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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4bes | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the Legionella pneumophila FIC domain-containing effector AnkX protein in complex with cytidine monophosphate and phosphocholine | ||||||
![]() | PHOSPHOCHOLINE TRANSFERASE ANKX | ||||||
![]() | TRANSFERASE / PHOSPHOCHOLINATION / TYPE IV SECRETION SYSTEM EFFECTOR | ||||||
機能・相同性 | ![]() phosphocholine transferase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ(アルコールにつなげるもの) / regulation of GTPase activity / host cell cytoplasm / transcription cis-regulatory region binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Campanacci, V. / Mukherjee, S. / Roy, C.R. / Cherfils, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the Legionella Effector Ankx Reveals the Mechanism of Phosphocholine Transfer by the Fic Domain. 著者: Campanacci, V. / Mukherjee, S. / Roy, C.R. / Cherfils, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 201.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 161.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 795.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 801.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 25.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 54889.660 Da / 分子数: 1 / 断片: FIC AND ANKYRIN REPEATS DOMAINS, RESIDUES 2-484 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q5ZXN6, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ(アルコールにつなげるもの) | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-C5P / | ||||||
#3: 化合物 | ChemComp-PC / | ||||||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | PHOSPHOCHOLINE (PC): PRODUCED AFTER ADDITION OF CDP-CHOLINE CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE (C5P): ...PHOSPHOCHO | 配列の詳細 | L247P (CLONING ARTEFACT) | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.45 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 6.5 詳細: 0.2 M AMMONIUM SULFATE, 30% PEG 5000 MME, 0.1 M MES PH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月22日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9801 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.54→43.1 Å / Num. obs: 19367 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 55.92 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 13.42 |
反射 シェル | 解像度: 2.54→2.68 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.75 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 98.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 4BEP 解像度: 2.54→43.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9243 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8889 / SU R Cruickshank DPI: 0.504 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.511 / SU Rfree Blow DPI: 0.289 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.292 詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
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原子変位パラメータ | Biso mean: 55.86 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.328 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.54→43.1 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.54→2.68 Å / Total num. of bins used: 10
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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