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- PDB-4bar: Thaumatin from Thaumatococcus daniellii structure in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bar
タイトルThaumatin from Thaumatococcus daniellii structure in complex with the europium tris-hydroxyethyltriazoledipicolinate complex at 1.20 A resolution.
要素THAUMATIN-1ソーマチン
キーワードPLANT PROTEIN (植物) / CLICK-CHEMISTRY / DE NOVO PHASING / EXPERIMENTAL PHASING / LANTHANIDE COMPLEX (ランタノイド) / ANOMALOUS SCATTERING
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response / cytoplasmic vesicle / extracellular region
類似検索 - 分子機能
ソーマチン / ソーマチン / Thaumatin, conserved site / Thaumatin family signature. / Thaumatin family / Thaumatin family / Thaumatin family profile. / Thaumatin family / Osmotin/thaumatin-like superfamily / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
EUROPIUM (III) ION / Chem-IKX / Thaumatin I
類似検索 - 構成要素
生物種THAUMATOCOCCUS DANIELLII (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Talon, R. / Kahn, R. / Gautier, A. / Nauton, L. / Girard, E.
引用
ジャーナル: Chem. Commun. (Camb.) / 年: 2012
タイトル: Clicked europium dipicolinate complexes for protein X-ray structure determination.
著者: Talon, R. / Nauton, L. / Canet, J.L. / Kahn, R. / Girard, E. / Gautier, A.
#1: ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2008
タイトル: Protein Crystallography Through Supramolecular Interactions between a Lanthanide Complex and Arginine.
著者: Pompidor, G. / D'Aleo, A. / Vicat, J. / Toupet, L. / Giraud, N. / Kahn, R. / Maury, O.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2010
タイトル: A Dipicolinate Lanthanide Complex for Solving Protein Structures Using Anomalous Diffraction.
著者: Pompidor, G. / Maury, O. / Vicat, J. / Kahn, R.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: Gd-Hpdo3A, a Complex to Obtain High-Phasing-Power Heavy-Atom Derivatives for Sad and MAD Experiments: Results with Tetragonal Hen Egg-White Lysozyme.
著者: Girard, E. / Chantalat, L. / Vicat, J. / Kahn, R.
履歴
登録2012年9月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月28日Group: Database references / Derived calculations
改定 1.22015年3月18日Group: Database references
改定 1.32015年3月25日Group: Database references
改定 2.02018年4月11日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_conf / struct_conn / struct_conn_type / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id / _pdbx_distant_solvent_atoms.neighbor_macromolecule_distance / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_special_symmetry.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.site_symmetry_2 / _struct_conf.end_auth_comp_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_comp_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length
改定 2.12018年12月19日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
改定 2.22019年3月6日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: THAUMATIN-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2205
ポリマ－22,2271
非ポリマー9934
水7,404411
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.852, 57.852, 150.215
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-302-

IKX

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要素

#1: タンパク質 THAUMATIN-1 / ソーマチン / TDTHAU / THAUMATIN I


分子量: 22227.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: SIGMA-ALDRICH POWDER, CATALOG REFERENCE T7638 / 由来: (天然) THAUMATOCOCCUS DANIELLII (植物) / 参照: UniProt: P02883
#2: 化合物 ChemComp-IKX / 4-(4-(2-hydroxyethyl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl)pyridine-2,6-dicarboxylic acid


分子量: 280.237 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12N4O5
#3: 化合物 ChemComp-EU3 / EUROPIUM (III) ION / ユウロピウム


分子量: 151.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Eu
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 411 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.5 %
解説: MAD DATA AT TWO WAVELENGTHS WERE COLLECTED. THE FIRST DATA SET AT THE EUROPIUM LIII EDGE AND THE SECOND ONE AT THE SELENIUM K EDGE
結晶化温度: 293 K / pH: 6.5
詳細: 0.1 M BIS-TRIS PROPANE PH 6.5, 0.3-0.9 M SODIUM POTASSIUM TARTRATE, 0.0006 M PROTEIN, 0.0014 M LANTHANIDE COMPLEX, 293 K, 5 DAYS

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.979
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月27日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: EITHER 111 OR 311 SILICON SINGLE CRISTALS
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→45.83 Å / Num. obs: 78373 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 9.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 1.2→1.26 Å / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 95.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALA3.3.16データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.2→31.499 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 12.29 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: ACCORDING TO THE HIGH RESOLUTION, ANISOTROPIC ADP REFINEMENT WAS APPLIED FOR ALL ATOMS. LIGAND OCCUPANCIES WERE FIXED ACCORDING TO THE LANTHANIDE ION OCCUPANCIES
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1553 3920 5 %
Rwork0.1369 --
obs0.1379 78332 97.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.64 Å2 / ksol: 0.397 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 11.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.8311 Å20 Å20 Å2
2--0.8311 Å20 Å2
3----1.6621 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→31.499 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1551 0 61 411 2023
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0141698
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6122298
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.032645
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.099235
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01306
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.1999-1.21450.21081340.17082537X-RAY DIFFRACTION94
1.2145-1.22990.19291330.162575X-RAY DIFFRACTION95
1.2299-1.24610.17981310.14952538X-RAY DIFFRACTION95
1.2461-1.26310.13521350.14112585X-RAY DIFFRACTION95
1.2631-1.28120.17981350.13392575X-RAY DIFFRACTION96
1.2812-1.30030.1641340.13212567X-RAY DIFFRACTION96
1.3003-1.32060.19461360.13222611X-RAY DIFFRACTION96
1.3206-1.34230.1541370.12632582X-RAY DIFFRACTION96
1.3423-1.36540.14951390.11562590X-RAY DIFFRACTION96
1.3654-1.39030.16321380.11412612X-RAY DIFFRACTION96
1.3903-1.4170.14741380.11282612X-RAY DIFFRACTION97
1.417-1.44590.12951370.10772609X-RAY DIFFRACTION97
1.4459-1.47740.1681370.10362622X-RAY DIFFRACTION97
1.4774-1.51170.14121400.10352634X-RAY DIFFRACTION97
1.5117-1.54950.13311400.09412639X-RAY DIFFRACTION97
1.5495-1.59140.12931410.09492643X-RAY DIFFRACTION97
1.5914-1.63830.12031430.0972656X-RAY DIFFRACTION97
1.6383-1.69110.13541410.09852661X-RAY DIFFRACTION98
1.6911-1.75160.13331380.1062679X-RAY DIFFRACTION98
1.7516-1.82170.13981410.11362688X-RAY DIFFRACTION98
1.8217-1.90460.1421430.12032680X-RAY DIFFRACTION98
1.9046-2.0050.15691450.1192701X-RAY DIFFRACTION98
2.005-2.13060.13541420.13022726X-RAY DIFFRACTION99
2.1306-2.2950.16411450.13162729X-RAY DIFFRACTION99
2.295-2.52590.15591470.14692763X-RAY DIFFRACTION99
2.5259-2.89120.17661470.16022784X-RAY DIFFRACTION99
2.8912-3.64180.16461490.15682841X-RAY DIFFRACTION100
3.6418-31.510.16091540.18212973X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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