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- PDB-4bfj: Superoxide reductase (Neelaredoxin) from Archaeoglobus fulgidus E... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bfj
タイトルSuperoxide reductase (Neelaredoxin) from Archaeoglobus fulgidus E12V mutant
要素SUPEROXIDE REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / OXYGEN DETOXIFICATION
機能・相同性
機能・相同性情報


superoxide reductase / superoxide reductase activity / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
SOR catalytic domain / Desulfoferrodoxin, ferrous iron-binding domain / Desulfoferrodoxin, ferrous iron-binding domain superfamily / Desulfoferrodoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Putative superoxide reductase
類似検索 - 構成要素
生物種ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Bandeiras, T.M. / Rodrigues, J.V. / Sousa, C.M. / Barradas, A.R. / Pinho, F.G. / Pinto, A.F. / Teixeira, M. / Matias, P.M. / Romao, C.V.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Understanding the Role of Key Residues in the Superoxide Reductase Molecular Mechanism, Exploring Archaeoglobus Fulgidus Sor Structure
著者: Bandeiras, T.M. / Rodrigues, J.V. / Sousa, C.M. / Barradas, A.R. / Pinho, F.G. / Pinto, A.F. / Teixeira, M. / Matias, P.M. / Romao, C.V.
履歴
登録2013年3月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SUPEROXIDE REDUCTASE
B: SUPEROXIDE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4774
ポリマ－27,3652
非ポリマー1122
水00
1
A: SUPEROXIDE REDUCTASE
B: SUPEROXIDE REDUCTASE
ヘテロ分子

A: SUPEROXIDE REDUCTASE
B: SUPEROXIDE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,9548
ポリマ－54,7304
非ポリマー2234
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x,-y,-z+1/21
Buried area8640 Å2
ΔGint-51.5 kcal/mol
Surface area22510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.790, 98.970, 105.230
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121

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要素

#1: タンパク質 SUPEROXIDE REDUCTASE / SOR


分子量: 13682.566 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (古細菌) / プラスミド: PT7-7/NAFE12VA / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): GOLD / 参照: UniProt: O29903
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 72 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7 / 詳細: 0.1 M HEPES PH 7.0 AND 26% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9786
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年6月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→40.7 Å / Num. obs: 12125 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.17 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 18.87
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 4.08 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 2.19 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.8.1_1168)精密化
XDSPROGRAM PACKAGEデータ削減
XDSPROGRAM PACKAGEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4BGL

4bgl


解像度: 2.8→41.542 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2323 1067 4.8 %
Rwork0.1775 --
obs0.18 12102 96.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→41.542 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1918 0 2 0 1920
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0121984
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2612708
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.385688
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067296
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005344
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.92740.3671550.28842638X-RAY DIFFRACTION97
2.9274-3.08170.32671300.252707X-RAY DIFFRACTION98
3.0817-3.27470.27491420.21512663X-RAY DIFFRACTION98
3.2747-3.52740.23081240.17952640X-RAY DIFFRACTION97
3.5274-3.88220.23331350.16842692X-RAY DIFFRACTION97
3.8822-4.44340.17811450.1422624X-RAY DIFFRACTION97
4.4434-5.59610.20751210.15782657X-RAY DIFFRACTION96
5.5961-41.54650.25291150.1892634X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.23621.6917-5.14425.4469-4.59227.6636-0.5538-0.3687-0.2548-0.7811-0.064-0.09551.00140.75310.73641.07680.0374-0.09590.753-0.13970.582216.8522-2.88344.0599
25.4849-0.2617-0.00642.6604-0.87525.54090.14480.5654-0.5042-0.5309-0.10830.19960.36970.4758-0.05830.75430.102-0.02720.6132-0.12340.548714.8765-2.462914.9132
33.95933.6029-0.28345.1138-3.18174.5721-0.3609-0.07550.2704-0.56330.59470.44991.2467-0.1684-0.1780.9654-0.0371-0.12040.5271-0.10460.71185.8762-22.654227.9491
42.8135-0.3081-0.22043.0808-0.66794.53090.13120.1588-0.6173-0.1753-0.1010.46580.80290.06370.01450.6835-0.0376-0.02930.4522-0.10070.64248.0589-11.608226.5548
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 2 THROUGH 33 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 34 THROUGH 125 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN B AND (RESID 2 THROUGH 34 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN B AND (RESID 35 THROUGH 125 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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