PDB-4ba8: High resolution NMR structure of the C mu3 domain from IgM

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ba8

タイトル

High resolution NMR structure of the C mu3 domain from IgM

要素

IG MU CHAIN C REGION SECRETED FORM

キーワード

IMMUNE SYSTEM / IMMUNOGLOBULIN CONSTANT REGION

機能・相同性

機能・相同性情報

CD22 mediated BCR regulation / IgM B cell receptor complex / pentameric IgM immunoglobulin complex / B cell receptor complex / Cell surface interactions at the vascular wall / positive regulation of B cell activation / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / pre-B cell allelic exclusion / early endosome to late endosome transport / B cell affinity maturation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)

手法

溶液NMR / ARIA

データ登録者

Mueller, R. / Kern, T. / Graewert, M.A. / Madl, T. / Peschek, J. / Groll, M. / Sattler, M. / Buchner, J.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: High Resolution Structures of the Igm Fc Domains Reveal Principles of its Hexamer Formation
著者: Mueller, R. / Graewert, M.A. / Kern, T. / Madl, T. / Peschek, J. / Sattler, M. / Groll, M. / Buchner, J.

履歴

登録	2012年9月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月3日	Group: Database references
改定 2.0	2023年6月14日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Other カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 2.1	2024年6月19日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ba8.cif.gz	612.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ba8.ent.gz	510.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ba8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ba8_validation.pdf.gz	469.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ba8_full_validation.pdf.gz	989.2 KB	表示
XML形式データ	4ba8_validation.xml.gz	122.3 KB	表示
CIF形式データ	4ba8_validation.cif.gz	100 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/4ba8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/4ba8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4jvuC 4jvwC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5u49-d 1un3-d 5h0w-d 1rbi-d 1rbh-d 3oqy-2 6i80-1 1ot4-d 1rbf-d 6e6j-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 18711

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #182 - 2015年2月インスリン受容体 (Insulin receptor) 類似性 (3)

登録構造単位

A: IG MU CHAIN C REGION SECRETED FORM

11.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / -	LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデル

#1: タンパク質	IG MU CHAIN C REGION SECRETED FORM / IMMUNOGLOBULIN M 分子量: 11262.790 Da / 分子数: 1 / 断片: C MU3, RESIDUES 222-321 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P01872

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	15N HSQC
1	2	1	13C HSQC
1	3	1	15N NOESY
1	4	1	13C NOESY ALIPHATICS
1	5	1	13C NOESY AROMATICS

NMR実験の詳細

Text: NONE

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試料調製

詳細	内容: 90% H20/10% D20, 20MM PHOSHATE BUFFER, 50MM NACL
試料状態	イオン強度: 50 mM / pH: 6.8 / 温度: 298.0 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CNS-ARIA		BRUNGER, ADAMS,CLORE,GROS,NILGES,READ	精密化
CNS-ARIA			構造決定
CYANA			構造決定
NMRPipe			構造決定
Sparky			構造決定
CcpNmr Analysis	2		構造決定

精密化

手法: ARIA / ソフトェア番号: 1
詳細: DISTANCE RESTRAINTS DERIVED FROM FROM TALOS BASED ON SECONDARY CHEMICAL SHIFTS, AND RDC RESTRAINTS WERE APPLIED FOR A WATER REFINEMENT CALCULATION USING A SIMULATED ANNEALING PROTOCOL IN CNS.

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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