PDB-4bd0: X-ray structure of a perdeuterated Toho-1 R274N R276N double muta...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4bd0

タイトル

X-ray structure of a perdeuterated Toho-1 R274N R276N double mutant Beta-lactamase in complex with a fully deuterated boronic acid (BZB)

要素

BETA-LACTAMASE TOHO-1

キーワード

HYDROLASE / PERDEUTERATED NEUTRON STRUCTURE / EXTENDED-SPECTRUM BETA LACTAMASES / CTX- M-TYPE ESBLS

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI BL21 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.207 Å

データ登録者

Tomanicek, S.J. / Weiss, K.L. / Standaert, R.F. / Ostermann, A. / Schrader, T.E. / Ng, J.D. / Coates, L.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Neutron and X-Ray Crystal Structures of a Perdeuterated Enzyme Inhibitor Complex Reveal the Catalytic Proton Network of the Toho-1 Beta-Lactamase for the Acylation Reaction.
著者: Tomanicek, S.J. / Standaert, R.F. / Weiss, K.L. / Ostermann, A. / Schrader, T.E. / Ng, J.D. / Coates, L.

履歴

登録	2012年10月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年1月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年2月27日	Group: Database references
改定 2.0	2019年5月8日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other カテゴリ: atom_site / database_PDB_rev ...atom_site / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.pdbx_auth_atom_name / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.1	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4bd0.cif.gz	176.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4bd0.ent.gz	142 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4bd0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4bd0_validation.pdf.gz	454.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4bd0_full_validation.pdf.gz	456.2 KB	表示
XML形式データ	4bd0_validation.xml.gz	16.9 KB	表示
CIF形式データ	4bd0_validation.cif.gz	26.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/4bd0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/4bd0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4bd1C 2zq8S 1bza 1iyo 1iyp 1iyq 1iys 1we4 2wyx 2xqz 2xr0 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5toy-1 4ua6-1 5top-1 6mz1-1 6z21-d 6b1j-1 4ua9-1 2xr0-d 1iyq-d 1iyo-d 3bff-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (5) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: BETA-LACTAMASE TOHO-1

ヘテロ分子

28.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.500, 72.500, 97.670
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2027- HOH
2	1	A-2162- HOH
3	1	A-2365- HOH

#1: タンパク質	BETA-LACTAMASE TOHO-1 分子量: 28104.713 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 32-291 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI BL21 (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q47066, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-BZB / BENZO[B]THIOPHENE-2-BORONIC ACID / ベンゾ[b]チオフェン-2-イルボロン酸分子量: 178.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₇BO₂S
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 397 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
非ポリマーの詳細	BENZO[B]THIOPHENE-2-BORONIC ACID (BZB): PERDEUTERATED

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.35 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 293 K 詳細: 2.0 M AMMONIUM SULFATE AND 0.1 M SODIUM CITRATE PD 5.1 PREPARED IN 99.9 PERCENT D2O AT 20 C

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.21→26.41 Å / Num. obs: 91485 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2.9 / 冗長度: 10.1 % / B_iso Wilson estimate: 8.37 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 5.4
反射シェル	解像度: 1.21→1.27 Å / 冗長度: 9.3 % / R_merge(I) obs: 0.23 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ZQ8

2zq8

解像度: 1.207→26.408 Å / SU ML: 0.07 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 9.65 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1327	4585	5 %
R_work	0.1173	-	-
obs	0.1181	91418	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 2 Å² / k_sol: 2 e/Å³

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.207→26.408 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1970	0	42	397	2409

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	2104
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.432	2880
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.823	782
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.084	334
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	373

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.207-1.2207	0.1459	147	0.1111	2843	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2207-1.2351	0.1086	148	0.1025	2859	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2351-1.2502	0.1146	165	0.106	2877	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2502-1.266	0.1339	163	0.125	2831	X-RAY DIFFRACTION	100
1.266-1.2826	0.1529	136	0.1164	2899	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2826-1.3002	0.1161	138	0.1043	2825	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3002-1.3188	0.1147	138	0.0976	2950	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3188-1.3385	0.1208	153	0.0939	2848	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3385-1.3594	0.1216	132	0.0965	2884	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3594-1.3817	0.1106	155	0.0966	2886	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3817-1.4055	0.135	164	0.101	2830	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4055-1.431	0.1442	159	0.1043	2899	X-RAY DIFFRACTION	100
1.431-1.4586	0.1216	149	0.1027	2866	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4586-1.4883	0.1232	143	0.0974	2882	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4883-1.5207	0.109	161	0.094	2887	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5207-1.5561	0.1139	151	0.0902	2883	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5561-1.595	0.1203	162	0.0954	2869	X-RAY DIFFRACTION	100
1.595-1.6381	0.111	150	0.0962	2885	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6381-1.6863	0.1337	164	0.097	2890	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6863-1.7407	0.1169	150	0.1001	2886	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7407-1.8029	0.1265	150	0.1003	2898	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8029-1.8751	0.1259	162	0.0978	2910	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8751-1.9604	0.1153	158	0.1035	2901	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9604-2.0637	0.1162	170	0.1048	2890	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0637-2.1929	0.1445	162	0.105	2901	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1929-2.3622	0.1249	146	0.1119	2934	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3622-2.5997	0.1424	133	0.1197	2944	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5997-2.9754	0.1433	154	0.134	2964	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9754-3.747	0.1358	164	0.1376	2971	X-RAY DIFFRACTION	100
3.747-26.4139	0.1709	158	0.177	3041	X-RAY DIFFRACTION	98

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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