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- PDB-4bgi: Crystal structure of InhA(S94A) mutant in complex with OH-141 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bgi
タイトルCrystal structure of InhA(S94A) mutant in complex with OH-141
要素Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
キーワードOXIDOREDUCTASE / TUBERCULOSIS DRUG
機能・相同性
機能・相同性情報


trans-2-enoyl-CoA reductase (NADH) activity / mycolic acid biosynthetic process / fatty acid elongation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / NAD+ binding / peptidoglycan-based cell wall / fatty acid binding / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-I4I / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Pojer, F. / Hartkoorn, R.C. / Cole, S.T.
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2014
タイトル: Pyridomycin bridges the NADH- and substrate-binding pockets of the enoyl reductase InhA.
著者: Hartkoorn, R.C. / Pojer, F. / Read, J.A. / Gingell, H. / Neres, J. / Horlacher, O.P. / Altmann, K.H. / Cole, S.T.
履歴
登録2013年3月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月11日Group: Database references
改定 1.22014年2月5日Group: Database references
改定 2.02018年11月21日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / citation_author / entity / entity_name_com / entity_src_gen / entity_src_nat / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_mutation / _entity.src_method / _entity_name_com.name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.db_mon_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_ref_seq_dif.mon_id / _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num / _struct_ref_seq_dif.seq_num
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
C: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
D: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
E: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
F: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,67412
ポリマ－180,0986
非ポリマー3,5766
水8,467470
1
C: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子

D: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
E: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
F: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,5848
ポリマ－120,0654
非ポリマー2,5194
水724
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation3_545x+1/2,y-1/2,z1
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17390 Å2
ΔGint-119.3 kcal/mol
Surface area34580 Å2
手法PISA
2
A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,1798
ポリマ－120,0654
非ポリマー2,1144
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area14260 Å2
ΔGint-99.9 kcal/mol
Surface area35550 Å2
手法PISA
3
C: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子

D: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
E: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
F: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,5848
ポリマ－120,0654
非ポリマー2,5194
水724
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation3_545x+1/2,y-1/2,z1
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)100.442, 82.450, 189.645
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.63, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] / Enoyl-ACP reductase / FAS-II enoyl-ACP reductase / NADH-dependent 2-trans-enoyl-ACP reductase


分子量: 30016.314 Da / 分子数: 6 / 変異: S94A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: inhA, Rv1484, MTCY277.05 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P9WGR1, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
#2: 化合物 ChemComp-I4I / 3-hydroxy-N-[(2R,5R,6S,9S,10S,11R)-10-hydroxy-5,11-dimethyl-3,7,12-trioxo-2-(propan-2-yl)-9-(pyridin-3-ylmethyl)-1,4-dioxa-8-azacyclododecan-6-yl]pyridine-2-carboxamide


分子量: 528.554 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H32N4O8
#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 470 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.31 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→50 Å / Num. obs: 171328 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 30.46 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.01 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2.09→2.22 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 91.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.5精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4DTI

4dti


解像度: 2.09→30.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.895 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8759 / SU R Cruickshank DPI: 0.243 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.237 / SU Rfree Blow DPI: 0.181 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.185
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2384 4530 5.01 %RANDOM
Rwork0.2107 ---
obs0.2121 90347 98.99 %-
原子変位パラメータBiso mean: 37.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.0592 Å20 Å2-0.0664 Å2
2---0.3233 Å20 Å2
3---0.3825 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.276 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.09→30.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11651 0 246 470 12367
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0112146HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1116527HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4141SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes267HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1904HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it12146HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.87
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.9
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1630SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact14256SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.09→2.14 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 273 4.7 %
Rwork0.2424 5538 -
all0.244 5811 -
obs--98.99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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