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- PDB-4bcs: Crystal structure of an avidin mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bcs
タイトルCrystal structure of an avidin mutant
要素CHIMERIC AVIDIN
キーワードBIOTIN-BINDING PROTEIN / LIGAND BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Avidin-like / Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / Avidin / : / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / Lipocalin ...Avidin-like / Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / Avidin / : / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / BIOTIN / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHATE ION / Avidin-related protein 4/5
類似検索 - 構成要素
生物種GALLUS GALLUS (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Airenne, T.T. / Niederhauser, B. / Hytonen, V.P. / Kulomaa, M.S. / Johnson, M.S.
引用
ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: A Novel Chimeric Avidin with Increased Thermal Stability Using DNA Shuffling.
著者: Taskinen, B. / Airenne, T.T. / Janis, J. / Rahikainen, R. / Johnson, M.S. / Kulomaa, M.S. / Hytonen, V.P.
#1: ジャーナル: J.Biotechnol. / 年: 2012
タイトル: DNA Family Shuffling within the Chicken Avidin Protein Family - a Shortcut to More Powerful Protein Tools.
著者: Niederhauser, B. / Siivonen, J. / Maatta, J.A. / Janis, J. / Kulomaa, M.S. / Hytonen, V.P.
履歴
登録2012年10月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月13日Group: Other
改定 1.22014年4月30日Group: Database references / Source and taxonomy
改定 1.32019年3月6日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CHIMERIC AVIDIN
B: CHIMERIC AVIDIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6898
ポリマ－27,8452
非ポリマー8446
水2,018112
1
A: CHIMERIC AVIDIN
B: CHIMERIC AVIDIN
ヘテロ分子

A: CHIMERIC AVIDIN
B: CHIMERIC AVIDIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,37816
ポリマ－55,6914
非ポリマー1,68712
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-x+2,-y,z1
Buried area12420 Å2
ΔGint-89.7 kcal/mol
Surface area21070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.110, 47.170, 60.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2031-

HOH

21A-2037-

HOH

31B-2013-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.22495, -0.97432, -0.0098), (-0.97435, -0.225, 0.00449), (-0.00658, 0.00854, -0.99994)
ベクター: 63.2223, 78.98196, 47.81317)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 CHIMERIC AVIDIN


分子量: 13922.716 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) GALLUS GALLUS (ニワトリ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P56734*PLUS

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非ポリマー , 5種, 118分子

#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-BTN / BIOTIN / ビオチン


分子量: 244.311 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N2O3S
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細PRODUCED USING A DNA FAMILY SHUFFLING METHOD WITH GENES OF UNIPROT ENTRIES P02701 AND P56734

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 %
解説: THE POLYPEPTIDE CHAIN A OF 1WBI WAS USED IN MOLECULAR REPLACEMENT.
結晶化手法: 蒸気拡散法
詳細: 300 NL OF PROTEIN SOLUTION (7.36 MG PER ML; 50 MM SODIUM ACETATE, PH 4) WERE MIXED WITH 300 NL OF WELL SOLUTION (0.09 M PHOSPHATE, CITRATE, PH 4.2; 36% PEG 300). VAPOUR DIFFUSION WAS USED. ...詳細: 300 NL OF PROTEIN SOLUTION (7.36 MG PER ML; 50 MM SODIUM ACETATE, PH 4) WERE MIXED WITH 300 NL OF WELL SOLUTION (0.09 M PHOSPHATE, CITRATE, PH 4.2; 36% PEG 300). VAPOUR DIFFUSION WAS USED. BEFORE CRYSTALLIZATION, BIOTIN SOLUTION (1 MG PER ML; 5 MM TRIS, PH 8.8 AND 8 MM CHES, PH 9.5) WAS ADDED TO THE PROTEIN SOLUTION IN 1 TO 10 (VOLUME PER VOLUME) RATIO, RESPECTIVELY.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 22157 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 30
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1WBI

1wbi


解像度: 1.8→19.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 2.864 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.129 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22598 1108 5 %RANDOM
Rwork0.1892 ---
obs0.19105 21049 99.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.475 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.06 Å20 Å20 Å2
2---1.09 Å20 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1889 0 53 112 2054
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.021985
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.871.9492692
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5185242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.09923.8184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.84215327
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1681513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1220.2307
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021463
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 80 -
Rwork0.245 1527 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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