[日本語] English
万見
- PDB-4bg9: Apo form of a putative sugar kinase MK0840 from Methanopyrus kand... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bg9
タイトルApo form of a putative sugar kinase MK0840 from Methanopyrus kandleri (orthorhombic space group)
要素PREDICTED MOLECULAR CHAPERONE DISTANTLY RELATED TO HSP70-F OLD METALLOPROTEASES
キーワードTRANSFERASE / ASKHA SUPERFAMILY / PHOSPHOTRANSFER / PSEUDOMUREIN
機能・相同性
機能・相同性情報


amino sugar metabolic process / phosphotransferase activity, alcohol group as acceptor / peptidoglycan turnover / metallopeptidase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nucleotidyltransferase; domain 5 - #430 / Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase / Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / : / Predicted molecular chaperone distantly related to HSP70-fold metalloproteases
類似検索 - 構成要素
生物種METHANOPYRUS KANDLERI (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.902 Å
データ登録者Schacherl, M. / Waltersperger, S.M. / Baumann, U.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structural Characterization of the Ribonuclease H-Like Type Askha Superfamily Kinase Mk0840 from Methanopyrus Kandleri
著者: Schacherl, M. / Waltersperger, S.M. / Baumann, U.
履歴
登録2013年3月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月18日Group: Database references
改定 1.22019年3月6日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PREDICTED MOLECULAR CHAPERONE DISTANTLY RELATED TO HSP70-F OLD METALLOPROTEASES
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1886
ポリマ－38,9761
非ポリマー2125
水2,738152
1
A: PREDICTED MOLECULAR CHAPERONE DISTANTLY RELATED TO HSP70-F OLD METALLOPROTEASES
ヘテロ分子

A: PREDICTED MOLECULAR CHAPERONE DISTANTLY RELATED TO HSP70-F OLD METALLOPROTEASES
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,37612
ポリマ－77,9532
非ポリマー42410
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area5090 Å2
ΔGint-47.6 kcal/mol
Surface area25330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.043, 115.967, 48.363
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質 PREDICTED MOLECULAR CHAPERONE DISTANTLY RELATED TO HSP70-F OLD METALLOPROTEASES / PUTATIVE SUGAR KINASE MK0840


分子量: 38976.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) METHANOPYRUS KANDLERI (古細菌) / 株: AV19 / 解説: DSM6324 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q8TX37
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細GSH OVERHANG FROM THROMBIN DIGEST OF THE N-TERMINAL 6XHIS- TAG

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.4 % / 解説: NONE
結晶化温度: 293 K / pH: 4.6
詳細: 0.5 M POTASSIUM THIOCYANATE, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.6 AT 293 K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→61.8 Å / Num. obs: 33085 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 21.31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.71 / Mean I/σ(I) obs: 2.17 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4BG8 CHAIN A

4bg8


解像度: 1.902→61.805 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.17 / 位相誤差: 20.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2084 3100 5 %
Rwork0.1787 --
obs0.1802 33085 99.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 28.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.3344 Å20 Å20 Å2
2---3.7407 Å20 Å2
3----1.5937 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.902→61.805 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2391 0 8 152 2551
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0132442
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3753320
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.08917
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076376
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007448
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9021-1.93190.35511400.29912612X-RAY DIFFRACTION97
1.9319-1.96350.28121410.28082673X-RAY DIFFRACTION99
1.9635-1.99740.29821380.25972674X-RAY DIFFRACTION99
1.9974-2.03370.30521400.24712679X-RAY DIFFRACTION100
2.0337-2.07280.28791450.23282658X-RAY DIFFRACTION100
2.0728-2.11510.24861450.22382676X-RAY DIFFRACTION99
2.1151-2.16110.20471410.20532663X-RAY DIFFRACTION99
2.1611-2.21140.22761430.19662707X-RAY DIFFRACTION99
2.2114-2.26670.2221370.18652646X-RAY DIFFRACTION100
2.2667-2.3280.24241420.18082700X-RAY DIFFRACTION99
2.328-2.39650.22891410.17422674X-RAY DIFFRACTION100
2.3965-2.47390.20041390.172667X-RAY DIFFRACTION100
2.4739-2.56230.22731430.17842703X-RAY DIFFRACTION99
2.5623-2.66490.23331400.16542678X-RAY DIFFRACTION100
2.6649-2.78620.2181400.16662671X-RAY DIFFRACTION100
2.7862-2.93310.21181370.17382674X-RAY DIFFRACTION99
2.9331-3.11680.21191460.17012697X-RAY DIFFRACTION100
3.1168-3.35750.1961370.15782661X-RAY DIFFRACTION99
3.3575-3.69530.17211440.14962689X-RAY DIFFRACTION99
3.6953-4.22990.14931400.14192650X-RAY DIFFRACTION99
4.2299-5.32880.14041370.14082659X-RAY DIFFRACTION98
5.3288-61.83760.23261440.19742682X-RAY DIFFRACTION99

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る