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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4beg | ||||||
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タイトル | Structure of Rv2140c, a phosphatidyl-ethanolamine binding protein from Mycobacterium tuberculosis in complex with sulphate | ||||||
![]() | PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE BINDING PROTEIN | ||||||
![]() | LIPID BINDING PROTEIN / LIPID-BINDING PROTEIN / PEBP / RKIP | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Holton, S.J. / Williams, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural and Biochemical Characterization of Rv2140C, a Phosphatidylethanolamine-Binding Protein from Mycobacterium Tuberculosis. 著者: Eulenburg, G. / Higman, V.A. / Diehl, A. / Wilmanns, M. / Holton, S.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 161.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 128 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 464.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 468.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 29 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4bef S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18777.998 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: H37RV / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 0.1M TRIS PH 8.0, 2.4 M AMMONIUM SULFATE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.84 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.41→28.01 Å / Num. obs: 67729 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.32 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 7.86 |
反射 シェル | 解像度: 1.41→1.49 Å / 冗長度: 5.23 % / Rmerge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 2.81 / % possible all: 87.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 4BEF ![]() 4bef 解像度: 1.42→27.248 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 1.691 / SU ML: 0.031 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.062 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.055 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.42→27.248 Å
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拘束条件 |
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