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万見
- PDB-4bfh: Crystal structure of alpha-amylase inhibitor wrightide R1 (wR1) p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bfh
タイトルCrystal structure of alpha-amylase inhibitor wrightide R1 (wR1) peptide from Wrightia religiosa
要素WRIGHTIDE R1
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / INSECT ALPHA-AMYLASE INHIBITOR
機能・相同性Alpha amylase inhibitor Wrightide R1
機能・相同性情報
生物種WRIGHTIA RELIGIOSA (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Yap, L.J. / Nguyen, P.Q.T. / Tam, J.P. / Lescar, J.
引用
ジャーナル: FEBS J. / 年: 2014
タイトル: Discovery and Characterization of Pseudocyclic Cystine-Knot Alpha-Amylase Inhibitors with High Resistance to Heat and Proteolytic Degradation.
著者: Nguyen, P.Q. / Wang, S. / Kumar, A. / Yap, L.J. / Luu, T.T. / Lescar, J. / Tam, J.P.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1999
タイトル: Specific Inhibition of Insect Alpha-Amylases: Yellow Meal Worm Alpha-Amylase in Complex with the Amaranth Alpha-Amylase Inhibitor at 2.0 A Resolution.
著者: Pereira, P.J. / Lozanov, V. / Patthy, A. / Huber, R. / Bode, W. / Pongor, S. / Strobl, S.
履歴
登録2013年3月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月23日Group: Database references
改定 1.22014年7月30日Group: Database references
改定 1.32014年10月15日Group: Database references
改定 1.42015年3月18日Group: Database references
改定 1.52023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.62024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: WRIGHTIDE R1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,2561
ポリマ－3,2561
非ポリマー00
水73941
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)16.194, 29.133, 47.701
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質・ペプチド WRIGHTIDE R1


分子量: 3255.765 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ALPHA-AMYLASE INHIBITOR / 由来: (天然) WRIGHTIA RELIGIOSA (植物) / 参照: UniProt: V5W9K8*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.82 % / 解説: NONE
結晶化pH: 2 / 詳細: pH 2

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→25 Å / Num. obs: 6362 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(I): 66 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 23.2
反射 シェル解像度: 1.25→1.32 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Mean I/σ(I) obs: 11.9 / % possible all: 90.3

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.5.0110 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1CLV

1clv


解像度: 1.25→24.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.971 / SU B: 1.2 / SU ML: 0.025 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.054 / ESU R Free: 0.042 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15927 317 5 %RANDOM
Rwork0.15779 ---
obs0.15787 6017 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 9.685 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.13 Å20 Å20 Å2
2--0.42 Å20 Å2
3----0.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→24.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数223 0 0 41 264
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.022231
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9711.967316
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.735529
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.76825.5569
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.261533
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.233
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021178
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2731.5149
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.5882239
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.94382
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.4844.577
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.4493231
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free0.75341
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded0.6863223
LS精密化 シェル解像度: 1.25→1.282 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.172 22 -
Rwork0.164 412 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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