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Yorodumi- PDB-4bg8: Apo form of a putative sugar kinase MK0840 from Methanopyrus kand... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4bg8 | ||||||
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Title | Apo form of a putative sugar kinase MK0840 from Methanopyrus kandleri (monoclinic space group) | ||||||
Components | PREDICTED MOLECULAR CHAPERONE DISTANTLY RELATED TO HSP70-F OLD METALLOPROTEASES | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / ASKHA SUPERFAMILY / PHOSPHOTRANSFER / PSEUDOMUREIN | ||||||
Function / homology | Function and homology information amino sugar metabolic process / phosphotransferase activity, alcohol group as acceptor / peptidoglycan turnover / metallopeptidase activity / ATP binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | METHANOPYRUS KANDLERI (archaea) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.96 Å | ||||||
Authors | Schacherl, M. / Waltersperger, S.M. / Baumann, U. | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.D / Year: 2013 Title: Structural Characterization of the Ribonuclease H-Like Type Askha Superfamily Kinase Mk0840 from Methanopyrus Kandleri Authors: Schacherl, M. / Waltersperger, S.M. / Baumann, U. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4bg8.cif.gz | 263.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4bg8.ent.gz | 222.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4bg8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4bg8_validation.pdf.gz | 448.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4bg8_full_validation.pdf.gz | 453.7 KB | Display | |
Data in XML | 4bg8_validation.xml.gz | 26.8 KB | Display | |
Data in CIF | 4bg8_validation.cif.gz | 38.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/4bg8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/4bg8 | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 38976.352 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) METHANOPYRUS KANDLERI (archaea) / Strain: AV19 / Description: DSM6324 / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21 (DE3) / References: UniProt: Q8TX37 #2: Chemical | ChemComp-K / #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | GSH OVERHANG FROM THROMBIN DIGEST OF THE N-TERMINAL 6XHIS- TAG | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.83 Å3/Da / Density % sol: 56.5 % Description: SUBSTRUCTURE SOLVED BY SE-SAD USING PEAK DATA AT 0. 9792 A COLLECTED TO 2.4 A RESOLUTION |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / pH: 4.6 Details: 0.5 M POTASSIUM THIOCYANATE, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.6 AT 293 K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 0.987 |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Feb 8, 2010 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.987 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.96→29.63 Å / Num. obs: 60796 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 25.98 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 13.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.96→2.07 Å / Redundancy: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 99.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD Starting model: NONE Resolution: 1.96→29.629 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 0 / Phase error: 21.99 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.597 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 37.1 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.96→29.629 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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