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- PDB-4bga: Nucleotide-bound open form of a putative sugar kinase MK0840 from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bga
タイトルNucleotide-bound open form of a putative sugar kinase MK0840 from Methanopyrus kandleri
要素PREDICTED MOLECULAR CHAPERONE DISTANTLY RELATED TO HSP70-F OLD METALLOPROTEASES
キーワードTRANSFERASE / ASKHA SUPERFAMILY / PHOSPHOTRANSFER / PSEUDOMUREIN
機能・相同性
機能・相同性情報


amino sugar metabolic process / phosphotransferase activity, alcohol group as acceptor / peptidoglycan turnover / metallopeptidase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nucleotidyltransferase; domain 5 - #430 / Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase / Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
sucrose / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / beta-D-glucopyranose / : / Predicted molecular chaperone distantly related to HSP70-fold metalloproteases
類似検索 - 構成要素
生物種METHANOPYRUS KANDLERI (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Schacherl, M. / Baumann, U.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structural Characterization of the Ribonuclease H-Like Type Askha Superfamily Kinase Mk0840 from Methanopyrus Kandleri
著者: Schacherl, M. / Waltersperger, S.M. / Baumann, U.
履歴
登録2013年3月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月18日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PREDICTED MOLECULAR CHAPERONE DISTANTLY RELATED TO HSP70-F OLD METALLOPROTEASES
B: PREDICTED MOLECULAR CHAPERONE DISTANTLY RELATED TO HSP70-F OLD METALLOPROTEASES
C: PREDICTED MOLECULAR CHAPERONE DISTANTLY RELATED TO HSP70-F OLD METALLOPROTEASES
D: PREDICTED MOLECULAR CHAPERONE DISTANTLY RELATED TO HSP70-F OLD METALLOPROTEASES
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,73825
ポリマ－140,2394
非ポリマー3,50021
水3,999222
1
A: PREDICTED MOLECULAR CHAPERONE DISTANTLY RELATED TO HSP70-F OLD METALLOPROTEASES
C: PREDICTED MOLECULAR CHAPERONE DISTANTLY RELATED TO HSP70-F OLD METALLOPROTEASES
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,85712
ポリマ－70,1192
非ポリマー1,73810
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1410 Å2
ΔGint-7.1 kcal/mol
Surface area31970 Å2
手法PISA
2
B: PREDICTED MOLECULAR CHAPERONE DISTANTLY RELATED TO HSP70-F OLD METALLOPROTEASES
D: PREDICTED MOLECULAR CHAPERONE DISTANTLY RELATED TO HSP70-F OLD METALLOPROTEASES
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,88113
ポリマ－70,1192
非ポリマー1,76211
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6740 Å2
ΔGint-45.9 kcal/mol
Surface area24220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.570, 111.670, 87.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.55, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
PREDICTED MOLECULAR CHAPERONE DISTANTLY RELATED TO HSP70-F OLD METALLOPROTEASES / PUTATIVE SUGAR KINASE MK0840


分子量: 35059.656 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 37-358 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) METHANOPYRUS KANDLERI (古細菌) / 株: AV19 / 解説: DSM6324 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8TX37

-
糖 , 2種, 6分子

#2: 多糖 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / sucrose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose
記述子タイププログラム
DFrufb2-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 237分子

#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細SUCROSE (SUC): CRYOPROTECTANT
配列の詳細TRUNCATED CONSTRUCT LACKING THE FIRST 36 AMINO ACIDS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.24 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: MIXED WITH 5 MM ADP, 10 MM MACL2, CRYSTALLIZED IN 0.2 M POTASSIUM SODIUM TARTRATE AND 20% PEG 3350, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→73.6 Å / Num. obs: 54893 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 33.99 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 21.95
反射 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / 冗長度: 7.69 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 5.98 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4BG8 CHAIN A

4bg8


解像度: 2.6→73.568 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 2 / 位相誤差: 20.53 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: FIRST 36 AMINO ACIDS OF THE PROTEIN ARE MISSING.GSH OVERHANG FROM THROMBIN-DIGESTED 6X-HIS TAG.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.208 2188 5 %
Rwork0.1542 --
obs0.1569 43757 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 40.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→73.568 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9611 0 213 222 10046
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00610011
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.18113642
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.3793816
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0651561
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051799
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.65650.24961360.17732582X-RAY DIFFRACTION100
2.6565-2.71830.24661370.1782605X-RAY DIFFRACTION100
2.7183-2.78630.28871350.17722567X-RAY DIFFRACTION100
2.7863-2.86170.23351360.18422589X-RAY DIFFRACTION100
2.8617-2.94590.27741360.17842590X-RAY DIFFRACTION100
2.9459-3.0410.25111360.19032569X-RAY DIFFRACTION100
3.041-3.14960.28891360.18222592X-RAY DIFFRACTION100
3.1496-3.27570.24061360.17622592X-RAY DIFFRACTION100
3.2757-3.42480.19631360.16062585X-RAY DIFFRACTION100
3.4248-3.60540.22351370.15172602X-RAY DIFFRACTION100
3.6054-3.83130.20561370.14232602X-RAY DIFFRACTION100
3.8313-4.12710.16531370.13262600X-RAY DIFFRACTION100
4.1271-4.54230.15511370.11532595X-RAY DIFFRACTION100
4.5423-5.19950.15131380.12022617X-RAY DIFFRACTION100
5.1995-6.55010.20651380.15672622X-RAY DIFFRACTION100
6.5501-73.59720.19461400.16542660X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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