PDB-4bg8: Apo form of a putative sugar kinase MK0840 from Methanopyrus kand...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4bg8

タイトル

Apo form of a putative sugar kinase MK0840 from Methanopyrus kandleri (monoclinic space group)

要素

PREDICTED MOLECULAR CHAPERONE DISTANTLY RELATED TO HSP70-F OLD METALLOPROTEASES

キーワード

TRANSFERASE / ASKHA SUPERFAMILY / PHOSPHOTRANSFER / PSEUDOMUREIN

機能・相同性

機能・相同性情報

amino sugar metabolic process / phosphotransferase activity, alcohol group as acceptor / peptidoglycan turnover / metallopeptidase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

METHANOPYRUS KANDLERI (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.96 Å

データ登録者

Schacherl, M. / Waltersperger, S.M. / Baumann, U.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structural Characterization of the Ribonuclease H-Like Type Askha Superfamily Kinase Mk0840 from Methanopyrus Kandleri
著者: Schacherl, M. / Waltersperger, S.M. / Baumann, U.

履歴

登録	2013年3月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年11月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年12月18日	Group: Database references
改定 1.2	2019年3月6日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4bg8.cif.gz	267.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4bg8.ent.gz	216.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4bg8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4bg8_validation.pdf.gz	446.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4bg8_full_validation.pdf.gz	450.1 KB	表示
XML形式データ	4bg8_validation.xml.gz	30.5 KB	表示
CIF形式データ	4bg8_validation.cif.gz	41.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/4bg8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/4bg8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4bg9C 4bgaC 4bgbC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4bg9-1 4bga-2 4lm0-d 2ouy-d 3sth-1 3fmo-d 4dn5-d 2ouq-d 3doc-3 4fcd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PREDICTED MOLECULAR CHAPERONE DISTANTLY RELATED TO HSP70-F OLD METALLOPROTEASES

B: PREDICTED MOLECULAR CHAPERONE DISTANTLY RELATED TO HSP70-F OLD METALLOPROTEASES

ヘテロ分子

78.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.630, 73.280, 116.380
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.89, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	PREDICTED MOLECULAR CHAPERONE DISTANTLY RELATED TO HSP70-F OLD METALLOPROTEASES / PUTATIVE SUGAR KINASE MK0840 分子量: 38976.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) METHANOPYRUS KANDLERI (古細菌) / 株: AV19 / 解説: DSM6324 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q8TX37
#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 326 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	GSH OVERHANG FROM THROMBIN DIGEST OF THE N-TERMINAL 6XHIS- TAG

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.5 % 解説: SUBSTRUCTURE SOLVED BY SE-SAD USING PEAK DATA AT 0. 9792 A COLLECTED TO 2.4 A RESOLUTION
結晶化	温度: 293 K / pH: 4.6 詳細: 0.5 M POTASSIUM THIOCYANATE, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.6 AT 293 K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.987
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.96→29.63 Å / Num. obs: 60796 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 25.98 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 13.3
反射シェル	解像度: 1.96→2.07 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX	AUTOSOL	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.96→29.629 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.99 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2086	7017	6 %
R_work	0.1764	-	-
obs	0.1784	60796	97.41 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 47.597 Å² / k_sol: 0.4 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.1 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.1754 Å²	0 Å²	1.2054 Å²
2-	-	7.7146 Å²	0 Å²
3-	-	-	-10.8899 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.96→29.629 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4780	0	16	326	5122

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	4903
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.192	6668
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.531	1844
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	754
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	901

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.96-1.9823	0.3064	238	0.2665	3627	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9823-2.0056	0.3136	225	0.2589	3577	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0056-2.03	0.301	232	0.2526	3600	X-RAY DIFFRACTION	94
2.03-2.0557	0.2655	231	0.244	3521	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0557-2.0828	0.2653	229	0.2427	3659	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0828-2.1113	0.2707	233	0.2393	3573	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1113-2.1415	0.279	223	0.2202	3562	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1415-2.1734	0.2426	229	0.2062	3600	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1734-2.2074	0.2295	223	0.202	3615	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2074-2.2435	0.2366	235	0.1983	3626	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2435-2.2822	0.2406	233	0.1938	3648	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2822-2.3237	0.1889	232	0.1842	3579	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3237-2.3684	0.2049	234	0.1862	3626	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3684-2.4167	0.2131	239	0.1833	3686	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4167-2.4692	0.2102	226	0.177	3591	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4692-2.5266	0.2322	234	0.1941	3668	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5266-2.5898	0.2434	239	0.1901	3635	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5898-2.6597	0.2333	235	0.1801	3632	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6597-2.738	0.2371	226	0.1789	3635	X-RAY DIFFRACTION	97
2.738-2.8263	0.232	226	0.1872	3675	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8263-2.9272	0.2069	235	0.1791	3682	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9272-3.0443	0.1906	239	0.1786	3650	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0443-3.1827	0.1932	240	0.1785	3744	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1827-3.3503	0.2207	234	0.1627	3661	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3503-3.5598	0.1854	238	0.1597	3710	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5598-3.8342	0.1982	238	0.1515	3688	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8342-4.219	0.1662	244	0.1455	3721	X-RAY DIFFRACTION	99
4.219-4.8273	0.1537	240	0.1285	3713	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8273-6.0732	0.1846	244	0.161	3755	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0732-29.6319	0.2069	243	0.1829	3707	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8907	-0.3204	-0.5389	1.0977	0.6383	0.9758	-0.0674	-0.0037	-0.1307	0.0374	0.0036	-0.004	0.162	-0.0074	-0.0001	0.2515	0.0213	-0.0156	0.1402	-0.0153	0.1873	51.4976	-0.6835	19.3579
2	0.2374	-0.686	0.3281	0.4267	-0.8362	1.0361	0.0034	-0.0537	0.0419	0.1051	0.0298	-0.0299	-0.0454	0.0263	-0	0.2193	-0.0189	-0.0208	0.077	0.0159	0.1406	54.1255	15.9521	12.2392
3	0.9377	0.6416	0.1255	0.7212	-0.481	0.8006	-0.0759	-0.0914	-0.4559	-0.2647	0.4663	-0.0361	0.7491	-0.5785	0.0078	0.4233	-0.0918	-0.0373	0.4444	0.1171	0.2769	33.5424	18.4694	-3.6765
4	0.9753	-1.0371	0.2431	1.5803	-0.849	2.7517	0.0167	0.1046	0.1275	-0.0415	0.1349	0.0842	0.0814	-0.3459	0.0001	0.2948	-0.0554	0.0128	0.1613	0.0637	0.1806	42.4199	21.3979	0.7796
5	0.2336	-0.2943	-0.1179	0.8522	-0.1759	0.368	0.068	-0.0802	-0.0547	-0.1521	0.012	-0.1719	0.2075	0.2992	-0.0026	0.2192	0.0089	-0.0099	0.1682	-0.0086	0.2185	61.721	7.6361	16.9479
6	0.9586	0.5301	-0.0676	1.8856	0.7775	1.6284	-0.0112	-0.1138	0.1441	-0.2342	-0.0548	0.0296	-0.1751	-0.0132	-0.0001	0.1355	0.023	0.0039	0.1513	-0.0167	0.1588	49.4789	18.8257	39.0551
7	0.2613	0.3845	-0.0491	1.1884	-0.7196	1.2337	-0.0279	-0.131	-0.0738	-0.2272	0.0335	-0.0178	-0.0568	-0.0027	-0.1201	-0.0357	0.0521	0.0095	0.116	0.0335	0.0952	50.4835	2.1904	46.5221
8	1.4035	-0.8237	0.0072	0.7923	-1.1301	6.4559	0.0071	0.0732	0.3254	0.2219	0.1969	-0.0807	-0.9365	-1.1104	0.0698	0.0452	0.114	0.0185	0.6755	0.1186	0.248	27.1712	0.0092	58.0894
9	0.9905	0.7006	-0.635	0.4412	-0.3062	3.3333	0.0856	-0.0519	-0.1167	-0.0072	0.0722	-0.0417	0.0347	-0.6395	0.0009	0.0735	0.0481	0.0016	0.2794	0.0792	0.1418	36.7139	-3.1533	55.4121
10	0.1578	0.2002	0.1443	0.8098	-0.421	0.3317	0.0624	-0.1278	0.092	0.0893	-0.1057	-0.1613	-0.0846	0.1934	0.0001	0.124	0.0024	0.0162	0.2305	0.0149	0.2241	58.9502	10.4391	43.5601

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 37:128)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 129:193)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 194:231)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 232:321)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 322:350)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN B AND RESID 37:128)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN B AND RESID 129:193)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN B AND RESID 194:231)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN B AND RESID 232:321)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN B AND RESID 322:350)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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