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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4bdc | ||||||
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タイトル | Fragment-based screening identifies a new area for inhibitor binding to checkpoint kinase 2 (CHK2) | ||||||
要素 | SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE CHK2 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mitotic DNA damage checkpoint signaling / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / thymocyte apoptotic process / regulation of protein catabolic process / ヘイフリック限界 / mitotic spindle assembly / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / signal transduction in response to DNA damage / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex ...mitotic DNA damage checkpoint signaling / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / thymocyte apoptotic process / regulation of protein catabolic process / ヘイフリック限界 / mitotic spindle assembly / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / signal transduction in response to DNA damage / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest / regulation of signal transduction by p53 class mediator / DNA damage checkpoint signaling / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Stabilization of p53 / protein catabolic process / G2/M DNA damage checkpoint / Regulation of TP53 Activity through Methylation / cellular response to gamma radiation / PML body / G2/M transition of mitotic cell cycle / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / double-strand break repair / Regulation of TP53 Degradation / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / protein autophosphorylation / protein stabilization / non-specific serine/threonine protein kinase / 細胞分裂 / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / ubiquitin protein ligase binding / regulation of DNA-templated transcription / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / ゴルジ体 / protein homodimerization activity / 核質 / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Silva-Santisteban, M.C. / Westwood, I.M. / Boxall, K. / Brown, N. / Peacock, S. / McAndrew, C. / Barrie, E. / Richards, M. / Mirza, A. / Oliver, A.W. ...Silva-Santisteban, M.C. / Westwood, I.M. / Boxall, K. / Brown, N. / Peacock, S. / McAndrew, C. / Barrie, E. / Richards, M. / Mirza, A. / Oliver, A.W. / Burke, R. / Hoelder, S. / Jones, K. / Aherne, G.W. / Blagg, J. / Collins, I. / Garrett, M.D. / van Montfort, R.L.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2013 タイトル: Fragment-Based Screening Maps Inhibitor Interactions in the ATP-Binding Site of Checkpoint Kinase 2. 著者: Silva-Santisteban, M.C. / Westwood, I.M. / Boxall, K. / Brown, N. / Peacock, S. / Mcandrew, C. / Barrie, E. / Richards, M. / Mirza, A. / Oliver, A.W. / Burke, R. / Hoelder, S. / Jones, K. / ...著者: Silva-Santisteban, M.C. / Westwood, I.M. / Boxall, K. / Brown, N. / Peacock, S. / Mcandrew, C. / Barrie, E. / Richards, M. / Mirza, A. / Oliver, A.W. / Burke, R. / Hoelder, S. / Jones, K. / Aherne, G.W. / Blagg, J. / Collins, I. / Garrett, M.D. / Van Montfort, R.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4bdc.cif.gz | 126.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4bdc.ent.gz | 97.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4bdc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/4bdc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/4bdc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 37111.844 Da / 分子数: 1 / 断片: KINASE DOMAIN, RESIDUES 210-531 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PTHREE-E / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA2 PLYSS 参照: UniProt: O96017, non-specific serine/threonine protein kinase |
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-非ポリマー , 5種, 19分子
#2: 化合物 | ChemComp-ODH / |
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#3: 化合物 | ChemComp-NO3 / |
#4: 化合物 | ChemComp-CL / |
#5: 化合物 | ChemComp-EDO / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.13 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 0.1 M HEPES 7.5, 0.2 M MG(NO3)2, 10% (V/V) ETHYLENE GLYCOL, 1 MM TCEP AND 8-14% (W/V) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9728 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9728 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→40.92 Å / Num. obs: 9297 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 95.93 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 11.2 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2WTJ 解像度: 3→40.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9504 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9371 / SU R Cruickshank DPI: 1.053 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 1.112 / SU Rfree Blow DPI: 0.306 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.31
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原子変位パラメータ | Biso mean: 78.82 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.38 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→40.92 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.35 Å / Total num. of bins used: 5
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -25.1366 Å / Origin y: 29.4605 Å / Origin z: 10.3202 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: CHAIN A |