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- PDB-4bb7: Crystal structure of the yeast Rsc2 BAH domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bb7
タイトルCrystal structure of the yeast Rsc2 BAH domain
要素CHROMATIN STRUCTURE-REMODELING COMPLEX SUBUNIT RSC2
キーワードTRANSCRIPTION / DNA BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of sporulation resulting in formation of a cellular spore / plasmid maintenance / RSC-type complex / UV-damage excision repair / nucleosome disassembly / sister chromatid cohesion / sporulation resulting in formation of a cellular spore / chromosome segregation / transcription elongation by RNA polymerase II / double-strand break repair via homologous recombination ...regulation of sporulation resulting in formation of a cellular spore / plasmid maintenance / RSC-type complex / UV-damage excision repair / nucleosome disassembly / sister chromatid cohesion / sporulation resulting in formation of a cellular spore / chromosome segregation / transcription elongation by RNA polymerase II / double-strand break repair via homologous recombination / double-strand break repair via nonhomologous end joining / chromatin remodeling / chromatin binding
類似検索 - 分子機能
Rsc1/Rsc2, bromodomain / : / Bromo adjacent homology (BAH) domain / Remodelling complex subunit Rsc/polybromo / Bromo adjacent homology domain / BAH domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily / BAH domain profile. / SH3 type barrels. ...Rsc1/Rsc2, bromodomain / : / Bromo adjacent homology (BAH) domain / Remodelling complex subunit Rsc/polybromo / Bromo adjacent homology domain / BAH domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily / BAH domain profile. / SH3 type barrels. / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chromatin structure-remodeling complex subunit RSC2
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Chambers, A.L. / Pearl, L.H. / Oliver, A.W. / Downs, J.A.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2013
タイトル: The Bah Domain of Rsc2 is a Histone H3 Binding Domain.
著者: Chambers, A.L. / Pearl, L.H. / Oliver, A.W. / Downs, J.A.
履歴
登録2012年9月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月6日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CHROMATIN STRUCTURE-REMODELING COMPLEX SUBUNIT RSC2
B: CHROMATIN STRUCTURE-REMODELING COMPLEX SUBUNIT RSC2
C: CHROMATIN STRUCTURE-REMODELING COMPLEX SUBUNIT RSC2
D: CHROMATIN STRUCTURE-REMODELING COMPLEX SUBUNIT RSC2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,56521
ポリマ－120,4204
非ポリマー1,14417
水9,746541
1
A: CHROMATIN STRUCTURE-REMODELING COMPLEX SUBUNIT RSC2
B: CHROMATIN STRUCTURE-REMODELING COMPLEX SUBUNIT RSC2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,5809
ポリマ－60,2102
非ポリマー3697
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1080 Å2
ΔGint-4.6 kcal/mol
Surface area29010 Å2
手法PISA
2
C: CHROMATIN STRUCTURE-REMODELING COMPLEX SUBUNIT RSC2
D: CHROMATIN STRUCTURE-REMODELING COMPLEX SUBUNIT RSC2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,98512
ポリマ－60,2102
非ポリマー77510
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area370 Å2
ΔGint-5.8 kcal/mol
Surface area29500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.090, 64.070, 136.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.47, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
CHROMATIN STRUCTURE-REMODELING COMPLEX SUBUNIT RSC2 / RSC COMPLEX SUBUNIT RSC2 / REMODEL THE STRUCTURE OF CHROMATIN COMPLEX SUBUNIT 2


分子量: 30105.117 Da / 分子数: 4 / 断片: DOMAIN, RESIDUES 401-641 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
プラスミド: PTWO-E / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA2 / 参照: UniProt: Q06488
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 541 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.22 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 100 MM HEPES.NAOH PH 7.5, 0.2 M (NH4)2SO4, 20-30% W/V PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 199 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9796
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→45 Å / Num. obs: 42935 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 25.45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1W4S

1w4s


解像度: 2.4→44.493 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 30.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2856 1998 4.7 %
Rwork0.2171 --
obs0.2203 42819 98.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 61.745 Å2 / ksol: 0.401 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.6165 Å20 Å2-0.2125 Å2
2---4.3821 Å20 Å2
3---8.9986 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→44.493 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7572 0 54 541 8167
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0047850
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.77210697
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3932943
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0521114
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031404
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.46010.33641440.25432933X-RAY DIFFRACTION99
2.4601-2.52660.29271400.24152876X-RAY DIFFRACTION99
2.5266-2.60090.35331430.25692902X-RAY DIFFRACTION98
2.6009-2.68490.35861410.23092908X-RAY DIFFRACTION99
2.6849-2.78080.28811420.23482883X-RAY DIFFRACTION98
2.7808-2.89210.35081410.20372890X-RAY DIFFRACTION98
2.8921-3.02370.24261420.21622908X-RAY DIFFRACTION98
3.0237-3.18310.26441410.19652862X-RAY DIFFRACTION98
3.1831-3.38250.27341420.19682908X-RAY DIFFRACTION98
3.3825-3.64350.23971400.19722866X-RAY DIFFRACTION98
3.6435-4.010.24621440.19872920X-RAY DIFFRACTION98
4.01-4.58970.26381440.18982963X-RAY DIFFRACTION99
4.5897-5.78050.28431460.21222962X-RAY DIFFRACTION99
5.7805-44.50090.35331480.28793040X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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