+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ber | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of the Legionella pneumophila FIC domain-containing effector AnkX protein in complex with cytidine monophosphate | ||||||
![]() | PHOSPHOCHOLINE TRANSFERASE ANKX | ||||||
![]() | TRANSFERASE / TYPE IV SECRETION SYSTEM EFFECTOR | ||||||
機能・相同性 | ![]() phosphocholine transferase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ(アルコールにつなげるもの) / regulation of GTPase activity / host cell cytoplasm / transcription cis-regulatory region binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Campanacci, V. / Mukherjee, S. / Roy, C.R. / Cherfils, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the Legionella Effector Ankx Reveals the Mechanism of Phosphocholine Transfer by the Fic Domain. 著者: Campanacci, V. / Mukherjee, S. / Roy, C.R. / Cherfils, J. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 392.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 324.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 34.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 47.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 54889.660 Da / 分子数: 2 / 断片: FIC AND ANKYRIN REPEATS DOMAINS, RESIDUES 2-484 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: PHILADELPHIA 1 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q5ZXN6, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ(アルコールにつなげるもの) #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-PO4 / #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.7 % / 解説: NONE |
---|---|
結晶化 | pH: 8.5 / 詳細: 15% PEG 20000, 0.1 M TRIS PH 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月2日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9801 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→46.28 Å / Num. obs: 42690 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 62.69 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 16.16 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.76 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 1.01 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 98.8 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 4BEP 解像度: 2.6→46.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9145 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU R Cruickshank DPI: 0.434 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.424 / SU Rfree Blow DPI: 0.259 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.264 詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 66.29 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.405 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→46.28 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.67 Å / Total num. of bins used: 20
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|