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- PDB-4ba8: High resolution NMR structure of the C mu3 domain from IgM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ba8
タイトルHigh resolution NMR structure of the C mu3 domain from IgM
要素IG MU CHAIN C REGION SECRETED FORM
キーワードIMMUNE SYSTEM / IMMUNOGLOBULIN CONSTANT REGION
機能・相同性
機能・相同性情報


CD22 mediated BCR regulation / IgM B cell receptor complex / pentameric IgM immunoglobulin complex / pre-B cell allelic exclusion / B cell receptor complex / Cell surface interactions at the vascular wall / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / positive regulation of B cell activation / B cell affinity maturation / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin ...CD22 mediated BCR regulation / IgM B cell receptor complex / pentameric IgM immunoglobulin complex / pre-B cell allelic exclusion / B cell receptor complex / Cell surface interactions at the vascular wall / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / positive regulation of B cell activation / B cell affinity maturation / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / early endosome to late endosome transport / regulation of cell morphogenesis / regulation of immunoglobulin production / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin complex, circulating / antigen processing and presentation / positive regulation of endocytosis / B cell activation / B cell proliferation / immunoglobulin mediated immune response / antigen binding / positive regulation of B cell proliferation / B cell receptor signaling pathway / positive regulation of immune response / transmembrane signaling receptor activity / MAPK cascade / defense response to Gram-negative bacterium / positive regulation of MAPK cascade / external side of plasma membrane / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / extracellular space / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin heavy constant mu
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / ARIA
データ登録者Mueller, R. / Kern, T. / Graewert, M.A. / Madl, T. / Peschek, J. / Groll, M. / Sattler, M. / Buchner, J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: High Resolution Structures of the Igm Fc Domains Reveal Principles of its Hexamer Formation
著者: Mueller, R. / Graewert, M.A. / Kern, T. / Madl, T. / Peschek, J. / Sattler, M. / Groll, M. / Buchner, J.
履歴
登録2012年9月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月3日Group: Database references
改定 2.02023年6月14日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Other
カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 2.12024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IG MU CHAIN C REGION SECRETED FORM


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2631
ポリマ－11,2631
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / -LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 IG MU CHAIN C REGION SECRETED FORM / IMMUNOGLOBULIN M


分子量: 11262.790 Da / 分子数: 1 / 断片: C MU3, RESIDUES 222-321 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P01872

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
11115N HSQC
12113C HSQC
13115N NOESY
14113C NOESY ALIPHATICS
15113C NOESY AROMATICS
NMR実験の詳細Text: NONE

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試料調製

詳細内容: 90% H20/10% D20, 20MM PHOSHATE BUFFER, 50MM NACL
試料状態イオン強度: 50 mM / pH: 6.8 / 温度: 298.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS-ARIABRUNGER, ADAMS,CLORE,GROS,NILGES,READ精密化
CNS-ARIA構造決定
CYANA構造決定
NMRPipe構造決定
Sparky構造決定
CcpNmr Analysis2構造決定
精密化手法: ARIA / ソフトェア番号: 1
詳細: DISTANCE RESTRAINTS DERIVED FROM FROM TALOS BASED ON SECONDARY CHEMICAL SHIFTS, AND RDC RESTRAINTS WERE APPLIED FOR A WATER REFINEMENT CALCULATION USING A SIMULATED ANNEALING PROTOCOL IN CNS.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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