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万見
- PDB-1qdw: N-TERMINAL DOMAIN, VOLTAGE-GATED POTASSIUM CHANNEL KV1.2 RESIDUES... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qdw
タイトルN-TERMINAL DOMAIN, VOLTAGE-GATED POTASSIUM CHANNEL KV1.2 RESIDUES 33-119
要素KV1.2 VOLTAGE-GATED POTASSIUM CHANNEL
キーワードSIGNALING PROTEIN / VOLTAGE-GATED POTASSIUM CHANNEL / TETRAMERIZATION DOMAIN / INTRACELLULAR GATE / TETRAMER
機能・相同性
機能・相同性情報


optic nerve structural organization / Voltage gated Potassium channels / potassium channel complex / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / regulation of circadian sleep/wake cycle, non-REM sleep / paranodal junction / potassium ion export across plasma membrane / corpus callosum development / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / delayed rectifier potassium channel activity ...optic nerve structural organization / Voltage gated Potassium channels / potassium channel complex / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / regulation of circadian sleep/wake cycle, non-REM sleep / paranodal junction / potassium ion export across plasma membrane / corpus callosum development / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / delayed rectifier potassium channel activity / axon initial segment / optic nerve development / juxtaparanode region of axon / outward rectifier potassium channel activity / neuronal cell body membrane / regulation of dopamine secretion / lamellipodium membrane / action potential / voltage-gated potassium channel activity / kinesin binding / neuronal action potential / voltage-gated potassium channel complex / axon terminus / potassium ion transmembrane transport / sensory perception of pain / calyx of Held / cerebral cortex development / protein homooligomerization / lamellipodium / presynaptic membrane / perikaryon / postsynaptic membrane / endosome / axon / dendrite / endoplasmic reticulum membrane / glutamatergic synapse / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Potassium channel, voltage dependent, Kv1.2 / Potassium channel, voltage dependent, Kv1 / Potassium channel, voltage dependent, Kv / Potassium channel tetramerisation-type BTB domain / BTB/POZ domain / Voltage-gated potassium channel / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain ...Potassium channel, voltage dependent, Kv1.2 / Potassium channel, voltage dependent, Kv1 / Potassium channel, voltage dependent, Kv / Potassium channel tetramerisation-type BTB domain / BTB/POZ domain / Voltage-gated potassium channel / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / Voltage-dependent channel domain superfamily / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Minor Jr., D.L. / Lin, Y.-F. / Mobley, B.C. / Avelar, A. / Jan, Y.N. / Jan, L.Y. / Berger, J.M.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2000
タイトル: The polar T1 interface is linked to conformational changes that open the voltage-gated potassium channel.
著者: Minor, D.L. / Lin, Y.F. / Mobley, B.C. / Avelar, A. / Jan, Y.N. / Jan, L.Y. / Berger, J.M.
履歴
登録1999年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: KV1.2 VOLTAGE-GATED POTASSIUM CHANNEL
B: KV1.2 VOLTAGE-GATED POTASSIUM CHANNEL
C: KV1.2 VOLTAGE-GATED POTASSIUM CHANNEL
D: KV1.2 VOLTAGE-GATED POTASSIUM CHANNEL
E: KV1.2 VOLTAGE-GATED POTASSIUM CHANNEL
F: KV1.2 VOLTAGE-GATED POTASSIUM CHANNEL
G: KV1.2 VOLTAGE-GATED POTASSIUM CHANNEL
H: KV1.2 VOLTAGE-GATED POTASSIUM CHANNEL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,9848
ポリマ－83,9848
非ポリマー00
水9,710539
1
A: KV1.2 VOLTAGE-GATED POTASSIUM CHANNEL
B: KV1.2 VOLTAGE-GATED POTASSIUM CHANNEL
C: KV1.2 VOLTAGE-GATED POTASSIUM CHANNEL
D: KV1.2 VOLTAGE-GATED POTASSIUM CHANNEL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9924
ポリマ－41,9924
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: KV1.2 VOLTAGE-GATED POTASSIUM CHANNEL
F: KV1.2 VOLTAGE-GATED POTASSIUM CHANNEL
G: KV1.2 VOLTAGE-GATED POTASSIUM CHANNEL
H: KV1.2 VOLTAGE-GATED POTASSIUM CHANNEL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9924
ポリマ－41,9924
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.260, 78.740, 125.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
KV1.2 VOLTAGE-GATED POTASSIUM CHANNEL


分子量: 10497.965 Da / 分子数: 8 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN KV1.2, RESIDUES 33-119 (CORE) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 器官: BRAIN / プラスミド: PET24B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63142
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 539 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.06 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 9% PEG 1500, 5% N-PROPANOL, 120 MM GDHCL 50 MM MES PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15-10 mg/mlprotein1drop
29 %PEG15001reservoir
35 %n-propanol1reservoir
4120 mMGdm HCl1reservoir
550 mMMES1reservoir
60-15 %water1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年12月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 42293 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 14.6 % / Biso Wilson estimate: 26.84 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 2.1→2.17 Å / Rmerge(I) obs: 0.285 / % possible all: 83.7
反射
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 14.6 % / Rmerge(I) obs: 0.076
反射 シェル
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.283

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.1→20 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.266 3531 RANDOM
Rwork0.223 --
obs0.223 42293 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5952 0 0 539 6491
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.18
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.226 / Rfactor Rfree: 0.265
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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