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- PDB-4bgc: T1 domain of the renal potassium channel Kv1.3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bgc
タイトルT1 domain of the renal potassium channel Kv1.3
要素POTASSIUM VOLTAGE-GATED CHANNEL SUBFAMILY A MEMBER 3
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ION CHANNEL
機能・相同性
機能・相同性情報


voltage-gated monoatomic ion channel activity / corpus callosum development / delayed rectifier potassium channel activity / Voltage gated Potassium channels / outward rectifier potassium channel activity / optic nerve development / action potential / voltage-gated potassium channel activity / voltage-gated potassium channel complex / potassium ion transmembrane transport ...voltage-gated monoatomic ion channel activity / corpus callosum development / delayed rectifier potassium channel activity / Voltage gated Potassium channels / outward rectifier potassium channel activity / optic nerve development / action potential / voltage-gated potassium channel activity / voltage-gated potassium channel complex / potassium ion transmembrane transport / calyx of Held / potassium ion transport / protein homooligomerization / presynaptic membrane / postsynaptic membrane / membrane raft / axon / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Potassium channel, voltage dependent, Kv1.3 / Potassium channel, voltage dependent, Kv1 / Potassium channel, voltage dependent, Kv / Potassium channel tetramerisation-type BTB domain / BTB/POZ domain / Voltage-gated potassium channel / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain ...Potassium channel, voltage dependent, Kv1.3 / Potassium channel, voltage dependent, Kv1 / Potassium channel, voltage dependent, Kv / Potassium channel tetramerisation-type BTB domain / BTB/POZ domain / Voltage-gated potassium channel / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / Voltage-dependent channel domain superfamily / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Potassium voltage-gated channel subfamily A member 3
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Weyand, M. / Kremer, W. / Kalbitzer, H.R.
引用ジャーナル: Protein J. / 年: 2013
タイトル: 1.2 A X-Ray Structure of the Renal Potassium Channel Kv1.3 T1 Domain.
著者: Kremer, W. / Weyand, M. / Winklmeier, A. / Schreier, C. / Kalbitzer, H.R.
履歴
登録2013年3月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月6日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: POTASSIUM VOLTAGE-GATED CHANNEL SUBFAMILY A MEMBER 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4181
ポリマ－12,4181
非ポリマー00
水2,594144
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.740, 59.740, 62.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2018-

HOH

21A-2039-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 POTASSIUM VOLTAGE-GATED CHANNEL SUBFAMILY A MEMBER 3 / HGK5 / HLK3 / HPCN3 / VOLTAGE-GATED K(+) CHANNEL HUKIII / VOLTAGE-GATED POTASSIUM CHANNEL SUBUNIT KV1.3


分子量: 12418.116 Da / 分子数: 1 / 断片: T1 DOMAIN, RESIDUES 104-204 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 解説: GERMAN RESOURCE CENTER FOR GENOME RESEARCH (RZPD) / プラスミド: PLYSSRARE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA PLYSS / 参照: UniProt: P22001
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.7 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: WE WANTED TO USE THE PROTEIN IN 150 MM POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER PH 6.5 IN 5 MM NMR TUBES FOR CHARACTERIZATION USING NMR SPECTROSCOPY. DURING TESTING, WE OBSERVED THE FORMATION OF CRYSTALS ...詳細: WE WANTED TO USE THE PROTEIN IN 150 MM POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER PH 6.5 IN 5 MM NMR TUBES FOR CHARACTERIZATION USING NMR SPECTROSCOPY. DURING TESTING, WE OBSERVED THE FORMATION OF CRYSTALS IN THE NMR TUBES. AN INITIAL TEST OF THE CRYSTALS SHOWED AN EXCELLENT DIFFRACTION PATTERN, SO WE DECIDED TO CONTINUE WITH CRYSTALLIZATION OPTIMIZATION IN NMR TUBES, RESULTING IN VERY GOOD CRYSTALS

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.950068
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月18日 / 詳細: DYNAMICALLY BENDABLE MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.950068 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→45 Å / Num. obs: 33942 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 1.2→1.3 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Mean I/σ(I) obs: 8.6 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QDW

1qdw


解像度: 1.2→18.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 1.479 / SU ML: 0.031 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.048 / ESU R Free: 0.049 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20463 1537 5 %RANDOM
Rwork0.16297 ---
obs0.16499 29377 90.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.573 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.22 Å20 Å20 Å2
2--0.22 Å20 Å2
3----0.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→18.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数859 0 0 144 1003
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.022952
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02713
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2051.9751297
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.183.0011694
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9495120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.19921.40457
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.77415168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.821516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1550.2132
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.021082
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02246
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2520.2209
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.220.2784
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1990.2475
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1070.2525
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1850.280
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3660.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3640.275
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2840.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8731.5557
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2811.5213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.6322885
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.8593447
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.1544.5402
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.56631888
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free13.4543144
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded5.72631633
LS精密化 シェル解像度: 1.2→1.231 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 94 -
Rwork0.225 1776 -
obs--75.34 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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