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- PDB-4bfc: Crystal structure of the C-terminal CMP-Kdo binding domain of Waa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bfc
タイトルCrystal structure of the C-terminal CMP-Kdo binding domain of WaaA from Acinetobacter baumannii
要素3-DEOXY-D-MANNO-OCTULOSONIC-ACID TRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性Glycogen Phosphorylase B; / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / BETA-MERCAPTOETHANOL / 3-Deoxy-D-manno-octulosonic-acid transferase (Kdotransferase) family protein / :
機能・相同性情報
生物種ACINETOBACTER BAUMANNII (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Kimbung, Y.R. / Hakansson, M. / Logan, D. / Wang, P.F. / Schulz, M. / Mamat, U. / Woodard, R.W.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the C-Terminal Cmp-Kdo Binding Domain of Waaa from Acinetobacter Baumannii
著者: Kimbung, Y.R. / Hakansson, M. / Logan, D. / Wang, P.F. / Schulz, M. / Mamat, U. / Woodard, R.W.
履歴
登録2013年3月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月8日Group: Structure summary
改定 1.22018年1月17日Group: Advisory / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32023年12月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-DEOXY-D-MANNO-OCTULOSONIC-ACID TRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0274
ポリマ－26,7741
非ポリマー2523
水3,351186
1
A: 3-DEOXY-D-MANNO-OCTULOSONIC-ACID TRANSFERASE
ヘテロ分子

A: 3-DEOXY-D-MANNO-OCTULOSONIC-ACID TRANSFERASE
ヘテロ分子

A: 3-DEOXY-D-MANNO-OCTULOSONIC-ACID TRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,08012
ポリマ－80,3233
非ポリマー7579
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
Buried area4530 Å2
ΔGint-50.9 kcal/mol
Surface area24220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.370, 110.370, 70.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 3-DEOXY-D-MANNO-OCTULOSONIC-ACID TRANSFERASE


分子量: 26774.201 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL CMP-KDO BINDING DOMAIN, RESIDUES 220-430 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ACINETOBACTER BAUMANNII (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSSETTA2 PLYSS / 参照: UniProt: K5F2Z1, UniProt: A0A7U4CWN3*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.5 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6
詳細: 0.1M NA CITRATE BUFFER PH 6.0, 0.2 MM LITHIUM SULPHATE AND 17 TO 23 % PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1.041
検出器タイプ: MARRESEARCH MAR165 / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月1日 / 詳細: MIRROR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.041 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.585
11K, H, -L20.415
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. obs: 35057 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 3.77 / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 24.9
反射 シェル解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 3.77 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XCI

2xci


解像度: 1.7→28.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 2.229 / SU ML: 0.062 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.013 / ESU R Free: 0.014 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT SIDE CHAINS WITH POOR ELECTRON DENSITY WERE MODELED WITH ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT SIDE CHAINS WITH POOR ELECTRON DENSITY WERE MODELED WITH LOWER OCCUPANCY. MULTIPLE CONFORMERS WERE MODELED WITH LOWER OCCUPANCY ADDING UP TO 1.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16093 1754 5 %RANDOM
Rwork0.13383 ---
obs0.13518 33299 99.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.83 Å20 Å20 Å2
2---9.83 Å20 Å2
3---19.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→28.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1532 0 13 186 1731
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.021624
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0190.021624
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8851.9372223
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.8851.9372223
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2015206
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.17425.17685
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.58115264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.105159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1350.2251
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0211264
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.698→1.742 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 132 -
Rwork0.258 2384 -
obs--97.14 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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