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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4bga | |||||||||
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タイトル | Nucleotide-bound open form of a putative sugar kinase MK0840 from Methanopyrus kandleri | |||||||||
要素 | PREDICTED MOLECULAR CHAPERONE DISTANTLY RELATED TO HSP70-F OLD METALLOPROTEASES | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE / ASKHA SUPERFAMILY / PHOSPHOTRANSFER / PSEUDOMUREIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 amino sugar metabolic process / phosphotransferase activity, alcohol group as acceptor / peptidoglycan turnover / metallopeptidase activity / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | METHANOPYRUS KANDLERI (古細菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Schacherl, M. / Baumann, U. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013 タイトル: Structural Characterization of the Ribonuclease H-Like Type Askha Superfamily Kinase Mk0840 from Methanopyrus Kandleri 著者: Schacherl, M. / Waltersperger, S.M. / Baumann, U. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4bga.cif.gz | 260.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4bga.ent.gz | 208.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4bga.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4bga_validation.pdf.gz | 2.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4bga_full_validation.pdf.gz | 2.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4bga_validation.xml.gz | 47.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4bga_validation.cif.gz | 64.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/4bga ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/4bga | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 35059.656 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 37-358 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) METHANOPYRUS KANDLERI (古細菌) / 株: AV19 / 解説: DSM6324 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8TX37 |
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-糖 , 2種, 6分子
#2: 多糖 | #4: 糖 | ChemComp-BGC / |
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-非ポリマー , 4種, 237分子
#3: 化合物 | ChemComp-K / #5: 化合物 | ChemComp-ADP / #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
非ポリマーの詳細 | SUCROSE (SUC): CRYOPROTEC配列の詳細 | TRUNCATED CONSTRUCT LACKING THE FIRST 36 AMINO ACIDS | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.24 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: MIXED WITH 5 MM ADP, 10 MM MACL2, CRYSTALLIZED IN 0.2 M POTASSIUM SODIUM TARTRATE AND 20% PEG 3350, pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→73.6 Å / Num. obs: 54893 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 33.99 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 21.95 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.76 Å / 冗長度: 7.69 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 5.98 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4BG8 CHAIN A 解像度: 2.6→73.568 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 2 / 位相誤差: 20.53 / 立体化学のターゲット値: ML 詳細: FIRST 36 AMINO ACIDS OF THE PROTEIN ARE MISSING.GSH OVERHANG FROM THROMBIN-DIGESTED 6X-HIS TAG.
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 40.44 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→73.568 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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