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- PDB-4bem: Crystal structure of the F-type ATP synthase c-ring from Acetobac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bem
タイトルCrystal structure of the F-type ATP synthase c-ring from Acetobacterium woodii.
要素
  • F1FO ATPASE C1 SUBUNIT
  • F1FO ATPASE C2 SUBUNIT
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


proton-transporting ATP synthase complex, coupling factor F(o) / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / membrane => GO:0016020 / hydrolase activity / lipid binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
lithium bound rotor ring of v- atpase / F1F0 ATP synthase subunit C / F1FO ATP Synthase / ATP synthase, F0 complex, subunit C, bacterial/chloroplast / ATP synthase, F0 complex, subunit C / F1F0 ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase, F0 complex, subunit C, DCCD-binding site / ATP synthase c subunit signature. / V-ATPase proteolipid subunit C-like domain / F/V-ATP synthase subunit C superfamily ...lithium bound rotor ring of v- atpase / F1F0 ATP synthase subunit C / F1FO ATP Synthase / ATP synthase, F0 complex, subunit C, bacterial/chloroplast / ATP synthase, F0 complex, subunit C / F1F0 ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase, F0 complex, subunit C, DCCD-binding site / ATP synthase c subunit signature. / V-ATPase proteolipid subunit C-like domain / F/V-ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase subunit C / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / : / ATP synthase subunit c / ATP synthase subunit c / ATP synthase subunit c / ATP synthase subunit c
類似検索 - 構成要素
生物種ACETOBACTERIUM WOODII (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Matthies, D. / Meier, T. / Yildiz, O.
引用ジャーナル: Nat.Commun. / 年: 2014
タイトル: High-Resolution Structure and Mechanism of an F/V-Hybrid Rotor Ring in a Na+-Coupled ATP Synthase
著者: Matthies, D. / Zhou, W. / Klyszejko, A.L. / Anselmi, C. / Yildiz, O. / Brandt, K. / Muller, V. / Faraldo-Gomez, J.D. / Meier, T.
履歴
登録2013年3月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月1日Group: Database references
改定 1.22014年11月19日Group: Database references
改定 1.32020年7月29日Group: Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: F1FO ATPASE C2 SUBUNIT
B: F1FO ATPASE C2 SUBUNIT
C: F1FO ATPASE C2 SUBUNIT
D: F1FO ATPASE C2 SUBUNIT
E: F1FO ATPASE C2 SUBUNIT
F: F1FO ATPASE C2 SUBUNIT
G: F1FO ATPASE C2 SUBUNIT
H: F1FO ATPASE C2 SUBUNIT
I: F1FO ATPASE C2 SUBUNIT
J: F1FO ATPASE C1 SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,89646
ポリマ－92,33610
非ポリマー6,56036
水2,954164
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area46220 Å2
ΔGint-493.4 kcal/mol
Surface area28780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.170, 121.170, 150.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 , 2種, 10分子 ABCDEFGHIJ

#1: タンパク質
F1FO ATPASE C2 SUBUNIT / F1FO ATPASE C3 SUBUNIT


分子量: 8213.572 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ACETOBACTERIUM WOODII (バクテリア) / 株: DSM 1030 / 参照: UniProt: Q59166, UniProt: H6LFT2*PLUS
#2: タンパク質 F1FO ATPASE C1 SUBUNIT


分子量: 18413.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ACETOBACTERIUM WOODII (バクテリア) / 株: DSM 1030 / 参照: UniProt: Q9RMB5, UniProt: H6LFT0*PLUS

-
糖 , 1種, 19分子

#4: 糖
ChemComp-HTG / heptyl 1-thio-beta-D-glucopyranoside / HEPTYL 1-THIOHEXOPYRANOSIDE / heptyl 1-thio-beta-D-glucoside / heptyl 1-thio-D-glucoside / heptyl 1-thio-glucoside / ヘプチル1-チオ-β-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 294.408 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H26O5S / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 6種, 181分子

#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#6: 化合物 ChemComp-TAM / TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE / 3-アミノ-3-(2-ヒドロキシエチル)-1,5-ペンタンジオ-ル


分子量: 163.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H17NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 0.6 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 65395 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 1.6 / 冗長度: 16.6 % / Biso Wilson estimate: 37.21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 18.08
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 16.5 % / Rmerge(I) obs: 1.03 / Mean I/σ(I) obs: 1.58 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1YCE

1yce


解像度: 2.1→47.2 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 20.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2198 3270 5 %
Rwork0.1818 --
obs0.1837 65363 99.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→47.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6474 0 415 164 7053
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076964
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9369361
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4222578
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0591140
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041155
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0999-2.13130.3251390.27762643X-RAY DIFFRACTION99
2.1313-2.16460.31151390.25772652X-RAY DIFFRACTION99
2.1646-2.20010.29291390.23762640X-RAY DIFFRACTION99
2.2001-2.2380.27971400.2212651X-RAY DIFFRACTION99
2.238-2.27870.23381400.21142660X-RAY DIFFRACTION99
2.2787-2.32250.24731390.22633X-RAY DIFFRACTION99
2.3225-2.36990.26771400.19472665X-RAY DIFFRACTION99
2.3699-2.42150.22941410.18732679X-RAY DIFFRACTION99
2.4215-2.47780.22431400.16572673X-RAY DIFFRACTION99
2.4778-2.53980.22771400.16472647X-RAY DIFFRACTION99
2.5398-2.60840.1921400.14812671X-RAY DIFFRACTION99
2.6084-2.68520.22381430.16592708X-RAY DIFFRACTION99
2.6852-2.77180.18611400.15252668X-RAY DIFFRACTION99
2.7718-2.87090.17941420.13892686X-RAY DIFFRACTION99
2.8709-2.98580.17531420.14562695X-RAY DIFFRACTION99
2.9858-3.12170.19141430.16052721X-RAY DIFFRACTION100
3.1217-3.28620.20261420.15952701X-RAY DIFFRACTION99
3.2862-3.49210.20331430.15992724X-RAY DIFFRACTION100
3.4921-3.76160.21491440.16292729X-RAY DIFFRACTION100
3.7616-4.13990.19921450.15562751X-RAY DIFFRACTION100
4.1399-4.73850.22451460.16982773X-RAY DIFFRACTION100
4.7385-5.96810.2081480.21532803X-RAY DIFFRACTION100
5.9681-47.21150.24941550.22772920X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 24.4461 Å / Origin y: 23.5329 Å / Origin z: 36.7719 Å
111213212223313233
T0.2967 Å2-0.0406 Å20.0169 Å2-0.3221 Å20.0268 Å2--0.2933 Å2
L2.3368 °21.1926 °2-0.3656 °2-2.1647 °2-0.4106 °2--1.2201 °2
S0.1477 Å °-0.0972 Å °0.3247 Å °0.2862 Å °-0.1489 Å °0.0644 Å °-0.153 Å °0.2203 Å °0.0029 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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