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- PDB-4b9u: Structure of the high fidelity DNA polymerase I with an oxidative... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4b9u
タイトルStructure of the high fidelity DNA polymerase I with an oxidative formamidopyrimidine-dG DNA lesion -dA basepair in the post-insertion site.
要素
  • 5'-D(*CP*AP*AP*FOXP*CP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*GP*GP*CP*TP)-3'
  • 5'-D(*GP*CP*CP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*GP*AP)-3'
  • DNA POLYMERASE
キーワードTRANSFERASE/DNA / TRANSFERASE-DNA COMPLEX / OXIDATIVE DNA LESION / DNA DAMAGE / TRANSLESION DNA SYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / 3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / DNA polymerase 1 / Alpha-Beta Plaits - #370 / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease domain / DNA polymerase A / DNA polymerase family A / DNA-directed DNA polymerase, family A, conserved site / DNA polymerase family A signature. ...Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / DNA polymerase 1 / Alpha-Beta Plaits - #370 / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease domain / DNA polymerase A / DNA polymerase family A / DNA-directed DNA polymerase, family A, conserved site / DNA polymerase family A signature. / DNA-directed DNA polymerase, family A, palm domain / DNA polymerase A domain / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / DNA polymerase; domain 1 / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase I
類似検索 - 構成要素
生物種GEOBACILLUS STEAROTHERMOPHILUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Gehrke, T.H. / Lischke, U. / Arnold, S. / Schneider, S. / Carell, T.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: Unexpected Non-Hoogsteen-Based Mutagenicity Mechanism of Fapy-DNA Lesions.
著者: Gehrke, T.H. / Lischke, U. / Gasteiger, K.L. / Schneider, S. / Arnold, S. / Muller, H.C. / Stephenson, D.S. / Zipse, H. / Carell, T.
履歴
登録2012年9月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月22日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22013年5月29日Group: Database references
改定 1.32013年7月3日Group: Database references
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA POLYMERASE
B: 5'-D(*GP*CP*CP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*GP*AP)-3'
C: 5'-D(*CP*AP*AP*FOXP*CP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*GP*GP*CP*TP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,9209
ポリマ－78,4163
非ポリマー5056
水3,441191
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6190 Å2
ΔGint-84.6 kcal/mol
Surface area28400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.748, 93.853, 105.648
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA POLYMERASE / DNA POLYMERASE I


分子量: 70446.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) GEOBACILLUS STEAROTHERMOPHILUS (バクテリア)
解説: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS DSM NO. 22 / プラスミド: PDEST007 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: E1C9K5, DNA-directed DNA polymerase

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DNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#2: DNA鎖 5'-D(*GP*CP*CP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*GP*AP)-3'


分子量: 3334.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: OXIDATIVE DNA LESION FAPYG AT C4
由来: (合成) GEOBACILLUS STEAROTHERMOPHILUS (バクテリア)
#3: DNA鎖 5'-D(*CP*AP*AP*FOXP*CP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*GP*GP*CP*TP)-3'


分子量: 4635.054 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: OXIDATIVE DNA LESION FAPYG AT C4
由来: (合成) GEOBACILLUS STEAROTHERMOPHILUS (バクテリア)

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非ポリマー , 3種, 197分子

#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細((1R,2S,4R)-4-{[2-AMINO-5-(FORMYLAMINO)-6-OXO-3, 6-DIHYDROPYRIMIDIN-4-YL]AMINO}-2- ...((1R,2S,4R)-4-{[2-AMINO-5-(FORMYLAMINO)-6-OXO-3, 6-DIHYDROPYRIMIDIN-4-YL]AMINO}-2-HYDROXYCYCLOPENTYL)METHYL 5'-PHOSPHATE (FOX): ALSO PRESENT IN PDB CODE 1TDZ
配列の詳細1-39 DISORDERED RESIDUES 1 AND 2 ARE DISORDERED

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.33 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年8月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→46.3 Å / Num. obs: 51802 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4B9M

4b9m


解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 8.42 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.181 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22356 2590 5 %RANDOM
Rwork0.19143 ---
obs0.19305 49156 99.12 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.97 Å20 Å20 Å2
2---1.94 Å20 Å2
3----1.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4653 495 26 191 5365
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0195315
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023547
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5761.9157289
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.99838626
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7825581
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.91424.113231
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.61215875
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.6371540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2799
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025539
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021082
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 181 -
Rwork0.268 3348 -
obs--98.66 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.16550.80510.22352.01350.77651.5037-0.08950.4658-0.1-0.23360.1483-0.02570.05210.056-0.05880.1084-0.00610.03350.1034-0.01540.032311.3489-21.0094-54.22
21.8840.5181-0.59071.0502-0.06491.2381-0.03570.14210.125-0.1570.0290.07670.06010.01450.00680.04510.0010.00160.01460.01270.04578.6727-13.7256-46.3523
30.90010.58150.07151.31240.32560.7311-0.01530.0216-0.0792-0.0310.0105-0.02730.07510.01190.00480.0270.00510.00580.00680.00550.01669.3201-20.2029-39.8876
40.37-0.06911.17060.5706-0.43483.83050.01650.06710.04420.062-0.1053-0.0560.07090.2160.08880.15770.0254-0.02610.21280.02780.146738.6759-7.9651-12.2425
51.12810.1386-0.21911.56540.09950.52130.0293-0.12440.03170.1259-0.01-0.20660.06310.1329-0.01930.0640.0066-0.00620.05050.00630.062420.4730.6816-28.3948
61.8560.00420.88561.11030.13341.550.0845-0.1911-0.10090.14920.009-0.1180.0740.02-0.09350.0672-0.01-0.01490.03170.00990.04646.981-0.8911-3.4704
71.02450.1589-0.26521.80341.05430.8860.0471-0.1524-0.11440.314-0.0587-0.10660.18030.05090.01150.1127-0.0194-0.01570.03290.03170.05030.6642-16.2659-9.9983
81.32160.4478-0.61831.1955-0.65281.2320.04730.02630.0840.0329-0.0008-0.0199-0.08890.0021-0.04650.04420.00360.0130.0064-0.01150.0487.5557.3733-29.5074
91.71352.24034.49654.79155.477812.00220.2169-0.0257-0.05540.2902-0.07170.04550.5328-0.2268-0.14530.19740.04130.01430.2475-0.06880.15131.8019-25.7744-24.5289
100.44840.2973-0.03050.20040.03381.23190.1252-0.03620.12920.1087-0.05420.08420.0361-0.0929-0.07110.1182-0.0130.03110.0528-0.02410.068524.5839-9.1756-15.6009
113.46511.9514-2.96632.0416-1.50615.8041-0.1393-0.4241-0.05750.3608-0.19320.02640.3640.13980.33260.30890.01180.0160.22160.03070.205617.6257-14.5084-15.3707
124.4876-0.08230.60020.96140.94031.03070.07540.0132-0.3720.27880.0062-0.00270.3160.0349-0.08160.25490.0443-0.00780.1981-0.02590.184135.1899-20.6726-21.1947
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A298 - 348
2X-RAY DIFFRACTION2A349 - 408
3X-RAY DIFFRACTION3A409 - 498
4X-RAY DIFFRACTION4A499 - 597
5X-RAY DIFFRACTION5A598 - 654
6X-RAY DIFFRACTION6A655 - 734
7X-RAY DIFFRACTION7A735 - 796
8X-RAY DIFFRACTION8A797 - 876
9X-RAY DIFFRACTION9B1 - 5
10X-RAY DIFFRACTION10B6 - 11
11X-RAY DIFFRACTION11C3 - 7
12X-RAY DIFFRACTION12C8 - 14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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