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万見
- PDB-4bba: Crystal structure of glucokinase regulatory protein complexed to ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bba
タイトルCrystal structure of glucokinase regulatory protein complexed to phosphate
要素GLUCOKINASE REGULATORY PROTEIN
キーワードPROTEIN-BINDING PROTEIN / GLUCOSE METABOLISM
機能・相同性
機能・相同性情報


amino sugar catabolic process / ether hydrolase activity / carbon-oxygen lyase activity / negative regulation of glucokinase activity / glucose sensor activity / fructose-6-phosphate binding / urate metabolic process / kinase inhibitor activity / peptidoglycan turnover / Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein ...amino sugar catabolic process / ether hydrolase activity / carbon-oxygen lyase activity / negative regulation of glucokinase activity / glucose sensor activity / fructose-6-phosphate binding / urate metabolic process / kinase inhibitor activity / peptidoglycan turnover / Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / Defective TPR may confer susceptibility towards thyroid papillary carcinoma (TPC) / response to fructose / triglyceride homeostasis / enzyme inhibitor activity / response to glucose / protein import into nucleus / glucose homeostasis / carbohydrate binding / enzyme binding / mitochondrion / nucleoplasm / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #1080 / C-terminal lid domain of glucokinase regulatory protein / Glucokinase regulatory protein, conserved site / N-acetylmuramic acid 6-phosphate etherase/glucokinase regulatory protein / Glucokinase regulatory protein family signature. / SIS domain / SIS domain profile. / SIS domain superfamily / Glucose-6-phosphate isomerase like protein; domain 1 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 ...Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #1080 / C-terminal lid domain of glucokinase regulatory protein / Glucokinase regulatory protein, conserved site / N-acetylmuramic acid 6-phosphate etherase/glucokinase regulatory protein / Glucokinase regulatory protein family signature. / SIS domain / SIS domain profile. / SIS domain superfamily / Glucose-6-phosphate isomerase like protein; domain 1 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Glucokinase regulatory protein
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Pautsch, A. / Stadler, N. / Loehle, A. / Lenter, M. / Rist, W. / Berg, A. / Glocker, L. / Nar, H. / Reinhart, D. / Heckel, A. ...Pautsch, A. / Stadler, N. / Loehle, A. / Lenter, M. / Rist, W. / Berg, A. / Glocker, L. / Nar, H. / Reinhart, D. / Heckel, A. / Schnapp, G. / Kauschke, S.G.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Crystal Structure of Glucokinase Regulatory Protein.
著者: Pautsch, A. / Stadler, N. / Loehle, A. / Rist, W. / Berg, A. / Glocker, L. / Nar, H. / Reinert, D. / Lenter, M. / Heckel, A. / Schnapp, G. / Kauschke, S.G.
履歴
登録2012年9月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月28日Group: Database references
改定 1.22019年4月3日Group: Data collection / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLUCOKINASE REGULATORY PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,8702
ポリマ－69,7751
非ポリマー951
水8,035446
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.760, 72.200, 137.960
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 GLUCOKINASE REGULATORY PROTEIN / GKRP / GLUCOKINASE REGULATOR


分子量: 69775.000 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PDEST8 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q14397
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 446 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細DOUBLE MUTANT K326T K327T CTERMINAL HIS TAG LEHHHHHH

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.98 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 12-16MG/ML IN 25 MM HEPES PH 7.4, 50 MM KCL, 1 MM MGCL2, 2 MM DTT. 20% PEG 3350, 0.1 M TRIS PH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.91
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→69 Å / Num. obs: 47132 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 17.09 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 1.92→1.96 Å / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.9.3精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4BB9

4bb9


解像度: 1.92→63.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9401 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9283 / SU R Cruickshank DPI: 0.134 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.142 / SU Rfree Blow DPI: 0.12 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.117
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1862 2357 5 %RANDOM
Rwork0.1604 ---
obs0.1617 47132 99.94 %-
原子変位パラメータBiso mean: 18.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.6273 Å20 Å20 Å2
2--1.3878 Å20 Å2
3----5.0152 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→63.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4602 0 5 446 5053
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0084730HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.986415HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1669SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes114HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes687HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4730HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.73
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.13
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion639SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6192SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.92→1.97 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2241 172 5 %
Rwork0.1826 3269 -
all0.1846 3441 -
obs--99.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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