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- PDB-6g7q: Trichodesmium Tery_3377 (IdiA) (FutA) in complex with iron and ci... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g7q
タイトルTrichodesmium Tery_3377 (IdiA) (FutA) in complex with iron and citrate ligands.
要素Extracellular solute-binding protein, family 1
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Iron / IdiA / FutA / ABC-Transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


iron ion transport / outer membrane-bounded periplasmic space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Bacterial extracellular solute-binding protein / Ferric binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / CITRATE ANION / Extracellular solute-binding protein, family 1
類似検索 - 構成要素
生物種Trichodesmium erythraeum
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Machelett, M.M. / Tews, I.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structural and functional characterization of IdiA/FutA (Tery_3377), an iron-binding protein from the ocean diazotrophTrichodesmium erythraeum.
著者: Polyviou, D. / Machelett, M.M. / Hitchcock, A. / Baylay, A.J. / MacMillan, F. / Moore, C.M. / Bibby, T.S. / Tews, I.
履歴
登録2018年4月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22018年12月5日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Extracellular solute-binding protein, family 1
A: Extracellular solute-binding protein, family 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,63211
ポリマ－69,7592
非ポリマー8739
水15,349852
1
B: Extracellular solute-binding protein, family 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1915
ポリマ－34,8801
非ポリマー3124
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Extracellular solute-binding protein, family 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4416
ポリマ－34,8801
非ポリマー5625
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.330, 102.010, 57.670
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.850, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細 (eV)
11B
21A

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: TRP / End label comp-ID: TRP / Refine code: _ / Auth seq-ID: 4 - 318 / Label seq-ID: 1 - 315

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1BA
2AB

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 BA

#1: タンパク質 Extracellular solute-binding protein, family 1


分子量: 34879.512 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trichodesmium erythraeum (strain IMS101) (バクテリア)
株: IMS101 / 遺伝子: Tery_3377 / プラスミド: pET21a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q10Z45

-
非ポリマー , 5種, 861分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#5: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION


分子量: 189.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 852 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.81 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG500MME, PEG20000, Sodium formate, Ammonium acetate, Sodium citrate tribasic dihydrate, Sodium potassium tartrate tetrahydrate, Sodium oxamate, Sodium HEPES, MOPS (acid).

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→30 Å / Num. obs: 183781 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 5.826 % / Biso Wilson estimate: 17.471 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rrim(I) all: 0.08 / Χ2: 0.948 / Net I/σ(I): 11.63 / Num. measured all: 1070779 / Scaling rejects: 65
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.2-1.235.5520.8711.557574013757136410.6790.96399.2
1.23-1.265.6970.7171.967558713417132690.7740.79198.9
1.26-1.35.6570.6392.237292613086128920.8040.70498.5
1.3-1.345.5160.5342.676802412764123330.8720.59196.6
1.34-1.395.7870.4623.266912012230119450.8950.50897.7
1.39-1.435.9080.3834.017017911948118790.920.42199.4
1.43-1.495.8540.3055.046648911466113580.9470.33699.1
1.49-1.555.8450.2386.576353911049108700.9640.26298.4
1.55-1.625.7350.1998.045961810672103960.9750.21997.4
1.62-1.75.7690.1669.77565331015197990.9810.18396.5
1.7-1.796.1030.13412.3858689963996160.9880.14799.8
1.79-1.96.0340.10415.4554721913490690.9920.11499.3
1.9-2.035.9180.08119.2850577860785460.9940.08999.3
2.03-2.195.7760.06623.245304799078430.9960.07398.2
2.19-2.45.6570.05626.2239901737070530.9970.06295.7
2.4-2.686.3850.05230.8342468668166510.9970.05699.6
2.68-3.16.2860.04634.7136731587458430.9980.0599.5
3.1-3.795.9740.04138.5329398501649210.9980.04598.1
3.79-5.375.8360.03741.2821726387137230.9980.04196.2
5.37-306.330.03743.4713509216421340.9980.04198.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 1.538 / SU ML: 0.029 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.036 / ESU R Free: 0.036 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1648 1991 1.1 %RANDOM
Rwork0.1355 ---
obs0.1358 181790 98.43 %-
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET MODEL
原子変位パラメータBiso max: 97.67 Å2 / Biso mean: 17.882 Å2 / Biso min: 8.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.32 Å20 Å20.27 Å2
2---0.61 Å20 Å2
3---0.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4885 0 53 863 5801
Biso mean--29.57 31.66 -
残基数----634
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0195327
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.024970
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8181.9657258
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.07311625
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6745718
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.13424.706238
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.75315942
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.61530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.2782
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0216058
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021072
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.887310297
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free27.1715565
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded10.305510455
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 21918 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1B
2A
LS精密化 シェル解像度: 1.2→1.231 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 147 -
Rwork0.263 13467 -
all-13614 -
obs--99.19 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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