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- PDB-4bc4: Crystal structure of human D-xylulokinase in complex with D-xylulose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bc4
タイトルCrystal structure of human D-xylulokinase in complex with D-xylulose
要素XYLULOSE KINASE
キーワードTRANSFERASE / GLUCURONATE XYLULOKINASE PATHWAY
機能・相同性
機能・相同性情報


xylulokinase / xylulose catabolic process / Formation of xylulose-5-phosphate / D-glucuronate catabolic process to D-xylulose 5-phosphate / xylulose metabolic process / D-xylulokinase activity / D-xylose metabolic process / generation of precursor metabolites and energy / carbohydrate metabolic process / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
D-xylulose kinase / Carbohydrate kinase, FGGY / Carbohydrate kinase, FGGY, N-terminal / FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain / Carbohydrate kinase, FGGY, C-terminal / FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-XYLULOSE / Xylulose kinase
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Bunker, R.D. / Loomes, K.M. / Baker, E.N.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Structure and Function of Human Xylulokinase, an Enzyme with Important Roles in Carbohydrate Metabolism
著者: Bunker, R.D. / Bulloch, E.M.M. / Dickson, J.M.J. / Loomes, K.M. / Baker, E.N.
履歴
登録2012年10月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月5日Group: Database references
改定 1.22012年12月19日Group: Atomic model / Database references / Other
改定 1.32013年1月30日Group: Database references
改定 1.42020年6月3日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_sheet_hbond ...pdbx_database_status / pdbx_struct_sheet_hbond / struct_conf / struct_conn / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id ..._pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_num_residues / _struct_site_gen.auth_asym_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.auth_seq_id / _struct_site_gen.label_asym_id / _struct_site_gen.label_comp_id / _struct_site_gen.label_seq_id / _struct_site_gen.pdbx_num_res / _struct_site_gen.site_id
改定 1.52024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: XYLULOSE KINASE
B: XYLULOSE KINASE
C: XYLULOSE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)178,1649
ポリマ－177,5273
非ポリマー6376
水13,313739
1
A: XYLULOSE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,3883
ポリマ－59,1761
非ポリマー2122
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: XYLULOSE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,3883
ポリマ－59,1761
非ポリマー2122
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: XYLULOSE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,3883
ポリマ－59,1761
非ポリマー2122
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.800, 102.800, 159.350
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

-
要素

#1: タンパク質 XYLULOSE KINASE / XYLULOKINASE / D-XYLULOKINASE


分子量: 59175.680 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PPROEX / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: O75191, xylulokinase
#2: 糖 ChemComp-XUL / D-XYLULOSE / D-キシルロ-ス


タイプ: D-saccharide / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H10O5
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 739 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 200 MM MES/KOH, PH 5.9, 15% PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 0.8856
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月13日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→59.37 Å / Num. obs: 177198 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.3 % / Biso Wilson estimate: 30.02 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.22 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 1.79→1.82 Å / 冗長度: 10.1 % / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.1精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: HUMAN D-XYLULOSE DETERMINED BY TWO-ENERGY SELENIUM MAD

解像度: 1.79→59.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9614 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9556 / SU R Cruickshank DPI: 0.123 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.093 / SU Rfree Blow DPI: 0.088 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.091
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1865 8724 5.03 %RANDOM
Rwork0.167 ---
obs0.1679 173284 97.63 %-
原子変位パラメータBiso mean: 35.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.8064 Å20 Å20 Å2
2---0.8064 Å20 Å2
3---1.6128 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.209 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.79→59.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11944 0 42 739 12725
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0123772HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0642756HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d6509SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes283HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes3656HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it23772HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.35
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.87
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1583SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact25975SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.79→1.84 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2655 516 5.11 %
Rwork0.2504 9583 -
all0.2512 10099 -
obs--97.63 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6093-0.01510.12270.6229-0.011.1672-0.0076-0.00920.029-0.0089-0.00830.0745-0.0541-0.00010.0159-0.0515-0.06410.0223-0.054-0.0282-0.1093-57.4009-21.49388.7395
20.94330.1005-0.25660.53240.01390.97580.05160.085-0.00410.0544-0.0025-0.04560.1076-0.0625-0.0491-0.0111-0.0141-0.0421-0.09270.0163-0.0991-40.447228.3361-1.3082
30.87430.3020.18770.76030.10090.9799-0.06370.0335-0.2107-0.03830.0454-0.161-0.0540.00520.0183-0.10950.02910.0242-0.0213-0.0163-0.0904-8.1461-9.16874.005
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1A
2X-RAY DIFFRACTION2B
3X-RAY DIFFRACTION3C

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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