-0.3249-48.5558-13.9871
619.534219.40088.261622.22368.6833.79450.0180.60910.4886-0.7721-0.33691.4397-0.4316-0.08710.31891.09850.00020.04461.2632-0.18160.91384.6574-34.61125.0523
711.38633.98984.87095.75743.50037.31190.15070.16240.2217-0.4451-0.25790.4077-0.0178-0.69010.10720.07860.0268-0.01620.1285-0.010.078127.674-6.508717.9941
85.30347.24735.040511.73197.24366.05690.12870.2628-0.62290.0760.17350.4491.1922-0.2856-0.30221.016-0.3311-0.08040.8322-0.32981.03838.7923-45.7558-1.6071
91.92471.319-0.03943.51361.43951.6752-0.07720.1168-0.68810.16620.075-0.45270.60060.18310.00220.28860.09770.0220.1745-0.05080.283148.7302-21.828316.4168
101.3733-0.36720.86192.0199-0.28372.8655-0.1548-0.32580.1767-0.1230.1386-0.1379-0.44410.13170.01620.0864-0.02420.01260.2369-0.06560.093754.290912.838726.4091
110.68142.1413-0.17277.7788-1.07542.0588-0.0860.2019-0.2106-0.12510.1994-0.14160.42720.3358-0.11340.16410.00730.10890.3535-0.17470.403649.3876-20.536813.8434
123.29095.10251.17414.97443.73530.9844-0.74870.5724-0.5894-0.75310.8027-0.11480.00560.1853-0.0540.8077-0.11020.10880.3101-0.18320.548237.2914-37.80311.6348
138.9854-3.9697-6.63781.78522.87015.3694-0.61880.93990.10540.622-0.17730.06130.7891-0.00810.79611.4676-0.48170.78331.9636-0.54392.167234.0327-63.4728-5.9901
142.0529-0.23090.30880.1581-0.34240.7687-0.57470.2323-0.6324-0.07160.3584-0.06670.2942-0.76260.21621.2301-0.08640.10261.2408-0.26930.970632.1228-42.2856-2.4613
151.58582.42840.950513.96537.14254.6985-0.13330.5548-0.6179-0.27560.3302-0.42320.52760.0586-0.19680.493-0.030.03470.2585-0.21640.377130.0328-31.504914.241
160.22330.37180.29510.65990.54810.4749-0.17930.1743-0.1364-0.20760.1022-0.0244-0.0447-0.1080.07712.1957-0.63190.45051.6742-0.98531.668423.8341-68.5565-13.3225
170.93651.85641.1716.31933.57452.21050.08650.014-0.12320.3458-0.34570.60390.4917-0.30980.25920.6994-0.26560.15590.2421-0.07680.377315.7201-28.926938.7412
182.62910.39140.43663.99970.55080.374-0.1596-0.2344-0.20130.3190.1511-0.12380.33070.02060.00850.44640.07390.08280.10340.01410.033932.024-3.808450.7226
192.3717-0.4498-0.4781.20420.50852.2954-0.0808-0.21950.05920.14930.1121-0.07150.09380.3547-0.03130.0260.0115-0.00950.1057-0.0230.011534.25286.0552.4562
201.95612.70652.96646.03723.92845.54090.10920.0939-0.43650.29510.0785-0.05740.6577-0.1443-0.18780.4996-0.1560.20930.1978-0.13920.509316.0288-30.577635.4413
215.19535.48411.17296.3961.06350.99250.14460.4814-0.12080.61190.309-0.66820.23640.6423-0.45351.1381-0.0056-0.01540.5749-0.32711.407512.8025-60.246521.0152
222.62312.574-0.026817.71720.34594.63560.1219-0.0187-0.50430.4032-0.33130.16770.547-0.19830.20940.0763-0.0120.01370.15820.00580.137424.36-13.218428.3837
231.11894.46871.049918.48974.20161.1603-0.09580.1209-0.3163-0.35920.3191-0.56850.30030.0803-0.22320.8887-0.16450.16510.2736-0.17690.877215.4069-48.58613.4543
242.28343.01-3.691618.03571.567412.49220.198-0.28960.2337-0.40030.2563-1.04860.26240.5707-0.45430.69470.00270.06590.2428-0.14910.721111.8856-77.768212.939
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 39
2X-RAY DIFFRACTION2A40 - 255
3X-RAY DIFFRACTION3A256 - 305
4X-RAY DIFFRACTION4A306 - 321
5X-RAY DIFFRACTION5B1 - 37
6X-RAY DIFFRACTION6B38 - 59
7X-RAY DIFFRACTION7B60 - 82
8X-RAY DIFFRACTION8B83 - 162
9X-RAY DIFFRACTION9C-1 - 104
10X-RAY DIFFRACTION10C105 - 257
11X-RAY DIFFRACTION11C258 - 300
12X-RAY DIFFRACTION12C301 - 321
13X-RAY DIFFRACTION13D1 - 31
14X-RAY DIFFRACTION14D32 - 61
15X-RAY DIFFRACTION15D62 - 124
16X-RAY DIFFRACTION16D125 - 157
17X-RAY DIFFRACTION17E-1 - 85
18X-RAY DIFFRACTION18E86 - 123
19X-RAY DIFFRACTION19E124 - 267
20X-RAY DIFFRACTION20E268 - 321
21X-RAY DIFFRACTION21F1 - 57
22X-RAY DIFFRACTION22F58 - 83
23X-RAY DIFFRACTION23F84 - 136
24X-RAY DIFFRACTION24F137 - 157

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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